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Nature子刊:百图生科宋乐团队开发新型蛋白质结构预测工具,不依赖多序列对比,效率更高

与基于MSA的的主流蛋白质结构预测工具AlphaFold2和RoseTTAFold方法相比,HelixFold-Single在预测效率上具有很大优势,耗时要少得多,可以应用于需要大量预测的蛋白质相关任

2023-10-17

颜宁最新论文:发现抗癫痫药物拉莫三嗪对钠离子通道的双口袋抑制作用,为下一代抗癫痫和止痛药物开发奠定基础

以Nav通道为靶点的药理学研究已证明其在治疗多种疾病方面具有巨大价值,开发以Nav通道为靶点的新药是药物化学研究的一个活跃领域。该领域药物开发的一个特殊挑战是精确地靶向Nav通道的特定亚型或状态,以尽

2023-10-09

研究人员预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标识别机制

中国科大刘海燕教授、陈泉教授课题组与复旦大学王文宁教授合作,采用蛋白质结构预测、序列设计等计算手段与蛋白质互补分析和深度突变扫描、X射线晶体学、NMR等实验结合的方法,揭示了固有无序的4.1G蛋白C端

2023-10-07

华人一作:谷歌DeepMind再推出革命性AI工具,预测和表征人类致病基因突变

当然,AlphaMissense距离实际的临床应用还有很大的一段距离要走,AI预测目前在诊断遗传疾病方面的作用还很小,这些工具应该只提供支持性证据将遗传变异与疾病联系起来。

2023-09-22

研究人员开发出定量蛋白质组学数据的下游分析与可视化工具

基于超高分辨率液质联用质谱的定量蛋白质组学已成为重要的生命科学研究手段。与其他组学方法一样,恰当的数据分析流程是蛋白质组学研究的关键。基于质谱的蛋白质组数据具有方法仪器多样、搜库定量软件繁多的特点,导

2023-09-08

Science重磅:AI设计蛋白新突破,David Baker团队设计出响应刺激的双态铰链蛋白!

总的来说,这项新研究开发出了同时具有两种明确状态的铰链蛋白,可以应用于“蛋白质开关”的设计。这种双态开关的研究能使蛋白质设计超越静态结构,转向更复杂的多态组装和生物传感器设计,为蛋白设计提供了更广阔的

2023-08-22

科研人员提出机器学习辅助定向进化新方法

研究从蛋白质热稳定性、上位性效应和序列保守性等多个方面,探讨了适应度图景的共同机制。蛋白质发挥功能的基础是能够折叠和维持稳定的三维结构。

2023-08-21

Cell Systems封面论文:曾坚阳团队提出蛋白质口袋结构表征新方法

具体而言,对于输入的蛋白质结构,首要任务是确定其表面上anchor的位置。这些anchor位置是通过对蛋白质表面潜在结合配体的空间区域进行采样、过滤、聚类等操作后得到的。

2023-08-21

多层级的图神经网络推动蛋白质功能预测的发展

高通量测序的进展推动了蛋白质序列数量的快速增长。尽管如此,由于实验研究需要较长的周期并且费用昂贵,大部分蛋白质序列缺乏功能注释。因此,具备自动而准确推断蛋白质功能的计算方法变得至关重要。

2023-08-17

研究提出空间细胞类型组分解析新算法

生物体由各种类型的细胞组成。生物系统的结构功能和动态变化很大程度取决于细胞的空间分布,揭示和利用其规律对探索生命现象和探究疾病进化机制具有重要意义。

2023-08-15