基于Oxford nanopore平台的单细胞全长转录组
——应用和实践

基于Oxford nanopore平台的单细胞全长转录组测序突破了读长限制，让研究人员能够通过便捷、高效的流程从单张芯片获得上亿条完整转录本序列，从而在转录本层面分析细胞间差异。搭配ONT开发的分析流程，仅使用ONT数据就可以实现单细胞基因表达、转录本表达等多种下游分析。

“纳米见微，孔明知著”
Oxford nanopore癌症研究用户分享会

测序技术在过去二十年中的快速发展为人类基因组带来了前所未有的洞见。研究人员现在可以使用高通量测序对人类基因组样本进行常规分析以发现一系列与疾病相关的致病变异。

然而癌症是一种具有挑战性的多因素疾病，并且大部分癌症无法通过使用传统短读长测序技术检测到的简单点突变来解释。 因此，现在的癌症研究越来越重视分析结构变异 (SV)、Dna 甲基化和转录本的作用--它们与多种癌症有关。 此外，要真正了解其底层生物学机制，将变异定相到父本或母本的染色体上是至关重要的。 这样的广泛的分析超出了传统测序技术的限制， 需要使用多种且通常不精确的技术。纳米孔测序的独特特性使研究人员能够在前所未有的分辨率，解锁先前隐藏的变异并加速支持人类健康的研究。

9月14日，我们邀请到Oxford nanopore Technologies领域应用技术专家蒲子婧博士，北京大学人民医院主任医师王殊，云南省肿瘤医院主任医师周永春，哈尔滨工业大学助理教授姜涛，举办“纳米见微，孔明知著”， Oxford nanopore癌症研究用户线上分享会，届时，大家可以通过在线问答的方式与这些嘉宾们进行互动。

使用nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组

中国拥有丰富的药用植物资源，对药用植物的使用、栽培历史悠久，测序行业的不断发展推动药用植物的研究，加速了传统的研究方法向微观分子水平的转变。由贝纳基因主导，多家单位共同参与的千种药用植物基因组数据库于2021年6月正式上线：www.herbgenome.com ，目前已收录100+种药用植物基因组数据。

继9月9日湖北中医药大学研究员、博士生导师刘义飞老师的“黄连基因组揭示了小檗碱多样性＂和9月16日深圳中国科学院仙湖植物园万涛研究员的“百岁兰基因组揭示其在沙漠极端干旱环境下的长寿机制”之后，9月23日，我们邀请到武汉贝纳科技有限公司项目总监牛妍博士，带来“使用nanopore技术从头组装药用植物地黄基因组”的在线技术讲座。

会议日程

中国科学技术大学单革教授在线讲解“环Rna种类和功能”

单革，中国科学技术大学教授，博士生导师。单革博士长期从事基因表达调控和非编码Rna功能及功能机理方面的研究。

发现了新的非编码Rna类型（mecciRna、EIciRna、5S-OT、ASAT siRna、p53点突变适配体Rna等）、研究了新的非编码Rna功能、揭示了新的非编码Rna作用机理、探索了新的非编码Rna研究方法。实验室成立以来先后在Genome Biology, Developmental Cell，nature Structural & Molecular Biology，nature Communications, Science Advances和PnaS等期刊发表多篇非编码Rna领域的研究论文。

承担基金委面上、重点项目；科技部“国家重点研发计划”项目负责人（环境应激和营养失衡所致获得性性状及其代际传递机制，2019.12-2024.11）。获2020年度安徽省科学技术奖（自然科学奖一等奖，项目名称“新非编码Rna的发现、功能及相关调控”，第一完成人）。任中国生物化学与分子生物学会核糖核酸Rna专业分会（Rna Society, CSBMB）副主任委员，Non-coding Rna Research副主编（Associate Editor）。获得科技部“中青年科技创新领军人才”（2016），基金委“国家杰出青年基金”（2017），国家 “万人计划”科技创新领军人才（2018）。

纳米孔长读长直接Rna测序与应用介绍

Rna测序（传统测序技术称为Rna-Seq）已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。它是研究发育生物学、人类遗传学和疾病相关病理学的宝贵工具。

基于短读长测序的Rna分析均需将Rna转化为互补Dna（cDna）链，在这一过程中，逆转录或扩增可引入偏倚，且并非所有的转录物都以相同的效率扩增，这就会导致一些种类的Rna的中断以及其它种类Rna的过度扩增，同时在PCR扩增过程中会丢失有关碱基修饰的所有信息。

长读长纳米孔 Rna 测序能够以完整的全长序列对天然 Rna 或 cDna 进行准确定量和鉴定，无需片段化或扩增，简化分析，并消除了潜在的偏好性来源。直接 Rna 测序还可以同步识别碱基修饰和核苷酸序列，目前纳米孔直接Rna测序能够处理的最长转录本目前长度超过20kb。

来自中国和世界各地的科学家已经将纳米孔Rna测序提供的众多独有优势运用到了各个不同领域，我们邀请到多个领域的研究者们在近期为大家带来纳米孔转录组测序系列研究讲座，分享他们利用纳米孔测序进行Rna研究的经验与成果。

首期，6月3日，我们邀请到福建农林大学林学中心席飞虎，武汉贝纳科技有限公司 副总经理陈虎，在线上带来他们利用纳米孔长读长测序平台进行直接Rna测序研究的实战经验和研究成果。


会议日程

安捷伦基因组学系列讲座 —— 安捷伦Rna和Dna平行测序文库构建方案，一天当作两天用

利用Dna和Rna的平行靶向测序可以比对序列差异、验证基因融合，检测Dna突变的关联基因表达水平变化。利用SureSelect XT HS2 Rna建库试剂盒，结合之前推出的 XT HS2 Dna试剂盒就可以轻松实现Dna和Rna的平行建库，实现上述应用。

之前我们已经介绍过XT HS2 Dna建库方案，本期将要介绍的SureSelect XT HS2 Rna 试剂盒是安捷伦最新推出的一款链特异性，靶向富集的Rna文库构建试剂盒。该试剂盒针对低起始量的FFPE样品进行了优化，样品起始量可低至10ng；试剂盒提供384对双端样本标签，接头序列中引入了分子标签，极大降低了测序中标签跳跃问题， 在去除Duplication时更准确；该试剂盒对整体建库流程进行了优化，建库时间缩短至11个小时。SureSelect XT HS2 Rna与SureSelect XT HS2 Dna采用同一建库流程，两款试剂盒的配套使用可以实现Dna和Rna的平行建库。

Rnascope原位杂交技术对复杂组织进行空间表达分析

Rnascope和BaseScope原位杂交（ISH）广泛应用于人类样本库和临床科研以及临床前动物模型等组织中的高分辨率目标Rna表达分析。ACD的Rna-ISH检测在临床实验研究中是有效的，能够在复杂的组织微环境中进行定量的、细胞特异性的表达分析。
Rnascope和相关ISH技术的应用进展包括：
- 固定组织中Rna的单分子检测
- 空间、多重Rna-ISH用于Rnaseq转录组学的验证
- SARS-CoV-2及其他病毒病原体检测
- 实体瘤组织中CAR-T细胞的检测
- AAV基因治疗的生物分布

Rnascope and BaseScope in situ hybridization (ISH) platforms are utilized worldwide for high resolution tissue-based target expression analysis in human archival and clinical biopsies, as well as in preclinical animal models. ACD’s Rna ISH assays are clinically validated and enable quantitative, cell-specific expression analysis within complex tissue microenvironments.
Advances in Rnascope and related ISH technologies will be discussed:
- Single-molecule detection of Rna in fixed tissues
- Spatial, multiplexed Rna ISH for validation of Rnaseq transcriptomics
- SARS-CoV-2 and other viral pathogen assays
- CAR-T cell detection in solid tumor tissues
- AAV gene therapy biodistribution analysis

安捷伦基因组学系列讲座 —— 超长片段 Dna 样本分离与质控的终极解决方案

脉冲场电泳可以分离几十 Kb 的超长片段 Dna，然而传统的脉冲场电泳动辄就要运行过夜，实验结果还受诸多外界因素影响。当样本量很大，时间是个关键因素时，该如何解决？本次讲座，我们将向您系统阐述脉冲场电泳的基本原理，您将了解到最先进的十倍于传统脉冲场电泳速度的 Femto Pulse 全自动脉冲场电泳系统，以及 Femto Pulse 系统如何解决三代测序样本质量控制的问题。
讲座概要：
1. 脉冲场电泳的基本原理
2. 安捷伦 Femto Pulse 全自动脉冲场电泳系统
3. 全自动脉冲场电泳系统用于三代测序的样本质量控制

非酒精性脂肪性肝炎(naSH)药物研发——作用靶点和动物模型简介

癌症临床研究的二代测序解决方案——攻克FFPE样本、ctDna和低频变异

利用二代测序开展癌症临床研究需要克服几大难题。FFPE样本Dna降解程度高、血液中的游离肿瘤核酸样本量少，片段化程度高、驱动变异的等位基因频率往往很低，高通量测序平台标签跳跃问题限制低频变异的准确检测等。本讲座将重点介绍如何种用安捷伦二代测序配套建库与质控工具解决在癌症临床研究中经常遇到的几大问题，同时介绍安捷伦最新推出的癌症二代测序产品线Multiplicom。