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纳米孔全长cDNA测序和直接DNA甲基化分析解决大麻基因组拷贝数的争论

 大麻(Cannabis sativa)通常分为大麻(Marijuana)和工业大麻(Hemp),通常依据植物产生THC(四氢大麻酚)的含量来区分:大麻的THC含量通常较高(> 10%),工业大麻通常较低(<0.3%),但他们都可以产生高水平的CBD(大麻二酚),工业大麻可用作纤维和燃料且市场增长很快。2015年,索尔克生物研究所(Sa

2020-11-19

安捷伦基因组学系列讲座 —— 安捷伦RNA和DNA平行测序文库构建方案,一天当作两天用

利用DNA和RNA的平行靶向测序可以比对序列差异、验证基因融合,检测DNA突变的关联基因表达水平变化。利用SureSelect XT HS2 RNA建库试剂盒,结合之前推出的 XT HS2 DNA试剂盒就可以轻松实现DNA和RNA的平行建库,实现上述应用。

2020-11-23

美国利用纳米孔测序技术,实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测

 非洲猪瘟病毒(ASFV)是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员,是一种大型(200nM)复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪,扩散快,致死率高(可达100%),对猪业造成严重的经济后果。近期,美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min

2020-11-13

研究人员构建出小麦属全基因组遗传变异图谱

 小麦是人类历史上最成功的作物之一,它起源于新月沃地一个狭小的核心区域,一万年间,从地区性的野生植物迅速转变成为全球种植面积最广的作物之一,在多种多样的环境下为人类提供大量的碳水化合物和蛋白质。然而,小麦对自然环境和人类粮食需求两方面同时适应的遗传机制尚不清楚,理解小麦适应性进化对气候变化条件下小麦遗传育种研究和稳定生产具有重要价值。10月26日,

2020-11-01

非洲病原体基因组计划正式启动,获Illumina、Oxford Nanopore等多家机构投资

 近日,非洲疾病控制与预防中心及非洲联盟委员会联合启动了一项病原体基因组计划(Pathogen Genomics Initiative , PGI),旨在通过配备工具、培训和数据基础设施的跨大陆综合实验室网络,充分利用关键的基因组测序技术,增强病原体疾病监测和公共卫生合作。目前,这项为期四年的测序项目已获得高达1亿美元的资金支持,资金来源包括比尔和

2020-11-13

研究发现细胞套亡通过p53信号对抗上皮细胞基因组不稳定性新机制

 有丝分裂(mitosis)是动物细胞的基本分裂形式,该过程受到严格调控,以保证产生正常子代细胞,进而维持细胞的更新换代和人体的生长发育。当有丝分裂发生异常时,通常会激活细胞纺锤体组装检查点(spindle assemble checkpoint, SAC)【1】,延缓有丝分裂以修复异常。然而,一些细胞会“逃过”该监视过程分裂产生非整倍体子代细胞(

2020-11-10

利用纳米孔测序研究人体组织样本等位基因效应对转录结构的影响

 不同的组织和个体之间的基因表达和调控的差异很大,大部分的常见复杂性状相关的基因组通过假定表达和剪接机制来发挥作用,如10%的致病突变都具有已知的剪接效应,RNA测序则能够很好的分析等位基因特异性并解读遗传变异。迄今为止的大多数RNA测序研究都使用短读长RNA测序技术;由于短读长容易出现多重定位的情况,因此很难确定异构体的来源,同时会给定量带来干扰

2020-11-19

Nat Med:科学家成功利用宏基因组测序技术快速识别人类体液中的病原体

2020年11月16日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Medicine上的研究报告中,来自加利福尼亚大学等机构的科学家们通过研究发现,利用宏基因组测序技术(metagenomic sequencing)或能快速检测人类体液样本中的病原体,文章中,研究人员描述了他们如何对多种人群开展宏基因组测序检测,其中大部分人群都是因病

2020-11-16

Mol Cell:SARS-CoV-2或能利用“基因组折纸技术”来感染宿主细胞并进行复制

2020年11月9日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,发表在国际杂志Molecular Cell上的一篇研究报告中,来自剑桥大学和吉森大学的科学家们通过研究揭示了SARS-CoV-2如何利用基因组折纸技术(genome origami)来成功感染宿主细胞并在其中进行复制,相关研究结果或有望帮助开发靶向作用病毒基因组特殊部位的有效药物,从而治疗COVID-

2020-11-09