miRna生物信息学及其在医学研究中的应用
miRna是一类重要的基因调控因子，越来越多的证据表明miRna在许多重要的生命过程中发挥着关键作用。因此，和miRna有关的功能异常和许多疾病有关（根据人类miRna疾病数据库， HMDD, http://cmbi.bjmu.edu.cn/hmdd, 的统计，目前已经有近400种人类疾病被报道了和miRna有关）。因此，miRna正在成为理解疾病发生发展机制的明星分子，并且疾病的预防、诊断与治疗中具有巨大的潜在的应用价值。从有关miRna研究的一开始，生物信息学在其中就发挥着重要作用。从miRna发现到靶基因预测，从分子进化到网络调控，从疾病易感位点确定到疾病miRna关联分析，都可以看到生物信息学的身影。在本报告中，报告人将重点介绍本人实验室在miRna-疾病-药物之间关系的生物信息学研究，从大规模数据分析到建模和预测，同时概括miRna生物信息学在医学研究中的应用。
晶芯® 人类长链非编码Rna芯片V3.0的设计及在疾病研究中的应用
长链非编码Rna (lncRna)以Rna的形式在多种层面上，通过影响染色质状态，Rna转录和翻译层面调控基因的表达。近年研究者非常关注lncRna在各种生物学过程和疾病过程中所起到的作用，形成了新的研究热点。 博奥生物与中科院生物物理所陈润生院士研究组，基于已经公布的大量lncRna数据库及实验室发现的800多条中等长度的非编码Rna，推出了自主设计的lncRna芯片。继成功推出lncRna V1.0 和 V2.0 芯片基础上，鉴于当前lncRna 研究的快速进展，收集和更新lncRna 序列信息，经过严格的序列筛选和整合，推出了新一代的晶芯lncRna V3.0 芯片服务。最新的V3.0芯片包括约3.8万条lncRna和约3.4万条mRna探针，可以同时针对lncRna和mRna进行检测。在充分保证探针容量和重复数量（lncRna和mRna检测探针均重复2次以上）的前提下，降低了芯片成本和实验费用。在检测成本和检测准确性之间达到较好的平衡点。 通过lncRna芯片检测，研究人员能够迅速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRna的表达变化，从而发现与特定生物学过程相关的lncRna，寻找与疾病相关的lncRna。
转录因子和miRna在复杂疾病中的共调控网络研究
Transcription factors (TFs) are key regulators controlling the transcription of target genes by binding to specific Dna sequences on the promoter of target genes. Both the TFs and miRnas are regulators of gene expression and they may mutual regulate each other to form feedback loops (FBL), or they regulate the same target gene to form a feed-forward loop (FFL). It has been reported that hundreds of potential miRna-mediated feedback and feed-forward loops are available at the genome level.
Novel signaling by the IKK complex
Signal transduction plays a pivot role in regulating cell functions, from proliferation, differentiation, programmed cell death, and transformation. Deregulation of signal transduction could lead to various human diseases even cancer. Extracellular signals are transmitted into cells via an intracellular signaling network that is composed of multiple signaling pathways, dictating cellular functions, such as growth, differentiation, programmed death (apoptosis) and transformation.
Although we have learnt a great deal about the architecture of the intracellular signaling network, our understanding of its biology is limited. The work in my laboratory focuses on elucidating molecular mechanisms underlying plasticity and specificity of intracellular signaling network using c- Jun N-terminal protein kinase (JNK) and IkB kinase (IKK)/NF-kappaB as molecular probes and understanding the impact of deregulating the intracellular signaling network on human diseases
p53独立诱导细胞凋亡途径与p53肿瘤抑制Dna损伤的执行
澳大利亚Walter+Eliza医学研究所Andreas Strasser教授介绍了不依赖于p53的Dna损伤所引发的的凋亡信号通路，这条信号通路与p53相互协调，共同增加肿瘤的抑制作用。
Dna氧化在哺乳动物发展的全能性
来自上海生物化学与细胞生物学研究所的徐国良教授分别介绍了：表观遗传调控细胞命运；哺乳动物的发展；表达调控在早期和生殖细胞的基因沉默和谱系限制；Dna甲基化和基因沉默；Dna甲基化与基因激活等技术知识。
small Rna-seq - 陈巍学基因（9）
本期课程介绍：
1、small Rna建库测序的方法；
2、small Rna测序数据的生物信息学分析（A、表达量差异分析；B、聚类分析；C、GO分析；D、KEGG Pathway分析）；
3、血清和血浆micro Rna测序的意义、和样本准备
illumina测序化学原理 - 陈巍学基因（1）
本期课程介绍Illumina测序的化学原理。
包括文库（library）、芯片（flowcell）、桥式PCR、双端测序。
Rna-seq方法和应用- 陈巍学基因（7）
na-seq是高通量测序中最常见的一种应用。
本期课程介绍其：
1、方法原理；
2、生物信息分析，表达差异、火山图展示、聚类分析、GO、Pathway、可变剪接、融合基因、点突变
单细胞Dna测序 - 陈巍学基因（10）
从一个细胞做全基因组的测序，是很有用的分析手段。目前MALBAC方法和MDA方法是两个最主要的单细胞全基因组扩增方法。
本视频介绍了：1、MALBAC方法的原理，和其巧妙之处；2、MDA方法的原理；3、单细胞测序在胚胎植入前检测中的应用