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  • Cell DIVETM应用:基于空间蛋白组学建立结肠癌预后推断新方法

    Cell DIVETM应用:基于空间蛋白组学建立结肠癌预后推断新方法张觉超 研究背景结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)是全球第三大癌症类型,占癌症相关死亡人数的第二位(图1)[2]。虽然CRC患者采用成熟的TNM分型进行分期和治疗,但肿瘤的异质性导致相同分型结肠癌患者的预后大相径庭。统计数据表明,相当比例的CRC患者术后1-2年

  • Nature 子刊:多组学数据与机器学习识别新的癌症基因

    癌症基因的鉴定在精准肿瘤学和癌症治疗学的发展中起着至关重要的作用。癌症的进展被认为是由驱动基因突变的积累引起的,这些突变赋予细胞选择性的生长优势。在过去的几年里,人们致力于从遗传大数据中找出癌症基因,预测癌症基因的最初方法是寻找显着突变的基因,然而,目前已知的癌症基因(KCG)目录的完整性仍存在争议。尽管成千上万的癌症基因组序列有助于癌症基因的鉴定,但仍存在

  • 蛋白质组学研究领域取得新进展

      近年来,蛋白质相关数据海量增加,极大地促进了蛋白质组学的发展,高通量蛋白质组学数据挖掘研究已成为国内外生物信息学研究的热点和学科前沿。蛋白质的功能、代谢以及信号传导等生物过程都与其亚细胞定位密切相关,新合成的蛋白质必须处于合适的亚细胞位置才能正常行使其功能。而异常的蛋白质亚细胞位置能够影响蛋白质的功能,并与人类疾病息息相关,如阿尔兹海

  • Nature: 多组学研究揭示SARS-CoV-2和SARS-CoV对宿主的影响

    鉴于SARS-CoV-2的全球大流行,目前迫切需要深入了解病毒蛋白的分子功能及其与宿主蛋白质组的相互作用。此前研究通过几个单独的组学分析扩展了我们对COVID-19病理生理学的认识。而由于受到实验体系差异化的存在,上述研究结果难以进一步集成,因而限制了我们对病毒-宿主相互作用的整体认识。对此,在最近一项研究中,来自德国慕尼黑理工大学的Andreas Pich

  • Cell: 新型CRISPR转录组学编辑“机器”有助于重塑转录组记忆

    基因编辑技术的进步大幅提升了我们修饰人类基因组的能力。基于sgRNA介导的CRISPR- Cas9相关基因编辑技术能够在指定位点引入DNA断裂以失活基因功能或通过同源性DNA修复引导精确的DNA编辑,这些技术已针对基础DNA序列的靶向变化进行了优化,因此非常适合修复或引入致病性突变。然而,上述技术对内源性DNA修复机制的依赖提出了挑战,因为这些途径的复杂性可能使其难以进一步提升精确性。

  • Nature Cancer :新辅助治疗预测HER2阳性乳腺肿瘤反应的空间蛋白质组学特征研究取得进展

      在新辅助化疗中加入HER2靶向药物可以显着提高了早期HER2阳性乳腺癌的病理完全应答(pCR)率。尽管如此,高达50%的乳腺癌患者在治疗后仍有残余疾病,而其他一些乳腺癌患者可能会过度治疗。在最近一项研究中,来自美国斯坦福大学药学学院的Sara A. Hurvitz, Christina Curtis团队对57例HER2阳性乳腺肿瘤的1

  • 精神分裂症整合组学研究方面取得进展

      精神分裂症(Schizophrenia,SCZ)是一种病因未明的重性精神疾病。SCZ的全球终身患病率约为1%,常发病于青壮年,且不到50%患者能获得较好预后。SCZ的遗传力高达80%,表明遗传风险因素在SCZ中起主要作用。虽然在过去数十年中,精神分裂症全基因组范围内的关联研究(GWAS)鉴别到系列风险遗传变异,但由于遗传异质性和连锁不

  • PNAS:“实时”转录组学揭示果蝇接种肿瘤细胞后的免疫防御机制

    此前研究发现,通过将致癌的RasV12细胞注射到成年雄性果蝇中,会在经过几天的滞后期后大量繁殖,并导致2至3周后果蝇死亡。针对这一现象,来自法国斯特拉斯堡大学的Jules A. Hoffmann团队等人对细胞注射期间的转录组特征进行了研究。相关结果发表在最近的《PNAS》杂志上。

  • Journal of Agricultural and Food Chemistry:发表牛奶来源外泌体糖组学及糖蛋白组学的研究进展

    近期,江南大学生物工程学院杨刚龙副教授与吴志猛教授合作在牛奶外泌体作为载体用于靶向载药研究方面取得重要进展,研究成果“Comprehensive analysis of the glycome and glycoproteome of bovine milk-derived exosomes正式发表于Journal of Agricultural and F

  • 微生物功能代谢组学取得创新成果

    微生物功能代谢产物的合成表达、转运和生物利用与许多重要生物学过程和事件密切相关,如微生物致病力的形成与表达、微生物感染机制、微生物生物膜的形成和微生物抗药性的产生等。系统生物学驱动的功能代谢组学方法,具有高灵敏、高分辨和高通量精准捕获和表征不同生物基质中功能代谢物的领先分析优势,是目前开展微生物代谢合成、代谢互作和代谢调控研究的强有力方法策略。该方法可以从精