Science：利用sci-Space技术在单细胞水平上揭示细胞基因转录的空间分布模式
2021年7月6日讯/生物谷BIOON/---一项名为sci-Space的新技术与来自其他技术的数据相结合，可能会在哺乳动物胚胎发育过程中，通过不同细胞的基因表达绘制出四维图谱。这类图谱将描绘出单个细胞中的基因转录本如何反映出时间的流逝、细胞谱系、细胞迁移以及发育中的胚胎位置。它们还将有助于阐明基因表达的空间调节。哺乳动物胚胎发育是一种了不起的现象：一个受精
Nature Communications：GapClust方法能够高效准确地从大量单细胞转录组中发现稀有细胞群体
近日，国际知名期刊《Nature Communications》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院俞章盛团队的研究成果“GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profi
Genome Biology：科研人员开发出在单细胞中识别染色质类染色质拓扑相关结构域结构的算法
基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中，这一高级结构即三维基因组学，对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获（3C），尤其是高通量技术（Hi-C，ChIA-PET）的发展推动了三维基因组的研究，发现了包括染色质拓扑相关结构域（TAD），染色质环等一系列层次化的结构特征。近年来，单细胞水平下的Hi-C研究成为三维
Nat Immunol：两种转录因子或能互相合作抑制肿瘤浸润性CAR-T细胞的耗竭 有望改善多种癌症的治疗
2021年7月27日 讯 /生物谷BIOON/ --转录因子—活化T细胞核因子（NFAT，nuclear factor of activated T cells）和激活蛋白1（AP-1）能互相合作来促进T细胞的效应功能，但NFAT在AP-1缺失时会施加一种T细胞低反应性（耗竭）的负反馈程序。与肿瘤的斗争似乎是一场马拉松，而不是短跑，对于抗癌T细胞而言，比赛的
Genome Biology：开发出单细胞基因组单分子测序新方法
单细胞全基因组测序技术（scWGS）可以有效揭示生物样品中不同细胞之间的异质性，并系统鉴定单个细胞的基因组中发生的遗传变化，例如拷贝数变异（CNV）和点突变（单核苷酸变异，SNV）等。过去十年，研究人员已经开发出多种单细胞基因组扩增技术，例如简并寡核苷酸引物PCR扩增技术(DOP-PCR)、多重置换扩增技术（MDA）、多重退火和基于环的扩增循环技术（MALB
Nature发文：转录开关调控心脏成纤维细胞活化
越来越多研究表明，在许多人类疾病中，基因表达的动态变化助长了进行性的器官功能障碍。靶向基因转录已成为包括心力衰竭在内的各种慢性病的新治疗策略，其中BET蛋白的小分子抑制剂已经成为在体内可逆性的干扰增强子-启动子信号的有效工具，使用BET抑制剂可改善小鼠模型的心力衰竭，但具体机制尚不明确。近日，美国格莱斯顿研究所Deepak Sriva
Nature子刊：转录增强子控制鳞状细胞癌的癌干性和转移基因
肿瘤干细胞(Cancer stem cells, CSCs)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)侵袭性生长和转移中起着至关重要的作用。尽管在了解CSCs的自我更新和致瘤潜能方面已经取得了重大进展，但如何有效地消除CSCs和阻止转移仍然是一个关键的挑战。在这里，作者发现超级增强子(SEs)在癌症干细胞基因和前转移基因的转录中发挥了关键作用，从而控制了它们的致瘤潜能
Journal of Genetics and Genomics：单细胞分辨率绘制水稻幼苗叶和根的转录组图谱
水稻作为重要的粮食作物，为全球一半以上的人口提供主粮；同时，水稻作为单子叶模式植物，其个体发育与细胞分化受到了科研人员持续和广泛的关注。细胞功能的分化常常可以体现为基因表达的差异。新兴的单细胞转录组测序技术使高通量探究细胞的功能分化成为可能。绘制水稻全苗单细胞转录图谱将为单子叶植物的研究工作提供关键的基础资源，为理解植物发育的转录调控
Protein & Cell：绘制出灵长类海马衰老的单细胞转录组图谱
海马体作为脑的重要组成部分，在学习和记忆中发挥重要作用。随着年龄增长，海马功能逐渐退化，导致认知功能的减退以及多种人类神经退行性疾病发生。由于海马结构复杂，细胞组成具有高度异质性，传统研究技术难以精确揭示海马衰老过程中不同细胞类型的衰老规律及分子调控网络。此外，由于伦理及样本来源的限制，不同年龄阶段的健康人类海马组织很难获取，这在一定
Science：在单细胞分辨率下揭示SARS-CoV-2感染期间发生的T细胞反应
2021年5月31日讯/生物谷BIOON/---导致COVID-19的冠状病毒SARS-CoV-2正在全球肆虐。根据美国霍普金斯大学的最新统计数据（https://coronavirus.jhu.edu/map.html），超过1.69亿人遭受SARS-CoV-2感染。SARS-CoV-2对所有感染者的影响不尽相同。在一项新的研究中，来自瑞士、意大利和澳大利