非洲病原体基因组计划正式启动，获Illumina、Oxford Nanopore等多家机构投资

近日，非洲疾病控制与预防中心及非洲联盟委员会联合启动了一项病原体基因组计划（Pathogen Genomics Initiative ， PGI），旨在通过配备工具、培训和数据基础设施的跨大陆综合实验室网络，充分利用关键的基因组测序技术，增强病原体疾病监测和公共卫生合作。目前，这项为期四年的测序项目已获得高达1亿美元的资金支持，资金来源包括比尔和梅琳达·盖茨基金会、微软、Illumina、Oxford Nanopore Technologies和美国疾病控制与预防中心等在内的多家机构。

在发起非洲病原体基因组计划的网络研讨会上，非洲疾病预防控制中心负责人John Nkengasong说道：“千里之行始于足下，今天，我们在这里热烈庆祝迈出宝贵的第一步，这是我们将基因组学应用到传染病防治的重要转折点。”Nkengasong介绍道，该计划将立足于非洲疾病预防控制中心的病原体基因组学研究所。该研究所成立于2019年，旨在将病原体基因组学和生物信息学整合到公共健康监测和疾病爆发调查中，以加强疾病的预防和控制。

非洲联盟社会事务专员Amira Mohammed指出，COVID-19大流行让我们意识到加强非洲疾病监测系统和流行病防范的必要性和重要性。“流行病虽是一次危机，但我们正以此为契机，在我们的成员国中建立卫生系统。”

据介绍，PGI项目将从扩展非洲20多家现有公共卫生机构的NGS能力开始，建立一个非洲人自有的数据库和实时数据共享平台，以按照非洲联盟成员国法规建设实验室网络。同时还将开展培训项目，包括成立NGS学院，以促进传染病基因组学方面的国际合作。

对于该计划的启动，比尔和梅琳达·盖茨基金会流行病学和监测专家David Blazes谈到，他们对这家非盈利组织提供的4500万美元是“催化性投资”。这笔资金将赋予非洲疾病预防控制中心及实验室建立NGS并见证NGS在病原菌防治方面的重要应用价值。 “我们讨论了NGS技术的潜力，希望建立一个能够快速使用NGS解决传染病的国家公共卫生实验室系统，将该技术推广到非洲所有地区。也许COVID-19大流行的唯一慰藉是，它切切实实引起了人们对公共卫生和可用于控制疾病爆发技术的兴趣。”

Illumina高级副总裁兼首席医疗官Phil Febbo表示：“公司投资的2000万美元将用来提供NGS平台、试剂和培训援助。我们将与非洲疾病预防控制中心合作，确定检测范围、预期通量以及对其他技术进行优化，并帮助非洲各地新兴实验室拥有所需的工具和设备。”

Febbo指出，Illumina希望确保该计划的成本不会成为限制因素。“多年来，Illumina一直致力于降低测序成本。随着该计划逐渐成熟，我们有信心通过测序成本的持续降低以保持其可持续性发展。”

Oxford Nanopore首席执行官Gordon Sangher表示已经在非洲部署了150种MinIon仪器并支持定制化的培训项目，还将与当地企业合作实现本地生产和制造试剂。“我们期待对当前的COVID大流行能有所帮助。从长远角度来看，希望能持续培养出新一代的科学家和创新者，使他们能够更方便获取广泛的DNA信息，且不再考虑费用问题。”

微软中东和非洲业务发展总监Mark Ihimoyan表示公司将提供对Microsoft Azure云生态系统的访问权限，以支持病原体基因组数据的共享。此外，微软还将提供技术资源帮助该计划数据体系结构的设计和构建，以及在Azure上的生物信息学软件包的集成，帮助建立非洲病原体基因组数据存储库，并为NGS学院提供培训。

美国疾病预防控制中心高级分子检测计划主任Greg Armstrong则强调了建立稳健的实验室和公共卫生机构共同合作的重要性。Armstrong表示，美国疾防控制中心将为非洲PGI提供专业技术，并预计在不久的将来也将提供财政援助，力求将NGS技术带入更多中低收入国家。

近年来，非洲各地已利用基于NGS的病原体监测和公共卫生方法来帮助应对埃博拉、拉萨热、黄热病、疟疾和李斯特菌等病原体的传染病爆发。虽然这项技术在非洲具有很大的潜力，但80%以上的容量存在于非公共卫生机构，存在缺乏相关政策和指导，基因组和生物信息学能力有限，技术人员不足以及利用病原体基因组信息进行公共卫生决策的能力有限等问题。针对以上问题，PGI计划可通过在非洲组建一批优秀的研究人员和实验室科学家团队，利用NGS来鉴定新型病原体，监测流行病的防制，构建非洲人自有的数据库和实时数据共享平台，最终提升非洲大陆人民的健康水平。(生物谷Bioon.com）

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