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纳米孔测序揭示的新冠基因组突变及其临床意义

四川大学华西医院实验医学科报导了一种具有重要临床意义的新冠病毒Nsp1(Δ500-532)突变株,并从分子病毒、分子流行病和临床表现角度阐述了该突变株的特征。研究成果发表在《Cell Host & Microbe》(IF 15.7)。我们邀请到本文通讯作者:四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室和实验医学科耿佳研究员为大家详细介绍研究团队利用纳米孔三代测序技术对来自于248位新冠感染者的310个临床样本进行病毒全基因组测序,结合临床数据对检测到的突变株进行分子流行病学分析和表征。

2021-03-22 课时:61分钟

纳米孔测序与中国人群基因组结构变异研究

纳米孔测序无需扩增,可直接在信号内识别甲基化信息,无需额外化学转换。长读长能够以高再现性和低偏好性直接检测基因组甲基化,并准确进行甲基化单倍型分型。结构变异(SVs)是指长度超过50bp的插入、缺失、倒位和移位的基因组序列重组,研究表明结构变异与健康、表型、常见或罕见人类疾病均有关联。对大型结构变异的研究往往受限于传统短读长技术固有的读长长度。 中国的汉族是世界上最大的民族,中心眼科学国家重点实验室谢志团队利用纳米孔超高通量测序平台PromethION,完成了405名中国汉族人群规模的纳米孔长读长结构变异分析,对中国人群基因组中由结构变异引起的多样性及复杂性遗传变异进行研究意义重大,研究成果发表在预印网站《BioRxiv》。DOI: https://doi.org/10.1101/2021.02.09.430378

2021-04-19 课时:76分钟

纳米孔长读长直接RNA测序与应用介绍

RNA测序(传统测序技术称为RNA-Seq)已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。它是研究发育生物学、人类遗传学和疾病相关病理学的宝贵工具。 基于短读长测序的RNA分析均需将RNA转化为互补DNA(cDNA)链,在这一过程中,逆转录或扩增可引入偏倚,且并非所有的转录物都以相同的效率扩增,这就会导致一些种类的RNA的中断以及其它种类RNA的过度扩增,同时在PCR扩增过程中会丢失有关碱基修饰的所有信息。 长读长纳米孔 RNA 测序能够以完整的全长序列对天然 RNA 或 cDNA 进行准确定量和鉴定,无需片段化或扩增,简化分析,并消除了潜在的偏好性来源。直接 RNA 测序还可以同步识别碱基修饰和核苷酸序列,目前纳米孔直接RNA测序能够处理的最长转录本目前长度超过20kb。 来自中国和世界各地的科学家已经将纳米孔RNA测序提供的众多独有优势运用到了各个不同领域,我们邀请到多个领域的研究者们在近期为大家带来纳米孔转录组测序系列研究讲座,分享他们利用纳米孔测序进行RNA研究的经验与成果。 首期,6月3日,我们邀请到福建农林大学林学中心席飞虎,武汉贝纳科技有限公司 副总经理陈虎,在线上带来他们利用纳米孔长读长测序平台进行直接RNA测序研究的实战经验和研究成果。

2021-06-07 课时:88分钟

单细胞多组学测序技术在免疫生物学的应用

人体的免疫系统是一个非常庞大,而且非常分散、各自为政的守卫大军。这数十亿分工明确的特殊细胞在不停地运动,守护着人体的安全,由于技术和方法的制约,要确定哪些细胞..

2021-12-14 课时:47分钟

“前沿研究:利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测” 空中讲坛

纳米孔测序提供了传染病样本全面、实时的洞察,能立即获得有效控制传染病爆发所需的关键基因组流行病学数据。 7月14日,Oxford Nanopore将举办“前沿研究:利用快速纳米孔测序进行病原体基因组监测”的网络研讨会。我们邀请到了葡萄牙国立卫生研究院、英国帝国理工学院和伦敦国王学院的传染病专家们分享他们如何使用纳米孔技术快速监测病原体基因组。

2022-07-21 课时:48分钟

前沿研究:利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测系列2

纳米孔测序技术可即时获取关键基因组流行病学数据,从病原体鉴定和抗菌素耐药性 (AMR) 分析,到高质量基因组组装和变体鉴定,对传染病样本进行全面、实时洞察,用于有效控制传染病暴发。 7月25日,我们邀请到Oxford Nanopore战略客户经理王海,河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所BSL-3实验室主任赵嘉咏,中国科学院微生物研究所博士后曹佳宝,带来前沿研究:利用纳米孔测序进行快速病原体基因组监测系列2线上讲座。

2022-07-26 课时:56分钟