Briefings in Bioinformatics：发表多表型全基因组关联分析方法研究成果
近日，上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系、上海交大-耶鲁生物统计与数据科学联合中心团队在《Briefings in Bioinformatics》（IF： 11.622）上发表题为“GESLM algorithm for detecting causal SNPs in GWAS with multiple phen
Analytical Chemistry：提出基于纳升电喷雾质谱直接进样的代谢组学分析新方法
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物分子高分辨分离分析及代谢组学研究组研究员许国旺团队在纳升电喷雾质谱直接进样的代谢组学分析新方法研究中取得进展，基于纳升电喷雾直接进样的高分辨质谱（nanoESI DI-HRMS），分别结合质谱信息非依赖采集（DIA）、拼接式质谱采集、毛细管微探针取样等技术，实现了大规模人群样本代谢组的高通量分析和20个哺乳动物细胞脂质组
Nature子刊：做免疫细胞好难，太拼“老”得快！科学家找到新方法，有望助其“重获新生”
在对抗各类疾病的过程中，人体内的T细胞可谓贡献巨大。通常情况下， 急性感染和疫苗接种后，初始T细胞被抗原、共刺激和炎症激活，以指数方式增殖向效应 T 细胞和记忆 T 细胞分化。其中，记忆性CD8 T细胞（TMEM）可以长期存活，在没有抗原的情况下可以通过稳态细胞因子、IL-7和IL-15进行自我更新，并在再次感染时，产生强大的次级效应
Nature Communications：GapClust方法能够高效准确地从大量单细胞转录组中发现稀有细胞群体
近日，国际知名期刊《Nature Communications》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院俞章盛团队的研究成果“GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profi
Genome Biology：开发出单细胞基因组单分子测序新方法
单细胞全基因组测序技术（scWGS）可以有效揭示生物样品中不同细胞之间的异质性，并系统鉴定单个细胞的基因组中发生的遗传变化，例如拷贝数变异（CNV）和点突变（单核苷酸变异，SNV）等。过去十年，研究人员已经开发出多种单细胞基因组扩增技术，例如简并寡核苷酸引物PCR扩增技术(DOP-PCR)、多重置换扩增技术（MDA）、多重退火和基于环的扩增循环技术（MALB
Genome Biology：科研人员开发出在单细胞中识别染色质类染色质拓扑相关结构域结构的算法
基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中，这一高级结构即三维基因组学，对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获（3C），尤其是高通量技术（Hi-C，ChIA-PET）的发展推动了三维基因组的研究，发现了包括染色质拓扑相关结构域（TAD），染色质环等一系列层次化的结构特征。近年来，单细胞水平下的Hi-C研究成为三维
J Crohns Colitis：从肠上皮细胞端粒角度治疗溃疡性结肠炎的新方法
溃疡性结肠炎(UC)是一种反复发作的结肠慢性炎症性疾病。在严重或长期病例中，肠上皮细胞端粒缩短已有报道。然而，其对UC发病机制的影响尚不清楚。为此，作者使用我们最初建立的长期器质性炎症模型来评估端粒缩短。本研究首次揭示了端粒缩短在UC发病机制中的作用。羟基积雪草苷(MD)可能是一种超越内镜黏膜愈合的UC治疗的新候选方法。图片来源：https://pubmed
Science：利用sci-Space技术在单细胞水平上揭示细胞基因转录的空间分布模式
2021年7月6日讯/生物谷BIOON/---一项名为sci-Space的新技术与来自其他技术的数据相结合，可能会在哺乳动物胚胎发育过程中，通过不同细胞的基因表达绘制出四维图谱。这类图谱将描绘出单个细胞中的基因转录本如何反映出时间的流逝、细胞谱系、细胞迁移以及发育中的胚胎位置。它们还将有助于阐明基因表达的空间调节。哺乳动物胚胎发育是一种了不起的现象：一个受精
Science子刊：新型高通量无细胞无病毒定量中和测试方法可检测患者对SARS-CoV-2的免疫力，灵敏度高达96.7%
2021年7月17日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自瑞士洛桑大学医院和洛桑联邦理工学院的研究人员开发出一种新的高通量无细胞无病毒定量中和测试方法（high-throughput cell- and virus-free quantitative neutralization assay），其灵敏度足以测量血液中存在的SARS-CoV-2中和
Journal of Genetics and Genomics：单细胞分辨率绘制水稻幼苗叶和根的转录组图谱
水稻作为重要的粮食作物，为全球一半以上的人口提供主粮；同时，水稻作为单子叶模式植物，其个体发育与细胞分化受到了科研人员持续和广泛的关注。细胞功能的分化常常可以体现为基因表达的差异。新兴的单细胞转录组测序技术使高通量探究细胞的功能分化成为可能。绘制水稻全苗单细胞转录图谱将为单子叶植物的研究工作提供关键的基础资源，为理解植物发育的转录调控