Nature重磅：改写进化论！DNA突变并不是随机的
DNA突变是指个别脱氧单磷酸核苷残基以至片段DNA在结构、复制或表型功能的异常变化。基因突变的发生和脱氧核糖核酸的复制、DNA损伤修复、癌变和衰老都有关系，基因突变也是生物进化的重要因素之一。一直以来，科学界认为，不论是真核生物还是原核生物的突变，也不论是什么类型的突变，都是随机的。美国加州大学和德国马克斯普朗克发育生物学研究所的研究
Nature:科学家构建基因表达调控DNA序列进化和适应度景观研究框架
顺式作用元件是位于基因旁侧序列中能影响基因表达的非编码DNA序列。这些顺式作用元件的突变可能影响与基因转录因子相互作用，从而调控基因表达，进而改变生物表型和适应度景观。一个完整的适应度景观由一个适应度函数定义，该函数将序列空间中的每个序列映射到其相关的适应度。但调控DNA序列与适应度建立的映射关系很难可靠地推广到整个序列空间，因此构建完全的适应度
Plant Diversity：石松类和蕨类植物的基因组大小与进化研究中取得进展
基因组的大小与物种进化之间的关系一直以来都受到学者广泛关注。作为遗传信息的载体，基因组大小不可避免地逐步增加。已有研究显示，基因组的大小同物种的进化程度之间存在一定的正相关关系。从大尺度的分类水平来看，基因组大小和物种复杂程度在总的趋势上呈正相关性。然而随着研究的深入，人们发现基因组的大小和物种的进化复杂度之间没有严格的对应关系，这就是所谓的“C值悖论”，这
研究人员揭示共生总基因组可视为宿主和肠道微生物适应性进化的实体单元
过去我们认为动植物的自身遗传物质及其所处周边环境决定着物种的性状。近些年，越来越多的研究发现一些共生的微生物对宿主表型也有至关重要影响。事实上，宿主遗传和肠道微生物两者并非各自独立、互不影响，它们间存在着广泛而复杂的互作关系。“共生总基因组”理论为我们提供了一个全新视角和范式来理解生物体：即所有动植物都是由宿主和相关微生物构成的“共生总体”（holobion
Nat Sci Rev：科学家揭示人类肝细胞癌的动态表型异质性和多种RNA亚型的进化机制
来自中国科学院等机构的科学家们通过研究描述了肝细胞癌（HCC）中肿瘤异质性的动态基因组蓝图。
分子进化研究领域取得重要成果
自然选择是分子进化的重要驱动力，正确测量基因组上自然选择的数量与强度是分子进化研究的重要内容，对于查找基因组上具有关键功能的适应性进化基因具有重要意义。在过去的二十年里，大量的文献通过相关统计检验方法检测出各类物种基因组上的适应性进化信号。其中主要包括了McDonald-Kreitman（MK）检验和PAML（随机位点模型和分枝位点模型）似然比检验这两个经典
Nat Commun：浙大林世贤课题组通过翻译系统的定向进化，提高非天然氨基酸的整入效率
在一项新的研究中，林世贤教授课题组在Nature Communications期刊上发表了一篇标题为“Directed-evolution of translation system for efficient unnatural amino acids incorporation and generalizable synthetic auxotroph
牛肝菌目物种从褐腐到共生的创新进化史研究获进展
在森林土壤中，木材分解真菌、枯枝落叶分解真菌和外生菌根真菌形成错综复杂的菌丝网络。作为有机物的分解者，腐生真菌对森林生态系统的物质循环和能量流动发挥不可替代的作用。作为植物的共生伙伴，外生菌根真菌可以将植物光合作用合成的碳水化合物转移到土壤微生物群落中，供微生物利用。研究腐生真菌和共生真菌在碳源、氮源获取和有机质降解方面的异同，将有助于认识生态系
研究人员发表抗体亲和力体内定向进化系统“EASINESS”
上海交通大学系统生物医学研究院陶生策团队，开发了一种基于大肠杆菌的抗体亲和力体内定向进化系统“EASINESS”，可以在一周内将目标抗体亲和力提升1-2个数量级，且无需复杂的机械装置与人工操作。该研究基于一种易错DNA聚合酶I选择性地突变ColE1质粒实现体内抗体突变库的构建，以及来自mDHFR分裂片段的蛋白质-蛋白质相互作用选择系统实现对突变库的筛选。本研
Science：揭示SARS-CoV-2变体正在进化出逃避抗体和疫苗的新方法
在一项新的研究中，由美国哈佛医学院的研究人员领导的一个研究团队在预测SARS-CoV-2冠状病毒的未来进化策略的过程中鉴定出几种潜在的突变，这些突变将使这种病毒逃避免疫防御，包括通过感染或接种疫苗获得的自然免疫以及基于抗体的治疗。