Nat Med：科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体
来源：本站原创 2020-11-16 19:34
2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中，来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现，利用宏基因组测序技术（metagenomic sequencing）或能快速检测人类体液样本中的病原体，文章中，研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测，其中大部分人群都是因病
2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中，来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现，利用宏基因组测序技术（metagenomic sequencing）或能快速检测人类体液样本中的病原体，文章中，研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测，其中大部分人群都是因病住院的患者。
目前诊断患者是否发生感染的方法就是收集患者的血液或组织样本，并送到实验室中进行检测，在大多数情况下检测会分为两类，第一种就是进行培养来观察病毒、真菌或细菌是否会繁殖，另外一种就是通过PCR技术来检测DNA从而识别外来的病原体是否存在；正如研究人员指出的那样，培养需要花费时间，而且只有当临床医生已经确定了感染的性质时才能够使用PCR进行病原体的检测。
图片来源：Pixabay/CC0 Public Domain
这项研究中，研究者表示，使用宏基因组测序的技术就能加速对感染性因子的识别，在这种测序过程中，研究人员首先会从诸如尿液、脓液和脑脊液等样本中提取遗传物质，随后进行测序，这样他们就能利用宏基因组测序来快速识别样本中的细菌、真菌或感染性病毒。文章中，研究人员收集了158名患者机体在的多种体液样本，其中大部分患者为入院治疗的个体，在这些患者中，127人已经被诊断为特殊病原体的感染，其中9例竟培养检测发现并未感染，但PCR的检测结果却是阳性。
为了对这些样本进行检测，研究人员利用了新一代宏基因组测序技术（mNGS，metagenomic next-generation sequencing），相比其它方法而言，其更加准确且快速，当使用来自Illumina公司的测序技术时，对细菌感染诊断的敏感性能达到79.2%，特异性能达到90.6%；而使用来自nanopore公司的测序技术时，对细菌感染诊断的敏感性能达到75%，特异性能达到81.4%，而且诸如此类检测能在几个小时内完成。（生物谷Bioon.com）
原始出处：
Gu, W., Deng, X., Lee, M. et al. Rapid pathogen detection by metagenomic next-generation sequencing of infected body fluids. Nat Med (2020). doi：10.1038/s41591-020-1105-z
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