晶芯® 人类长链非编码RNA芯片V3.0的设计及在疾病研究中的应用
长链非编码RNA (lncRNA)以RNA的形式在多种层面上，通过影响染色质状态，RNA转录和翻译层面调控基因的表达。近年研究者非常关注lncRNA在各种生物学过程和疾病过程中所起到的作用，形成了新的研究热点。 博奥生物与中科院生物物理所陈润生院士研究组，基于已经公布的大量lncRNA数据库及实验室发现的800多条中等长度的非编码RNA，推出了自主设计的lncRNA芯片。继成功推出lncRNA V1.0 和 V2.0 芯片基础上，鉴于当前lncRNA 研究的快速进展，收集和更新lncRNA 序列信息，经过严格的序列筛选和整合，推出了新一代的晶芯lncRNA V3.0 芯片服务。最新的V3.0芯片包括约3.8万条lncRNA和约3.4万条mRNA探针，可以同时针对lncRNA和mRNA进行检测。在充分保证探针容量和重复数量（lncRNA和mRNA检测探针均重复2次以上）的前提下，降低了芯片成本和实验费用。在检测成本和检测准确性之间达到较好的平衡点。 通过lncRNA芯片检测，研究人员能够迅速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化，从而发现与特定生物学过程相关的lncRNA，寻找与疾病相关的lncRNA。
转录因子和miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究
Transcription factors (TFs) are key regulators controlling the transcription of target genes by binding to specific DNA sequences on the promoter of target genes. Both the TFs and miRNAs are regulators of gene expression and they may mutual regulate each other to form feedback loops (FBL), or they regulate the same target gene to form a feed-forward loop (FFL). It has been reported that hundreds of potential miRNA-mediated feedback and feed-forward loops are available at the genome level. To predict the TF-miRNA co-regulatory FFL and FBL loops, we integrated multiple data of TF targets and miRNA targets including both experimentally validated and predicted. Thus, we developed a strategy to predict the TF-miRNA co-regulatory FFL and FBL loops. We used these methods to study the TF-miRNA co-regulation in specific diseases including schizophrenia and T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL). We identified and verified some key miRNA and genes in these diseases. In the T-ALL, we obtained 120 FFLs among T-ALL related genes, miRNAs and TFs. Afterwards, a T-ALL miRNA and TF co-regulatory network was constructed and its significance was tested by statistical methods. Four miRNAs in the miR-17~92 cluster and 4 important genes (CYLD, HOXA9, BCL2L11, and RUNX1) were found as hubs in the network. Particularly, we found that miR-19 was highly expressed in T-ALL patients and cell lines. Ectopic expression of miR-19 repress CYLD expression, while miR-19 inhibitor treatment induce CYLD protein expression and decreases NF-κB expression in the downstream signaling pathway. Thus, miR-19, CYLD and NF-κB form a regulatory feed-forward loop, which provides new clues for sustained activation of NF-κB in T-ALL. Some single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNA genes or target sites (miRNA-related SNPs) have been proved to be associated with human diseases by affecting the miRNA mediated regulatory function. To systematically analyze miRNA-related SNPs and their effects, we performed a genome-wide scan for SNPs in human pre-miRNAs, miRNA flanking regions, target sites and designed a pipeline to predict the effects of them on miRNA-target interaction. As a result, we identified 48 SNPs in human miRNA seed regions and thousands of SNPs in 3'- untranslated regions with the potential to either disturb or create miRNA-target interactions. Furthermore, we experimentally confirmed 7 loss-of-function SNPs and 1 gain-of-function SNP by luciferase assay. All useful data were complied into miRNASNP, a user-friendly free online database (http://www.bioguo.org/miRNASNP/). These data will be a useful resource for studying miRNA function, identifying disease-associated miRNAs, and further personalized medicine.
林旭：中国人群营养和遗传因素与代谢性疾病的队列研究
林旭研究员介绍了其团队针对中国人群营养和遗传因素与代谢性疾病相关的研究成果： 1 亚洲人比白种人更易罹患糖尿病，中国人更具有“代谢性肥胖”特征。2 中国人群代谢性肥胖表型和疾病的高易感性，不仅仅与遗传因素相关，环境因素也起了非常重要的作用。上世纪90年代以来我国居民膳食能量来源的巨大改变，随之而来的是，近年来我国糖尿病患者数量激增。 3 北京上海两地原住民饮食习惯的不同，更为合理膳食搭配使得上海居民糖尿病患病率低于北京。4 维生素D、乳制品的摄取可降低糖尿病的发病率。体内视黄醇结合蛋白4、C反应蛋白、铁蛋白、内毒素结合蛋白含量的升高预示罹患糖尿病的风险增加。
晶芯® 人类长链非编码RNA芯片V3.0的设计及在疾病研究中的应用
长链非编码RNA (lncRNA)以RNA的形式在多种层面上，通过影响染色质状态，RNA转录和翻译层面调控基因的表达。近年研究者非常关注lncRNA在各种生物学过程和疾病过程中所起到的作用，形成了新的研究热点。 博奥生物与中科院生物物理所陈润生院士研究组，基于已经公布的大量lncRNA数据库及实验室发现的800多条中等长度的非编码RNA，推出了自主设计的lncRNA芯片。继成功推出lncRNA V1.0 和 V2.0 芯片基础上，鉴于当前lncRNA 研究的快速进展，收集和更新lncRNA 序列信息，经过严格的序列筛选和整合，推出了新一代的晶芯lncRNA V3.0 芯片服务。最新的V3.0芯片包括约3.8万条lncRNA和约3.4万条mRNA探针，可以同时针对lncRNA和mRNA进行检测。在充分保证探针容量和重复数量（lncRNA和mRNA检测探针均重复2次以上）的前提下，降低了芯片成本和实验费用。在检测成本和检测准确性之间达到较好的平衡点。 通过lncRNA芯片检测，研究人员能够迅速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化，从而发现与特定生物学过程相关的lncRNA，寻找与疾病相关的lncRNA。
转录因子和miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究
Transcription factors (TFs) are key regulators controlling the transcription of target genes by binding to specific DNA sequences on the promoter of target genes. Both the TFs and miRNAs are regulators of gene expression and they may mutual regulate each other to form feedback loops (FBL), or they regulate the same target gene to form a feed-forward loop (FFL). It has been reported that hundreds of potential miRNA-mediated feedback and feed-forward loops are available at the genome level.
王从容：代谢性疾病生物样本库建设
上海交通大学附属第六人民医院内分泌科/上海市糖尿病研究所/上海市糖尿病重点实验室是一个集临床、科研、教学为一体的综合性糖尿病研究单位。在项坤三院士和973首席科学家贾伟平教授领导下，于九十年代初开始进行以糖尿病、肥胖为主攻方向的临床应用基础研究，并逐步形成大规模代谢性疾病临床样本资源库。已建成国内最大的糖尿病家系库（1400个家系、7100人），形成了门诊高危人群、糖尿病-肥胖-代谢综合征社区人群、糖尿病住院患者、等各类样本库和临床资料数据库，总样本量超过10万人。2011年在科技部新药创制子课题资助下，专门成立了代谢性疾病样本库。2013年被授予"上海交通大学医学院国家'985工程'项目生物样本库"、"科技创新平台上海高校转化医学知识服务平台样本库"。样本库占地500m2，拥有双路供电系统、专业视频监控设备、独立计算机房、生物安全二级实验室以及独立生物样本存储空间。样本库已形成并实施与国际接轨的标准操作流程，构建出入库管理系统、冷链监控系统和临床信息管理系统。标准化管理实施2年来，已电子化管理样本5万人（50万份）；已拥有年处理20万份以上样本的能力。近年来利用上述大规模人群，支持多项国家级研究项目（973、863、国家支撑计划、国家自然基金重点项目等）；在NatureGenetics、BMJ、Diabetes、Diabetologia等国际知名杂志发表多篇学术论着；并获得与糖尿病有关的各类奖项20余项。
郑培永：上海市重大疾病生物样本库建设
以医院为基础，建立面向本市主要疾病的分散存储的生物样本库。研发基于云计算的市级生物样本库信息平台，实现两大应用功能，一为实体库建设单位提供标准化的样本库管理系统，二是通过与医联平台互联，实现临床信息与样本库信息的整合，为科研工作者提供一站式查询等服务功能；实现上海医疗机构生物样本实体标本分布存储和信息集中管理；制定统一的生物样本库采集规则、质量管理规则。
严重肝脏疾病的细胞治疗技术
肝脏是人体的重要器官之一，具有代谢、合成、解毒、排泄和免疫等生理功能。在临床上常见的肝脏损伤因素包括病毒感染、药物性损害、过量饮酒和自身免疫紊乱等。当患者表现为严重的肝病（重度急性或慢性肝炎、肝硬化、肝衰竭或肝癌等）时，在常规的保肝对症治疗基础上，应用新型细胞治疗技术可以减轻肝脏的损害，改善病人的症状，甚至可以提高临床的疗效，促进病人早日康复。
目前，国内外报道肝病细胞治疗方法有：免疫细胞治疗（NK细胞、DC细胞、CIK细胞和激活的T细胞等）、干细胞治疗（自体骨髓干细胞、自体间充质干细胞、人脐带间充质干细胞治疗）等。然而，开展肝病细胞治疗需要具备一些基本而且必要条件。例如：有符合条件的细胞制备平台和质量控制SOP、具备基础和临床兼备的专业人员队伍、符合伦理知情同意要求、获得有关部门的审批等一系列的条件。这里我们结合临床常见的肝病诊治实践，分别介绍免疫细胞治疗和干细胞治疗肝病相关的国内外进展；同时着重强调科学设计临床细胞治疗方案和客观评价安全性、临床疗效的重要性；分析肝病领域细胞治疗存在的、亟待解决的主要问题，并和大家一起展望今后肝病领域细胞治疗的发展前景。
对精神疾病的重新认识
今天， 归功于“早发现”和“早治疗”，心脏病患者的死亡率比几十年前减少了63%。 Thomas Insel， 国家精神健康研究所主任，他提出一个新的见解：我们是否可以对精神疾病做同样的处理？在探讨新的研究领域之前，他阐述了一个关键的理念：让我们摒弃精神失常的说法，尝试着用大脑失常来理解这些疾病。
干细胞治疗下肢缺血性疾病及其展望
视频内容主要包括以下几点：
一、对机理的介绍
二、脐血CD133+细胞移植后肌肉毛血细管的密度
三、EPC衍生的内皮细胞的移植增强了缺血肢体血液灌注的恢复
四、用RT-PCR法比较缺血/飞缺血肢体VEGFmRNA的水平
五、人体外周干细胞移植治疗裸鼠下肢缺血