美国利用纳米孔测序技术，实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测
非洲猪瘟病毒（ASFV）是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员，是一种大型（200nM）复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪，扩散快，致死率高（可达100%），对猪业造成严重的经济后果。近期，美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min
Nat Med：科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体
2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中，来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现，利用宏基因组测序技术（metagenomic sequencing）或能快速检测人类体液样本中的病原体，文章中，研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测，其中大部分人群都是因病
香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队：纳米孔全基因组测序分析发现全球首例COVID-19康复患者二次感染
8月，香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队利用纳米孔手持便携式测序仪MinION进行全基因组测序，结合ARTIC和Medaka工作流程分析，发现全球首例COVID-19康复者二次感染病例，基因组学分析显示两次感染病毒不同。对两次感染的病毒基因组学进行分析发现首次感染的病毒基因组属于GISAID V分支、Nextstain19A分
Science特刊从转录组角度专注于人体遗传变异
2020年9月21日讯/生物谷BIOON/---人类表型的全貌源自常见和罕见的遗传变异的混合，其中的一些遗传变异会影响基因在体内的表达和剪接方式。十多年前，科学家们为了更好地了解遗传多样性对健康人体的影响，发起了基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）联盟。在此，Science期刊公布了这个项目的第三阶段也是最后一
Nat Med: 基因组测序加速食道癌筛查
食道癌是全球第八大最常见的癌症。对于这种类型的癌症，现有的监测和治疗方法非常麻烦，许多患者必须经过繁重的程序才能确保不会遗漏任何恶化的风险。
针对大规模全基因组测序数据寻找与常见疾病有关的罕见遗传变异的检验方法
2020年8月24日， 《自然-遗传学》（Nature Genetics） 在线发表了哈佛大学林希虹教授团队的最新研究成果。研究团队提出了一个针对大规模全基因组测序数据的罕见变异检验方法STAAR（variant-Set Test for Association using Annotation infoRmation）。该方法有效地引入并整合了
《细胞》亮点：庄小威联合团队看清染色质转录动态；单细胞测序揭示肺癌难根治原因
顶尖学术期刊《细胞》在线发表了多篇论文。第一篇论文来自哈佛大学庄小威教授与Bogdan Bintu教授的联合团队。科学家们开发了一种全基因组范围内的成像技术，能够看清染色质的3D结构与转录活性。研究人员们在摘要中指出，染色质的3D结构调控了许多基因组的功能。如果有一款工具能够看清染色质的3D结构，无疑将帮助我们更好地理解其生理功能。为此，研究人员
中国研究人员完成淡水超微真核藻全基因组测序
超微型浮游藻类（粒径≤3μm）简称“超微藻”，广泛分布于海洋和淡水生态系统，在水生生态系统尤其是微食物环中有重要作用。它们具有更高的CO2固定效率，对水体初级生产力的贡献量可高达90%，且其潜在的混合营养代谢功能对浮游细菌的种群具有调控作用。Mychonastes homosphaera是长江中下游富营养化湖泊（巢湖、鄱阳湖）常见的优势超微真核藻，其对富营养
Nature Communications：研究发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库
作为细胞异质性研究的重要工具，单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展，并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断，研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释，以及综合多数据集的研究。然而，精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显着影响细胞检索的可靠性；二、目前缺少跨物