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Nat Med:单细胞测序揭示胃癌患者差异化结局的原因

德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员对来自腹膜癌(一种特定形式的转移性胃癌)患者的45,000多个细胞进行了分析,确定了广泛的细胞异质性,并确定了与患者生存相关的两种不同亚型。

2021-01-05

研究开发出基于深度学习的单细胞转录组分析模型

  单细胞转录组作为单个细胞的特征,可更加精确地定义细胞的类型。常规的基于单细胞转录组的分类方法首先是进行无监督的聚类,然后根据每个集群(Cluster)特异表达的细胞标记基因来对集群进行标注。虽然基于无监督的分类方法更容易发现新细胞类型,但是人工标注的过程费时费力。目前已有的基于监督学习的自动分类方法,大部分无法兼顾到方法的可解释性以及

2020-11-12

Immunity:新技术可帮助修复单细胞RNA测序的丢失数据

从单个细胞中测序RNA可以揭示有关这些细胞在体内做什么的大量信息。麻省理工学院的研究人员现在通过修改常用的Seq-Well技术,大大提高了从每个细胞收集的信息量。

2020-10-15

Genome Med:单细胞RNA测序技术或能揭示胰腺肿瘤中单个细胞的特性 有望帮助开发个体化胰腺癌疗法

2020年10月11日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一篇发表在国际杂志Genome Medicine上的研究报告中,来自美国翻译基因组学研究院等机构的科学家们通过研究详细描述了组成胰腺癌微环境的单个细胞的特性,这或许有望帮助开发新型疗法来治疗这种侵袭性且难以治疗的癌症类型。图片来源:CC0 Public Domain文章中,研究人员利用一种名为单细胞

2020-10-11

单细胞测序找到背后原因

 黑色素瘤是最为致命的皮肤癌类型,且发病率不低——根据美国癌症学会的统计,每38名白种人里,就有1人会在生命中的某一时刻罹患黑色素瘤。如果发现得早,这种恶性肿瘤还可以通过手术切除。一旦它发生扩散,治疗手段就会大受局限。但要早期发现黑色素瘤并非易事。在很多人的意识里,黑色素瘤来源于痣的恶化。然而事实上,这只能解释部分黑色素瘤的起源。大部分黑色素瘤在发

2020-10-08

Cell Rep:单细胞测序预测化疗的有效性

在最近一项研究中,来自密歇根大学的Jun Hee Lee博士课题组使用一种单细胞RNA测序的技术,首次展示了单个癌细胞群中的各个细胞对化学疗法引起的DNA损伤的基因表达差异。他们发现,这些反应可以被分为三类:激控制细胞死亡,细胞分裂或应激反应。相关结果发表在最近的《Cell Reports》杂志上。

2020-08-26

NEJM:单细胞测序揭示线粒体疾病发生机制

在最近一项研究中,马萨诸塞州总医院(MGH)的人员在发现了有关一类线粒体疾病的新致病机制。线粒体疾病是一种遗传性疾病,会干扰体内能量的产生,目前尚无法治愈。该发现发表在《New England Journal of Medicine》上。

2020-08-15

细胞》亮点:庄小威联合团队看清染色质转录动态;单细胞测序揭示肺癌难根治原因

 顶尖学术期刊《细胞》在线发表了多篇论文。第一篇论文来自哈佛大学庄小威教授与Bogdan Bintu教授的联合团队。科学家们开发了一种全基因组范围内的成像技术,能够看清染色质的3D结构与转录活性。研究人员们在摘要中指出,染色质的3D结构调控了许多基因组的功能。如果有一款工具能够看清染色质的3D结构,无疑将帮助我们更好地理解其生理功能。为此,研究人员

2020-08-22

bioRixv:单细胞分析和机器学习确定了COVID-19的主要靶点

2020年6月6日讯 /生物谷BIOON /——耶鲁大学医学院的科学家们正在利用单细胞RNA测序来研究SARS-CoV-2如何与宿主细胞相互作用。心血管医学和计算机科学部医学助理教授David van Dijk博士和实验室医学和免疫生物学助理教授Craig Wilen博士利用被感染的人类支气管上皮细胞(HBECs)的单细胞RNA序列数据来确定病毒如何感染和改

2020-06-06

Genome Biology :单细胞RNA测序可定量检测药物对胰岛细胞的效果

胰腺是产生消化酶以及调节血糖水平的激素的器官。胰岛专门负责激素的分泌,其中有β细胞和α细胞,β细胞会产生降低血液中葡萄糖水平所需的激素——胰岛素,而α细胞会产生负责升高血液中葡萄糖水平的激素——胰高血糖素。

2020-05-12