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Nature子刊:像造句一样设计人工蛋白质,基于语言模型的AI平台可一次生成百万序列

该研究突出了人工智能语言模型在蛋白质设计和工程中的潜力,使用深度学习语言模型对蛋白质进行精确的从头设计将在生物学、医学和环境问题中展示出发展前景。

2023-02-03

Nature:发现人类癌症基因组中存在多个反复出现的重复序列扩张

在一项新的研究中,来自美国斯坦福大学、耶鲁大学和加拿大多伦多大学等研究机构的研究人员发现了人类癌症基因组中多个反复出现的重复序列扩张的证据。

2022-12-26

Cell:适应性序列差异在人类中形成了新的促进神经发育的基因开关

在一项新的研究中,研究人员确定了一组人类DNA序列,它们驱动着大脑发育、消化和免疫方面的变化,这些变化似乎是在我们的家系从黑猩猩的家系中分离出来之后,但在我们与尼安德特人分裂之前就已经迅速进化。

2022-11-29

Cell:开发出更好的方法从海量序列中寻找RNA病毒

在一项新的研究中,研究人员描述了一个可以专门扫描RNA病毒序列的计算管道。利用这一工作流程,他们梳理了来自世界各地不同环境样本的5000多个RNA序列数据集(宏转录组),使RNA病毒的多样性增加了五倍

2022-10-12

Nat Biotechnol:利用改进的CRISPR-Cas9基因编辑系统将较长的DNA序列高效引入细胞基因组中的精确位点

CRISPR-Cas9基因编辑系统的一种新变体使得它更容易为治疗应用而对大量细胞进行基因改造。

2022-08-30

Nature Communications:发现环形RNA中存在驱动翻译的短序列元件

该研究通过对随机序列的筛选,系统性鉴定出多个类IRES(内部核糖体进入位点)元件来驱动环形RNA的翻译,并进一步通过分析质谱数据,鉴定出近千个能翻译的内源性环形RNA

2022-07-06

Cell:在正常和疾病状态下,基因组中的重复序列重组在人类基因组中广泛存在

识别导致这种涉及曾经被认为是“垃圾”的DNA序列的无数重组的机制可能对理解我们的细胞如何发育以及什么会让它们变得不健康至关重要。

2022-07-29

Science:与神经系统疾病相关的突变增强低复杂性蛋白序列的自我结合

大多数蛋白折叠成稳定的、形态独特的三维形状。相比之下,真核细胞中10%到20%的蛋白质组并没有采用稳定的结构。

2022-07-15

Nature:颠覆半个世纪的观点,张建之团队发现即使不改变蛋白质序列的同义突变也通常有害

在自然界这个瞬息万变的环境中,非同义突变更可能在某一些环境中达到低于近中性区的适应度,从而被自然选择所淘汰。研究团队用计算机模拟并用四个不同环境中测得的突变体的适应度数据证实了上述可能。

2022-06-10

Molecular Ecology Resources:解析斑鳖的全基因组序列及其适应性进化基础

研究人员发现斑鳖与中华鳖(Pelodiscus sinensis)亲缘关系密切,然而在54.4百万年前开始分道扬镳。种群历史分析表明斑鳖的有效群体在历史上呈现出连续下降的趋势,这与其遗传杂合度和遗传多

2022-05-18