Nature子刊:北京大学魏文胜团队开发先导编辑筛选技术,揭示人类基因组中功能性同义突变
针对这些功能性同义突变,魏文胜团队开发了一种专门的机器学习模型——DS Finder,并借助多方面的实验证据揭示了它们对诸如 mRNA 剪接和转录等各种生物过程的影响。
Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱,CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异,还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹,绘制出肿瘤演化的“进化地图”。
北京大学最新Cell论文:白洋团队构建全球首个作物根际“细菌+病毒”基因组数据库
该研究结合多种作物的根际可培养细菌基因组与宏基因组数据,构建了作物根际细菌基因组数据库(CRBC)和作物根际病毒基因组数据库(CRVC),显著扩展了公开可用的作物根际细菌基因组数量约 3 倍,鉴定的病
《Cell》发现:错误的基因图谱正在误导决策
这项研究的意义远不止于狐狸。保护生物学家利用遗传数据来决定保护哪些种群、如何设计育种计划,以及判断濒危物种是否面临近亲繁殖的风险。如果遗传图谱被扭曲,这些决策就可能建立在不可靠的基础上。
Science:颠覆传统基因组结构变异研究,Genome-Shuffle-seq的高效生成与精确检测
这项技术通过集成一类名为“Shuffle cassette”的基因组构件,将多个SV诱导事件以高通量的方式集成到细胞群体中,并能利用特定的条形码系统,在不同的细胞内追踪这些变异的发生与影响。
Cell:新研究揭示肾癌会激活人类基因组中休眠的病毒基因,有可能开发出新的肾癌免疫疗法
这项研究表明,免疫系统可以对肾癌细胞发起攻击,而且由于癌症驱动突变的存在,这些肾癌细胞的表面会呈现内源性逆转录病毒蛋白片段。
Nature:破解基因组稳定之谜!卫星DNA如何成为染色体分裂的关键?
卫星DNA(satellite DNA)的研究正在重新定义遗传学的边界。从最初被视为“垃圾DNA”到今天被发现其在染色体分离和基因组稳定性中的核心作用。
Cancer Cell:西湖大学郭天南团队等绘制泛癌种蛋白质组图谱,覆盖22种癌症类型
该研究利用数据非依赖性采集质谱(DIA-MS)构建了一个大规模泛癌种蛋白质组图谱,覆盖了 22 种癌症类型的 999 例原发肿瘤样本,定量了 9670 种蛋白质。
科学家开发NK细胞全基因组筛选平台,找到三个可增强CAR-NK细胞抗肿瘤能力的关键调控因子
通过开发高通量CRISPR筛选平台,并利用该平台对原代人类NK细胞进行了多次全基因组CRISPR筛选,最终识别出能增强CAR-NK细胞抗肿瘤能力的3个反向调节因子,MED12、ARIH2或CCNC。
中国学者一作Nature论文:绘制转移性胰腺癌转录组可塑性空间图谱
不同患者的原发灶与其多器官转移灶之间缺乏统一的克隆进化模式,即使在同一器官内部,也可观察到多个独立克隆亚群的共存。此外,癌细胞的谱系表型与其克隆起源无严格对应性,而是显著地与其所处的肿瘤微环境相关联。