Genome Biol：杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA突变位点
DEMINING框架通过嵌入的深度学习模型DeepDDR，实现了从RNA测序数据中高效、精确地鉴定RNA编辑和DNA突变。
2024-10-16
Nat Methods：瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法
结果显示，在蛋白质丰度预测方面，totalVI 和 scArches 表现最为优异；在染色质可及性预测中，LS_Lab 算法排名领先。
2024-10-02
Theranostics：单细胞分析揭示了肝细胞癌中PD-1阻断反应相关的免疫特征
研究表明免疫TMEs在肝癌患者中表现出反应性、无反应性和未治疗的差异，这些差异可能解释了免疫治疗在一些肝癌患者中的低疗效，研究发现这些细胞和分子具有独特的功能，可以靶向增强肝癌患者的免疫治疗效果。
2024-07-26
Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序：揭示转录组分析新前沿
LRGASP项目通过系统评估多种长读长RNA测序技术和分析工具，提供了对当前最佳实践的深入理解和未来改进的方向。
2024-06-12
Nature Communications: 非小细胞肺癌的单细胞和空间转录组学分析
本研究综合数据集可以识别肺肿瘤微环境中巨噬细胞(Mɸ)群体的多种分子变化，这将有助于为制定治疗非小细胞肺癌的策略铺平道路。
2024-06-20
Cell Discov | 上海交通大学范先群等合作通过单细胞测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构并增强了临床决策能力
本研究首次报道了CoM的组织结构和独特的TME，并通过将scRNA-seq数据整合到癌症治疗决策中提供了新颖的概念。
2024-06-21
Nature Methods | GPT-4在单细胞分析中的突破：高效的细胞类型识别
该研究不仅证实了GPT-4在生物医学领域的应用潜力，同时也为单细胞RNA测序分析中的细胞类型标注提供了一种新的、高效的解决方案。
2024-04-06
单细胞和空间转录组中环形RNA深度学习算法取得进展
CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测，并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析，具有广泛的应用场景。
2024-02-21