新型冠状病毒2019-nCoV/COVID-19研究进展（第5期）
来源：本站原创 2020-04-12 23:16
2020年4月12日讯/生物谷BIOON/---自2019年12月8日以来，中国湖北省武汉市报告了几例病因不明的肺炎。大多数患者在当地的华南海鲜批发市场工作或附近居住。在这种肺炎的早期阶段，严重的急性呼吸道感染症状出现了，一些患者迅速发展为急性呼吸窘迫综合征（acute respiratory distress syndrome, ARDS）、急性呼吸衰竭和
2020年4月12日讯/生物谷BIOON/---自2019年12月8日以来，中国湖北省武汉市报告了几例病因不明的肺炎。大多数患者在当地的华南海鲜批发市场工作或附近居住。在这种肺炎的早期阶段，严重的急性呼吸道感染症状出现了，一些患者迅速发展为急性呼吸窘迫综合征（acute respiratory distress syndrome, ARDS）、急性呼吸衰竭和其他的严重并发症。2020年1月7日，中国疾病预防控制中心（China CDC）从患者的咽拭子样本中鉴定出一种新型冠状病毒，最初被世界卫生组织（WHO）命名为2019-nCoV。大多数2019-nCoV肺炎患者的症状较轻，预后良好。到目前为止，一些患者已经出现严重的肺炎，肺水肿，ARDS或多器官功能衰竭和死亡。
2020年2月11日，世卫组织将这种疾病病重命名为2019年冠状病毒病（COVID-19）。同一天，负责分类和命名病毒的的国际病毒分类学委员会的冠状病毒研究小组在bioRxiv上发表了一篇文章，指出该研究小组已经决定，新型冠状病毒2019-nCoV是导致2002-2003年爆发严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）的变种。因此，将这种新病原体重新命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2号（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2），或SARS-CoV-2。值得注意的一点是，尽管国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组将病毒命名为SARS-CoV-2，但该研究小组主席John Ziebuhr认为这个名字（SARS-CoV-2）和SARS（严重急性呼吸综合征，也称非典型肺炎）没有关联。不过，这种病毒的重新命名引起了不少争议。据《科学》网站报道，世界卫生组织不满意SARS-CoV-2这个名字，而且不打算采用此名称。
冠状病毒可引起多种动物的多系统感染。在此之前已有6种冠状病毒可以感染人类，它们主要引起人类的呼吸道感染：两种高度致命性的冠状病毒，即严重急性呼吸道综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒（MERS-CoV）；4种可导致温和的上呼吸道疾病的冠状病毒，即HCoV-OC43、HCoV-229E、HCoV-NL63和HCoV-HKU1。
基于此次疫情给中国和全世界带来严重的危害，小编针对近期2019-nCoV/COVID-19研究取得的进展进行一番梳理，以飨读者。
1.Cell：重磅！揭示新型冠状病毒SARS-CoV-2进入宿主细胞机制
doi:10.1016/j.cell.2020.02.052
在一项新的研究中，德国研究人员提供证据表明SARS-CoV-2的宿主细胞进入依赖于SARS-CoV受体ACE2，并且可以被临床证明的细胞丝氨酸蛋白酶TMPRSS2抑制剂阻断，而且TMPRSS2被SARS-CoV-2用于S蛋白激活。此外，这项研究还发现针对SARS-CoV产生的抗体反应可以至少部分地抵御SARS-CoV-2感染。这些结果对人们对SARS-CoV-2的可传播性和发病机理的理解具有重要意义，并揭示了进行治疗性干预的靶标。相关研究结果以论文手稿的形式在线发表在Cell期刊上，论文标题为“SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a clinically-proven protease inhibitor”。
SARS-CoV S蛋白可以使用内体半胱氨酸蛋白酶CatB/L在TMPRSS2阴性细胞中激活S蛋白（Simmons等，2005）。然而，通过TMPRSS2而不是CatB/L激活S蛋白对于病毒进入初级靶细胞以及在受感染宿主中的病毒传播至关重要。这项新的研究表明，SARS-CoV-2的传播还依赖于TMPRSS2活性，不过这些研究人员注意到，阻断TMPRSS2活性的甲磺酸卡莫司他（camostat mesylate）抑制但不消除SARS-CoV-S2感染Calu-3细胞，这可能反映了CatB/L对残余S蛋白的激活作用。人们可以推测，正如针对MERS-CoV的报道那样，弗林蛋白酶（furin）在感染细胞中介导的S1/S2位点预先切割可能会促进随后的TMPRSS2依赖性靶细胞进入。总的来说，这些新的发现和先前的研究工作强调了TMPRSS2是一种宿主细胞因子，它对于几种临床相关病毒的传播至关重要，包括甲型流感病毒和冠状病毒。相比之下，TMPRSS2对于发育和体内平衡是必不可少的，因此构成了一种有吸引力的药物靶标。在这种情况下，值得注意的是，阻断TMPRSS2活性的丝氨酸蛋白酶抑制剂甲磺酸卡莫司他在日本已获准用于人类，尽管其适应症与SARS-CoV-2无关。因此，可能可以考虑将这种化合物或具有潜在增强的抗病毒活性的相关化合物用于未经临床试验验证地治疗SARS-CoV-2感染者。
2.Cell：重磅！揭示新型冠状病毒SARS-CoV-2刺突糖蛋白的结构、功能和抗原性
doi:10.1016/j.cell.2020.02.058
在一项新的研究中，美国华盛顿大学医学院生物化学系的David Veesler博士及其团队报道人ACE2可调节SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞进入，从而确定它是这种新出现的冠状病毒的功能性受体。SARS-CoV-2 S蛋白的结构域B与人ACE2结合的亲和力与来自与2002-2003年SARS疫情相关的SARS-CoV分离株的S蛋白的结构域B相当，这表明SARS-CoV-2 S蛋白的结构域B与人ACE2具有较高的结合亲和力。与人ACE2的紧密结合可以部分解释SARS-CoV-2在人类中的有效传播，就像SARS-CoV的情况一样。相关研究结果以论文手稿的形式在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Structure, function and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein”。
他们鉴定出在SARS-CoV-2 S蛋白的S1/S2亚基边界存在意料之外的弗林蛋白酶（furin）切割位点，这个位点在S蛋白的生物合成过程中被切割，这种新特征可将这种冠状病毒与SARS-CoV和SARSr-CoV区分开来。正如针对一些高致病性禽流感病毒和致病性新城疫病毒的报道那样，移除这种切割基序会适度影响SARS-CoV-2 S蛋白介导的VeroE6或BHK细胞进入，但是这可能有助于扩大这种冠状病毒的宿主趋向性。
他们解析出SARS-CoV-2 S蛋白胞外结构域三聚体的低温电镜结构，并揭示它具有多个结构域B构象，这使人想起了先前有关SARS-CoV S蛋白和MERS-CoV S蛋白的报道。他们证实SARS-CoV S蛋白小鼠多克隆血清有效抑制SARS-CoV-2 S假病毒进入靶细胞。这些结果为设计可广泛预防SARS-CoV-2、SARS-CoV和SARS-CoV的疫苗铺平了道路。
3.bioRxiv：特殊模型有望帮助预测新型冠状病毒的潜在药物靶点
doi:10.1101/2020.02.26.961938
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“Predictions for the binding domain and potential new drug targets of 2019-nCoV”的研究报告中，来自北京科技大学的研究人员通过研究成功预测了新型冠状病毒（2019-nCoV）的结合域和新型潜在的药物靶点。
研究者表示，通过对冠状病毒进行进化分析，他们发现，2019-nCoV可能起源于蝙蝠，2019-nCoV的S蛋白或能通过与人类细胞ACE2受体相互作用来进入宿主细胞，这或许就揭示了2019-nCoV的发病机制；另一方面，2019-nCoV还与蝙蝠冠状病毒RATG132共享了大约96.2%的序列，通过对比2019-nCoV的S蛋白（GenBank：MN908947.3）的氨基酸序列与蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45和蝙蝠SARS样冠状病毒分离株Bat-SL-CoVZXC21，后两者分别与2019-nCoV具有89.1%和88.6%的序列一致性，因此就有用一种假设认为，2019-nCoV或许与蝙蝠SARS样冠状病毒拥有相同的致病通路。
然而，当前使用Swiss模型的研究还需要进一步优化，比如，预测S蛋白结构上配体结合位点尚不明确，此外，模板仅共享了76.4%的序列一致性，这就意味着结果可能无法完全反映现实，因此，研究人员就需要开发出一种新方法，从另一个角度来预测蛋白质的三维结构和相关功能，最重要是，这种新方法还能帮助预测潜在的药物靶点。
这项研究中，研究人员开发出了一种名为I-TASSER（迭代线程组装改进，Iterative Threading Assembly Refinement）的新方法来进行蛋白质结构和功能的预测；当研究者将I-TASSER模型与实际SARS模型进行比较后他们发现，2019-nCoV的表面糖蛋白与S蛋白的CTD1（C末端结构域1）区域相一致，这就表明，2019-nCoV可能是通过构象改变来与宿主细胞的ACE2相结合的。此外，研究者还对2019-nCoV表面糖蛋白的位点进行预测后发现，某些核心的氨基酸或有望成为开发抵御2019-nCoV潜在新型药物靶点。
除此之外，研究人员还开发了一种名为Phyre2的工具，其能利用远程同源检测的手段来构建3D模型，并预测配体结合位点，从而分析氨基酸突变所产生的影响，Phyre2与其它方法的区别不在于准确性而在于实用性；最后研究者表示，I-TASSER和Phyre2两种工具均能用来帮助预测武汉新冠肺炎病毒的刺突蛋白的精确结构，从而为寻找新型药物靶点提供了新的线索和思路。
4.bioRxiv：科学家基于CRISPR-Cas12技术开发出了一种超灵敏、快速便携式的新型冠状病毒检测技术
doi:10.1101/2020.02.29.971127
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“An ultrasensitive， rapid， and portable coronavirus SARS-CoV-2 sequence detection method based on CRISPR-Cas12”的研究报告中，来自布宜诺斯艾利斯大学等机构的科学家们通过研究基于CRISPR-Cas12技术开发了一种超灵敏、快速、便携式的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）检测技术。
CRISPR是一种以在基因编辑领域的应用而出名的生物技术，值得注意的是，近来研究人员已经开始使用CRISPR来进行核酸的体外检测，因此其就有望被开发成为一种强大精确的分子诊断工具；在CRISPR-Cas效应子家族中，Cas12是一种RNA导向的DNase，其属于II类V-A系统，该系统能在识别靶点后诱导任意单链DNA（ssDNA）的分裂，这就会导致ssDNA报道子的降解，并在分裂位点释放荧光信号，这就能通过一种便携式的方法进行检测。
这项研究中，研究人员报告了一种基于CRISPR-Cas12的新型诊断工具，其能在原理论证的评估中对合成性的SARS-CoV-2的RNA序列进行检测，研究结果表明，该工具是一种超灵敏、快速且极具潜力的检测手段，对于有效实现目前资源相对缺乏的地区进行SARS-CoV-2的检测至关重要。后期研究人员还会继续深入研究来进一步优化该设备使其更加高效地对SARS-CoV-2进行检测。
5.bioRxiv：利用比较基因组分析揭示新型冠状病毒的进化机制
doi:10.1101/2020.02.27.969006
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“Comparative genomic analysis revealed specific mutation pattern between human coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-SARSr-CoV RaTG13”的研究报告中，来自浙江大学等机构的科学家们通过研究利用比较基因组分析技术揭示了人类新型冠状病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13之间的特殊突变模式。
新型冠状病毒是冠状病毒亚群的一员，其含有正极性的单链RNA基因组，为了揭示新型冠状病毒基因组的进化机制，这项研究中，研究人员对新测序的新型冠状病毒毒株和20株密切相关的冠状病毒毒株进行了全面的基因组分析，在不同新型冠状病毒毒株基因组93个位点中的98个核苷酸突变中，研究者发现有58个核苷酸突变会引发氨基酸的改变，这就揭示了一种中性进化的结果，然而，新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13之间刺突基因（spike gene）核苷酸替换与氨基酸替换的比率（9.07）要远高于其它冠状病毒之间的比较（范围为1.29-4.81），新型冠状病毒和蝙蝠冠状病毒之间存在较高水平的同义突变，这就表明其二者经历了较强的净化选择（purifying selection）。
此外，其核苷酸替换中富含碱基T：C的转换，这与RNA 3’-5’端核糖核酸外切酶（ExoN）失活所引发的突变特性相一致，新型冠状病毒和其它β-冠状病毒谱系B中的其它冠状病毒在密码子的使用上存在一定的相似性，这就表明，其对冠状病毒突变模式的影响相对较小；当对新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13进行对比后，研究者发现，在所有的比较中，非同义替换率与同义替换率之比（dN/dS）最低，这就再次证实了新型冠状病毒是在较为严格的选择性压力下发生进化的。
6.Viruses：香港科技大学揭示COVID-19肺炎疫苗的潜在靶点
doi:10.3390/v120302542020
一组香港科技大学（HKUST）的科学家近日确定了一组SARS-CoV-2冠状病毒疫苗的潜在目标，为SARS-CoV-2引起的COVID-19肺炎疫苗的开发指出了关键的实验方向。
与2003年导致SARS(严重急性呼吸系统综合症)爆发的SARS- CoV一样，SARS- CoV -2也属于同一种冠状病毒属。通过考虑SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的遗传相似性，该团队利用实验确定的免疫数据来识别一组与SARS-CoV-2完全匹配的SARS-CoV衍生的B细胞和T细胞表位。表位是免疫系统识别的生物标记，可触发针对病毒的行动。由于在现有的SARS-CoV-2基因序列中未发现已识别的表位发生突变，因此对这些表位进行免疫靶向可能会对新的肺炎COVID-19提供保护。
由数据科学家Matthew McKay教授和Ahmed Abdul Quadeer博士领导的研究小组希望他们的工作能够帮助指导针对SARS- CoV-2的有效疫苗的实验研究。
7.J Biol Chem：研究揭示瑞德西韦为什么可能治疗新型冠状病毒！
doi:10.1074/jbc.AC120.013056
阿尔伯塔大学的一组研究人员发现了为什么药物瑞德西韦在治疗引起中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)的冠状病毒方面是有效的，他们期望它可能也可以有效地治疗感染了新的COVID-19毒株的患者。
病毒学家Matthias Gtte说："即使你知道某种药物有效，但如果你不知道它是如何起作用的，那它可能就是一个危险信号。如果你确切地知道它是如何作用于目标的，这是令人安心的。我们知道这种药物可以治疗不同的冠状病毒，比如中东呼吸综合征和非典，我们也知道这种新型冠状病毒和非典非常相似。因此，我谨慎乐观地认为，我们团队在瑞德西韦和MERS上发现的结果将与COVID-19类似。"
本周发表在《Journal of Biological Chemistry》上的这项研究，是加拿大第一批讨论COVID-19毒株的研究之一。"我们的研究表明，瑞德西韦基本上模仿了RNA合成的天然构建块之一，这是病毒基因组复制所必需的。病毒内的酶用这些构建块合成病毒RNA基因组，但是它们把需要的片段和药物混合在一起。一旦药物进入生长中的RNA链，病毒就不能再复制了。
8.Int J Infect Dis：好消息！现有药物或可有效治疗新型冠状病毒！
doi:10.1016/j.ijid.2020.02.018
一个欧洲研究联盟表示，已经批准的药物可能是治疗新型冠状病毒SARS-CoV-2的关键。他们的发现已经作为预先证据发表在《International Journal of Infectious Diseases》上。
该论文的资深作者、挪威科技大学(NTNU)副教授Denis Kainov说："药物再利用是一种从现有药物中产生额外价值的策略，它针对的是与最初预期不同的疾病。例如，teicoplanin、oritavancin、dalbavancin和monensin都是经批准的抗生素，它们已经在实验室中被证明可以抑制冠状病毒和其他病毒。"
Kainov和他的合着者说，这些和其他安全的、广谱的抗病毒药物是治疗这种疾病的良好候选药物，因为目前还没有治疗这种被世界卫生组织(WHO)称为COVID-19的新型冠状病毒的方法。
9.J Med Chem：好消息！新型化合物可对抗包括新冠病毒在内的多种病毒
doi:10.1021/acs.jmedchem.9b01828
如今，研究人员在美国化学学会(ACS)的《Journal of drug Chemistry》杂志上发表的研究报告中称，他们已经设计出了一种化合物，可以在实验室中阻止类似的冠状病毒以及其他致病病毒的复制。
此次冠状病毒，也被称为SARS- CoV -2或2019-nCoV，与2003年导致SARS爆发的SARS病毒(SARS- CoV -1)以及2012年出现的中东呼吸系统疾病病毒(MERS-CoV)是近亲。所有这些病毒都会引起类似流感的症状，并常常引起肺炎。然而，目前还没有开发出有效的治疗方法，部分原因是由于病例相对较少，制药公司没有必要花费大量资金。Hong Liu、Rolf Hilgenfeld和同事们设想了一种可能的解决方案，以广谱抗病毒药物的形式，针对所有冠状病毒和肠病毒--其中一些会导致普通感冒等病症、手足口病、还有"夏季流感"。所有这些病毒都有一个相似的蛋白质切割酶，在冠状病毒中称为"主蛋白酶"，在肠病毒中称为"3C蛋白酶"，这是病毒复制所必需的。
研究人员研究了蛋白酶的X射线晶体结构，然后对一系列α-羰基酰胺化合物进行预测，判断它们是否可以结合这类蛋白酶并干扰它的活动。通过在试管和培养皿中的人类细胞中的测试，他们发现了一种多功能的抑制剂，可以阻止多种冠状病毒和肠病毒，包括SARS-CoV-1。另一种分子对MERS-CoV表现出很强的活性，对其他病毒表现出中等的活性。研究人员说，由于SARS-CoV-2、MERS-CoV和SARS-CoV-1的主要蛋白酶非常相似，这些抑制剂很可能对新型冠状病毒具有良好的抗病毒活性。下一步将是在小动物疾病模型中测试这些抑制剂。
10.bioRxiv：实锤！科学家发现新型冠状病毒母婴传播的证据！
doi:10.1101/2020.02.27.967760
近日，一篇刊登在预印版平台bioRxiv上题为“The ACE2 expression of maternal-fetal interface and fetal organs indicates potential risk of vertical transmission of SARS-COV-2”的研究报告中，来自中国医学科学院的研究人员通过研究发现，母胎界面和胎儿其中中血管紧张素转化酶2（ACE2）的表达或许提示了新型冠状病毒（SARS-COV-2）垂直传播的潜在风险。
这项研究中，研究人员收集了在线获得的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以此来评估母亲和胎儿界面及多个胎儿器官中ACE2的细胞表达水平；研究结果表明，母亲和胎儿界面细胞中ACE2会高水平地进行表达，这些细胞包括间质细胞、蜕膜的血管周细胞、以及胎盘中的细胞滋养层和合胞体滋养层细胞等，同时研究者还发现，胎儿的心脏、肝脏和肺脏中也会出现ACE2的表达，但ACE2的表达并未在胎儿肾脏中发现；随后研究人员对刚出生的小鼠幼崽进行研究发现，小鼠幼崽机体中ACE2的表达会随着时间而发生动态变化，而且在出生后的1-3天里，小鼠幼崽机体中ACE2的表达量非常高。
研究者表示，本文研究结果表明，新型冠状病毒的受体ACE2在母胎界面和胎儿器官的特殊类型细胞中会发生广泛表达，这或许就提示，新型冠状病毒可能会通过母胎垂直传播方式在母亲和胎儿之间引起感染，相关研究结果或为后期开发新型疗法提供新的思路和希望。
12.钟南山院士等NEJM：新冠肺炎患者的临床症状
doi:10.1056/NEJMoa2002032
近日以钟南山院士领衔的研究团队在《The New England Journal of Medicine》上发文报道了他们提取的截至2020年1月29日中国30个省、自治区、直辖市的552家医院1099例经实验室确诊的CVID-19患者的数据，主要的复合终点是进入重症监护病房(ICU)，使用机械通气，或死亡。
研究团队对这些患者的数据分析报告如下：患者的中位年龄为47岁；女性占41.9%。主要复合终点为67例(6.1%)，其中入ICU 5.0%，有创机械通气2.3%，死亡1.4%。只有1.9%的病人有直接接触野生动物的历史。在非武汉市居民中，72.3%的人与武汉市居民有过接触，其中31.3%的人曾到过武汉。最常见的症状是发烧(入院时43.8%，住院时88.7%)和咳嗽(67.8%)，少见腹泻(3.8%)。中位潜伏期为4天(四分位间距为2 - 7天)。入院时，毛玻璃样阴影是最常见的胸部计算机体层摄影(CT)的放射学表现(56.4%)。877例(17.9%)非重症患者中有157例未发现影像学或CT异常，173例(2.9%)重症患者中有5例未发现异常。入院时淋巴细胞减少症占83.2%。
13.比尔盖茨NEJM发文：新冠肺炎是百年一遇的流行病！全世界应该如何应对？
doi:10.1056/NEJMp2003762
面对任何危机，政府都有两个同等重要的责任：解决眼前的问题，并防止它再次发生。COVID-19大流行就是一个恰当的例子。我们现在需要拯救生命，同时也需要改善我们应对疫情的方式。第一点更为紧迫，但第二点有着至关重要的长期影响。
长期的挑战--提高我们应对疫情的能力--并不是什么新鲜事。全球卫生专家多年来一直在说：另一场在速度和严重程度上与1918年流感疫情不相上下的大流行不是是否发生的问题，而是何时发生的问题。比尔和梅琳达·盖茨基金会近年来投入了大量资源帮助世界为这种情况做准备。
现在我们也面临着迫在眉睫的危机。在过去的一周里，COVID-19开始表现得很像我们一直担心的那种百年一遇的病原体一样。我希望情况没有那么糟糕，但在我们知道情况并非如此之前，我们应该假定情况会如此糟糕。
各国政府和产业界需要达成一个协议：在大流行期间，疫苗和抗病毒药物不能简单地卖给出价最高的竞标者。处于疫情中心和最需要帮助的人应该是优先获得的，而且需要他们能够负担得起。这样的分配不仅是正确的事情，也是预防短途径传播和未来大流行的正确策略。
14.Lancet子刊：在中国全国范围内研究癌症患者中的新型冠状病毒SARS-CoV-2感染
doi:10.1016/S1470-2045(20)30096-6
中国和世界其他地方正在爆发新型β冠状病毒SARS-CoV-2（之前称为2019-nCoV）疫情。截止2020年2月12日，这种病毒的迅速传播已在中国造成42747例病例和1017例死亡，并在25个国家（包括美国、日本和西班牙）报告了病例。世界卫 生组织（WHO）已宣布由SARS-CoV-2引起的2019年新型冠状病毒疾病（COVID-19）是国际关注的突发公共卫生事件。与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒（MERS-CoV）不同的是，多器官功能障碍综合征而不是呼吸衰竭 引起了更多的COVID-19死亡病例，这可能归因于血管紧张素转化酶2（ACE2）--- SARS-CoV-2的功能性受体---在多种器官中的广泛分布。与非癌症患者相比，癌症患者更容易受到感染，这是由于恶性肿瘤和抗癌治疗（比如化疗或外科手术）引起全身免疫抑制状态。因此 ，癌症患者可能会具有增加的COVID-19风险，并且预后较差。
在一项新的研究中，来自中国广州中山医科大学附属第一医院的研究人员与中国国家卫生健康委员会合作，建立了一个前瞻性队列以监测整个中国的COVID-19病例。截止到2020年1月31日，他们收集并分析了来自31个省级行政区的575家医院的2007例病例。所有病例经诊 断后均患上实验室确诊的COVID-19急性呼吸道疾病，并入院。由于先前病史的记录不足，他们排除了417例病例。相关研究结果近期发表在Lancet Oncology期刊上，论文标题为“Cancer patients in SARS-CoV-2 infection: a nationwide analysis in China”。
根据这些研究人员所知，这项研究首次分析了癌症患者发生严重COVID-19的风险；只有通过全国范围的分析，他们才能对患有罕见但重要合并症（比如癌症）的患者进行随访。他们发现癌症患者可能比非癌症患者有更高的COVID-19风险。此外，他们发现癌症患者COVID- 19的预后较差，这会及时提醒医生，如果癌症患者病情迅速恶化，应加强对他们的关注。
因此，这些研究人员针对这次COVID-19危机中的癌症患者以及未来的严重传染病发作提出了三种主要策略。首先，在疫情地区应考虑为了稳定癌症病情，有意推迟辅助化疗或非紧急外科手术（elective surgery）。其次，应为癌症患者或癌症幸存者制定更严格的个人保 护规定。第三，当癌症患者感染SARS-CoV-2时，应考虑加强监护或治疗，尤其是在老年患者或其他合并症患者中。
15.深度解读！新型冠状病毒或存在两种亚型 其中一种亚型更具侵袭性传染力更强
doi:10.1093/nsr/nwaa036
新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的肺炎于2019年12月下旬开始在中国武汉流行，从那时开始，SARS-CoV-2就已经开始影响中国的大部分地区，同时也引起了全球的广泛关注。此前有研究表明，SARS-CoV-2与蝙蝠携带的SARS冠状病毒（RaTG13）之间在基因组上相似度高达96.2%，而且SARS-CoV-2与穿山甲所携带的冠状病毒在进入宿主细胞与关键的刺突蛋白受体结合结构域结合模式上几乎是一样的。
疫情进展到现在，很多人不禁都会担心新型冠状病毒是否已经发生突变，其突变后毒力是否会变得更强，这也是当前全球科学家们研究的重点之一；近日，一篇发表在中国科学院主办的杂志National Science Review上题为“On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”的研究报告中，来自北京大学和中国科学院上海巴斯德研究所等机构的科学家们通过研究对SARS-CoV-2进行了迄今为止最大规模的全基因组分子进化分析，他们发现，SARS-CoV-2目前已经进化出L和S两个亚型，L亚型（70%）较S亚型（30%）更为普遍，且这两种病毒亚型在地域分布及人群中的比例相差较大，研究人员推测，这两种亚型的传播能力、致病性或许也存在较大区别。
16.JAMA：新研究表明冠状病毒SARS-CoV-2患者的房间和厕所受到病毒污染，但当前的污染去除措施可有效杀死它
doi:10.1001/jama.2020.3227
从2020年1月24日到2月4日，来自新加坡SARS-CoV-2疫情暴发中心的3名患者（患者A、患者B和患者C）安置在配备有休息室和浴室的空气传播隔离室（每小时12次换气）中，在26个地点收集了表面环境样本。还收集了离开病房的研究医师的个人防护装备（PPE）样本。样本收集是通过使用无菌的预湿拭子进行的。
一名具有轻度上呼吸道受累的SARS-CoV-2患者存在广泛的环境污染。马桶和水槽样本均为阳性，这提示着粪便中的病毒脱落可能是潜在的传播途径。清洁后的样本均为阴性，这表明目前的污染去除措施已足够。
尽管环境污染程度严重，但空气样本呈阴性。从排气口采集的拭子样本经检测呈阳性，这表明携带病毒的小液滴可能被气流置换并沉积在通风口等设备上。PPE样本呈阳性并不奇怪，这是因为鞋套不是PPE建议的一部分。通过受污染的鞋类传播的风险可能很低，在前厅和清洁走廊的阴性结果就证明了这一点。
这项研究有几个局限性。首先，没有进行病毒培养来证实病毒活性。其次，由于疫情期间的操作限制，方法不一致，样本量很小。第三，采集的空气样本量仅占空气总体积的一小部分，而房间内的空气交换将稀释空气中存在的SARS-CoV-2。需要开展进一步的研究以确认这些初步结果。
17.bioRxiv：首次体外合成新冠病毒，只需一周！
doi:10.1101/2020.02.21.959817
近日来自瑞士伯尔尼大学和病毒与免疫学研究所等机构的研究人员合作在预印本网站bioRixv展示了一项未经同行评议的最新研究，该研究展示了一个基于酵母的合成基因组学平台的完整功能，用于包括冠状病毒科、黄病毒科和副粘病毒科的成员在内的多种RNA病毒的遗传重建。
病毒亚基因组片段是使用病毒分离物、克隆病毒DNA、临床样本或合成DNA产生的，并在酿酒酵母中使用转换相关重组(TAR)克隆一步重新组装，以维持基因组作为酵母人工染色体(YAC)。T7-RNA聚合酶被用来产生感染性RNA，然后被用来拯救活病毒。
基于这个平台，研究人员已经能够在收到合成的DNA片段后的一周内，对最近流行的SARS-CoV-24的化学合成克隆进行工程设计和再生。
18.bioRxiv：华人科学家揭示2019-nCoV的潜在T细胞和B细胞表位
doi:10.1101/2020.02.19.955484
2019-nCoV是一种引起COVID-19的新型冠状病毒，与SARS-CoV有很高的相似性。目前还没有针对2019-nCoV或任何形式的冠状病毒的疫苗被批准。近日来自斯坦福大学医学院的Chen Binbin和Ethan Fast在预印本网站bioRxiv上发表了一篇尚未经过同行评议的最新文章，题为"Potential T-cell and B-cell Epitopes of 2019-nCoV"。在该文章中，，研究人员使用来自结构生物学和机器学习的计算工具来识别基于病毒蛋白抗原和抗体结合特性的2019-nCoV 的T细胞和B细胞表位。这些表位可用于开发更有效的疫苗和鉴定中和抗体。
研究人员在人类MHC-I和MHC-II等位基因中鉴定了405个抗原表达分数良好的病毒肽，并在2019-nCoV S蛋白受体结合域附近发现了两个潜在的中和性B细胞表位(440-460和494-506)。通过分析来自四大洲的68个病毒基因组的突变谱，研究人员发现了96个编码突变。这些突变更可能发生在MHC-I表现评分较好的区域(p=0.02)。在S蛋白受体结合区附近不存在突变。最后，研究人员用SARS-CoV实验数据来验证了我们的计算方法。
19.Nat Microbiol：开发出新型冠状病毒筛查方法
doi:10.1038/s41564-020-0688-y
近日，来自美国国立卫生院的研究人员在Nature Microbiology杂志发表了最新研究成果，报道了一种沙筛选病毒的新方法，该研究题为"Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses"。在该研究中，研究人员开发了一种方法来快速筛选B类冠状病毒，例如SARS-CoV和最近的SARS-CoV-2，以了解受体的使用情况及其感染不同物种细胞类型的能力。
研究人员发现在病毒进入宿主的过程中，宿主蛋白酶是几个B类冠状病毒的一个重要屏障，绕过这个屏障，B类冠状病毒就可以通过一个未知受体进入人体细胞。研究人员还展示了不同的B类病毒如何重组进入人类细胞，并进一步确认了人类ACE2是最近出现的SARS-CoV-2的受体。
20.Cell：关于新型冠状病毒，我们都知道了什么？
doi:10.1016/j.cell.2020.02.027
冠状病毒SARS-CoV-2开始在全球蔓延，给不少国家都带来了严重影响。近日，来自中国在内的多国专家在Cell杂志上发文表达了他们对此次疫情的了解和看法，也许可以帮助我们更全面的了解此次疫情。
复旦大学上海公共卫生诊所中心、中国疾病预防控制中心 张永振：2019年12月，中国湖北省武汉市出现严重呼吸道疾病。截至2020年2月27日，已报告至少78630例确诊病例，包括至少2747例死亡。不幸的是，这种疾病已经在全球蔓延。病原体是一种新型冠状病毒，现在被称为SARS-CoV-2，在中国很快被发现和鉴定。尽管我们知道自然界中存在着前所未有的病毒遗传多样性，但此次疫情进一步表明，在预测新的致病病原体何时、何地以及如何出现方面存在相当大的不确定性。
系统发育分析表明，SARS-CoV-2与一组SARS样冠状病毒密切相关。然而，目前还不清楚这种病毒来自何处，以及最初是如何传播给人类的。与其他人畜共患病病原体如汉坦病毒和沙状病毒不同，到目前为止，我们还没有在动物体内发现与人类相同的SARS病毒。幸运的是，自2004年以来，SARS病毒就没有出现在人类身上。相比之下，这种新病毒似乎有更强的人际传播能力。与人类的主要病毒相比，我们对病毒是否变化、如何变化以及这些变化对人类流行的影响所知甚少。在中国和其他地方，如果感染者没有临床症状，控制和预防该病就特别困难。
21.JAMA：新研究揭示新加坡SARS-CoV-2感染者的流行病学特征和临床病程
doi:10.1001/jama.2020.3204
在一项新的研究中，来自新加坡的研究人员在一个病例系列中描述了新加坡首批确诊COVID-19的前18名患者的流行病学特征、临床表现、治疗和结果。相关研究结果于2020年3月3日在线发表在JAMA期刊上，论文标题为“Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore”。
这个描述性病例系列报道了新加坡首批18例实验室确诊的SARS-CoV-2感染患者的临床特征，详细报告了这些患者的流行病学特征和临床过程。
也许反映了对接触者追踪的不断努力，中国武汉市先前报告的三项研究中有28％的患者没有发烧，有1.4％至17％的患者发烧。在这项新的研究中，18例患者中有6例（33％）经历了氧饱和度降低至92％或更低的情况，而在中国武汉市先前报告的那三项研究中氧饱和度降低至76％～90％，需要进行补充氧气。
8例患者中有4例在1至7天内在粪便中检测到病毒，无论腹泻与否。在之前的一项研究中，中国的6例患者检测到病毒血症，而在之前的另一项研究中，在中国的5例患者中有1例检测到病毒血症，但在这项新的研究中，在12例患者中仅有1例检测到病毒血症。
在这项新的研究中，来自COVID-19患者的鼻咽样本中的病毒载量在症状发作后的头几天内达到峰值，然后才下降。在症状发作后，鼻咽抽吸物的病毒脱落持续时间延长至至少24天。这个持续时间比来自中国的同类报道要长。在这一时期末，仅从鼻咽拭子中间歇性地检测到病毒。到这个持续时间结束时，只能从鼻咽拭子样本中间歇地检测到病毒。目前尚不清楚这是由于病毒脱落强度的生物学差异还是由于存在少量病毒时采样的可变性。确定病毒在整个可检测期间是否仍可传播对控制工作至关重要。
5例患者在氧饱和度下降后的1至3天内接受了洛匹那韦-利托那韦治疗，但临床获益的证据不明确。尽管在洛匹那韦-利托那韦开始治疗后的1至3天内发生了退热，但仍不能阻止2例患者的疾病进展。洛匹接受那韦-利托那韦治疗的患者和未接受治疗的患者的鼻咽拭子周期阈值所表明的病毒载量下降也相似。鼻咽拭子样本RT-PCR Ct值显示的病毒载量下降在接受洛匹接受那韦-利托那韦治疗的患者和未接受治疗的患者之间也表现出相似性。利用洛匹那韦-利托那韦治疗COVID-19的有效性还需要在一项疫情随机临床试验中进行测试，这是因为在这个小规模的病例系列中缺乏这方面的明确信号。（生物谷 Bioon.com）
2020年2月11日，世卫组织将这种疾病病重命名为2019年冠状病毒病（COVID-19）。同一天，负责分类和命名病毒的的国际病毒分类学委员会的冠状病毒研究小组在bioRxiv上发表了一篇文章，指出该研究小组已经决定，新型冠状病毒2019-nCoV是导致2002-2003年爆发严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）的变种。因此，将这种新病原体重新命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2号（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2），或SARS-CoV-2。值得注意的一点是，尽管国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组将病毒命名为SARS-CoV-2，但该研究小组主席John Ziebuhr认为这个名字（SARS-CoV-2）和SARS（严重急性呼吸综合征，也称非典型肺炎）没有关联。不过，这种病毒的重新命名引起了不少争议。据《科学》网站报道，世界卫生组织不满意SARS-CoV-2这个名字，而且不打算采用此名称。
冠状病毒可引起多种动物的多系统感染。在此之前已有6种冠状病毒可以感染人类，它们主要引起人类的呼吸道感染：两种高度致命性的冠状病毒，即严重急性呼吸道综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒（MERS-CoV）；4种可导致温和的上呼吸道疾病的冠状病毒，即HCoV-OC43、HCoV-229E、HCoV-NL63和HCoV-HKU1。
基于此次疫情给中国和全世界带来严重的危害，小编针对近期2019-nCoV/COVID-19研究取得的进展进行一番梳理，以飨读者。
1.Cell：重磅！揭示新型冠状病毒SARS-CoV-2进入宿主细胞机制
doi:10.1016/j.cell.2020.02.052
在一项新的研究中，德国研究人员提供证据表明SARS-CoV-2的宿主细胞进入依赖于SARS-CoV受体ACE2，并且可以被临床证明的细胞丝氨酸蛋白酶TMPRSS2抑制剂阻断，而且TMPRSS2被SARS-CoV-2用于S蛋白激活。此外，这项研究还发现针对SARS-CoV产生的抗体反应可以至少部分地抵御SARS-CoV-2感染。这些结果对人们对SARS-CoV-2的可传播性和发病机理的理解具有重要意义，并揭示了进行治疗性干预的靶标。相关研究结果以论文手稿的形式在线发表在Cell期刊上，论文标题为“SARS-CoV-2 cell entry depends on ACE2 and TMPRSS2 and is blocked by a clinically-proven protease inhibitor”。
图片来自Cell, 2020, doi:10.1016/j.cell.2020.02.052。
SARS-CoV S蛋白可以使用内体半胱氨酸蛋白酶CatB/L在TMPRSS2阴性细胞中激活S蛋白（Simmons等，2005）。然而，通过TMPRSS2而不是CatB/L激活S蛋白对于病毒进入初级靶细胞以及在受感染宿主中的病毒传播至关重要。这项新的研究表明，SARS-CoV-2的传播还依赖于TMPRSS2活性，不过这些研究人员注意到，阻断TMPRSS2活性的甲磺酸卡莫司他（camostat mesylate）抑制但不消除SARS-CoV-S2感染Calu-3细胞，这可能反映了CatB/L对残余S蛋白的激活作用。人们可以推测，正如针对MERS-CoV的报道那样，弗林蛋白酶（furin）在感染细胞中介导的S1/S2位点预先切割可能会促进随后的TMPRSS2依赖性靶细胞进入。总的来说，这些新的发现和先前的研究工作强调了TMPRSS2是一种宿主细胞因子，它对于几种临床相关病毒的传播至关重要，包括甲型流感病毒和冠状病毒。相比之下，TMPRSS2对于发育和体内平衡是必不可少的，因此构成了一种有吸引力的药物靶标。在这种情况下，值得注意的是，阻断TMPRSS2活性的丝氨酸蛋白酶抑制剂甲磺酸卡莫司他在日本已获准用于人类，尽管其适应症与SARS-CoV-2无关。因此，可能可以考虑将这种化合物或具有潜在增强的抗病毒活性的相关化合物用于未经临床试验验证地治疗SARS-CoV-2感染者。
2.Cell：重磅！揭示新型冠状病毒SARS-CoV-2刺突糖蛋白的结构、功能和抗原性
doi:10.1016/j.cell.2020.02.058
在一项新的研究中，美国华盛顿大学医学院生物化学系的David Veesler博士及其团队报道人ACE2可调节SARS-CoV-2 S蛋白介导的细胞进入，从而确定它是这种新出现的冠状病毒的功能性受体。SARS-CoV-2 S蛋白的结构域B与人ACE2结合的亲和力与来自与2002-2003年SARS疫情相关的SARS-CoV分离株的S蛋白的结构域B相当，这表明SARS-CoV-2 S蛋白的结构域B与人ACE2具有较高的结合亲和力。与人ACE2的紧密结合可以部分解释SARS-CoV-2在人类中的有效传播，就像SARS-CoV的情况一样。相关研究结果以论文手稿的形式在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Structure, function and antigenicity of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein”。
他们鉴定出在SARS-CoV-2 S蛋白的S1/S2亚基边界存在意料之外的弗林蛋白酶（furin）切割位点，这个位点在S蛋白的生物合成过程中被切割，这种新特征可将这种冠状病毒与SARS-CoV和SARSr-CoV区分开来。正如针对一些高致病性禽流感病毒和致病性新城疫病毒的报道那样，移除这种切割基序会适度影响SARS-CoV-2 S蛋白介导的VeroE6或BHK细胞进入，但是这可能有助于扩大这种冠状病毒的宿主趋向性。
他们解析出SARS-CoV-2 S蛋白胞外结构域三聚体的低温电镜结构，并揭示它具有多个结构域B构象，这使人想起了先前有关SARS-CoV S蛋白和MERS-CoV S蛋白的报道。他们证实SARS-CoV S蛋白小鼠多克隆血清有效抑制SARS-CoV-2 S假病毒进入靶细胞。这些结果为设计可广泛预防SARS-CoV-2、SARS-CoV和SARS-CoV的疫苗铺平了道路。
3.bioRxiv：特殊模型有望帮助预测新型冠状病毒的潜在药物靶点
doi:10.1101/2020.02.26.961938
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“Predictions for the binding domain and potential new drug targets of 2019-nCoV”的研究报告中，来自北京科技大学的研究人员通过研究成功预测了新型冠状病毒（2019-nCoV）的结合域和新型潜在的药物靶点。
研究者表示，通过对冠状病毒进行进化分析，他们发现，2019-nCoV可能起源于蝙蝠，2019-nCoV的S蛋白或能通过与人类细胞ACE2受体相互作用来进入宿主细胞，这或许就揭示了2019-nCoV的发病机制；另一方面，2019-nCoV还与蝙蝠冠状病毒RATG132共享了大约96.2%的序列，通过对比2019-nCoV的S蛋白（GenBank：MN908947.3）的氨基酸序列与蝙蝠SARS样冠状病毒分离株bat-SL-CoVZC45和蝙蝠SARS样冠状病毒分离株Bat-SL-CoVZXC21，后两者分别与2019-nCoV具有89.1%和88.6%的序列一致性，因此就有用一种假设认为，2019-nCoV或许与蝙蝠SARS样冠状病毒拥有相同的致病通路。
然而，当前使用Swiss模型的研究还需要进一步优化，比如，预测S蛋白结构上配体结合位点尚不明确，此外，模板仅共享了76.4%的序列一致性，这就意味着结果可能无法完全反映现实，因此，研究人员就需要开发出一种新方法，从另一个角度来预测蛋白质的三维结构和相关功能，最重要是，这种新方法还能帮助预测潜在的药物靶点。
这项研究中，研究人员开发出了一种名为I-TASSER（迭代线程组装改进，Iterative Threading Assembly Refinement）的新方法来进行蛋白质结构和功能的预测；当研究者将I-TASSER模型与实际SARS模型进行比较后他们发现，2019-nCoV的表面糖蛋白与S蛋白的CTD1（C末端结构域1）区域相一致，这就表明，2019-nCoV可能是通过构象改变来与宿主细胞的ACE2相结合的。此外，研究者还对2019-nCoV表面糖蛋白的位点进行预测后发现，某些核心的氨基酸或有望成为开发抵御2019-nCoV潜在新型药物靶点。
除此之外，研究人员还开发了一种名为Phyre2的工具，其能利用远程同源检测的手段来构建3D模型，并预测配体结合位点，从而分析氨基酸突变所产生的影响，Phyre2与其它方法的区别不在于准确性而在于实用性；最后研究者表示，I-TASSER和Phyre2两种工具均能用来帮助预测武汉新冠肺炎病毒的刺突蛋白的精确结构，从而为寻找新型药物靶点提供了新的线索和思路。
4.bioRxiv：科学家基于CRISPR-Cas12技术开发出了一种超灵敏、快速便携式的新型冠状病毒检测技术
doi:10.1101/2020.02.29.971127
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“An ultrasensitive， rapid， and portable coronavirus SARS-CoV-2 sequence detection method based on CRISPR-Cas12”的研究报告中，来自布宜诺斯艾利斯大学等机构的科学家们通过研究基于CRISPR-Cas12技术开发了一种超灵敏、快速、便携式的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）检测技术。
图片来源：fr.wikipedia.org。
CRISPR是一种以在基因编辑领域的应用而出名的生物技术，值得注意的是，近来研究人员已经开始使用CRISPR来进行核酸的体外检测，因此其就有望被开发成为一种强大精确的分子诊断工具；在CRISPR-Cas效应子家族中，Cas12是一种RNA导向的DNase，其属于II类V-A系统，该系统能在识别靶点后诱导任意单链DNA（ssDNA）的分裂，这就会导致ssDNA报道子的降解，并在分裂位点释放荧光信号，这就能通过一种便携式的方法进行检测。
这项研究中，研究人员报告了一种基于CRISPR-Cas12的新型诊断工具，其能在原理论证的评估中对合成性的SARS-CoV-2的RNA序列进行检测，研究结果表明，该工具是一种超灵敏、快速且极具潜力的检测手段，对于有效实现目前资源相对缺乏的地区进行SARS-CoV-2的检测至关重要。后期研究人员还会继续深入研究来进一步优化该设备使其更加高效地对SARS-CoV-2进行检测。
5.bioRxiv：利用比较基因组分析揭示新型冠状病毒的进化机制
doi:10.1101/2020.02.27.969006
近日，一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“Comparative genomic analysis revealed specific mutation pattern between human coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-SARSr-CoV RaTG13”的研究报告中，来自浙江大学等机构的科学家们通过研究利用比较基因组分析技术揭示了人类新型冠状病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13之间的特殊突变模式。
新型冠状病毒是冠状病毒亚群的一员，其含有正极性的单链RNA基因组，为了揭示新型冠状病毒基因组的进化机制，这项研究中，研究人员对新测序的新型冠状病毒毒株和20株密切相关的冠状病毒毒株进行了全面的基因组分析，在不同新型冠状病毒毒株基因组93个位点中的98个核苷酸突变中，研究者发现有58个核苷酸突变会引发氨基酸的改变，这就揭示了一种中性进化的结果，然而，新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13之间刺突基因（spike gene）核苷酸替换与氨基酸替换的比率（9.07）要远高于其它冠状病毒之间的比较（范围为1.29-4.81），新型冠状病毒和蝙蝠冠状病毒之间存在较高水平的同义突变，这就表明其二者经历了较强的净化选择（purifying selection）。
此外，其核苷酸替换中富含碱基T：C的转换，这与RNA 3’-5’端核糖核酸外切酶（ExoN）失活所引发的突变特性相一致，新型冠状病毒和其它β-冠状病毒谱系B中的其它冠状病毒在密码子的使用上存在一定的相似性，这就表明，其对冠状病毒突变模式的影响相对较小；当对新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13进行对比后，研究者发现，在所有的比较中，非同义替换率与同义替换率之比（dN/dS）最低，这就再次证实了新型冠状病毒是在较为严格的选择性压力下发生进化的。
6.Viruses：香港科技大学揭示COVID-19肺炎疫苗的潜在靶点
doi:10.3390/v120302542020
一组香港科技大学（HKUST）的科学家近日确定了一组SARS-CoV-2冠状病毒疫苗的潜在目标，为SARS-CoV-2引起的COVID-19肺炎疫苗的开发指出了关键的实验方向。
与2003年导致SARS(严重急性呼吸系统综合症)爆发的SARS- CoV一样，SARS- CoV -2也属于同一种冠状病毒属。通过考虑SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的遗传相似性，该团队利用实验确定的免疫数据来识别一组与SARS-CoV-2完全匹配的SARS-CoV衍生的B细胞和T细胞表位。表位是免疫系统识别的生物标记，可触发针对病毒的行动。由于在现有的SARS-CoV-2基因序列中未发现已识别的表位发生突变，因此对这些表位进行免疫靶向可能会对新的肺炎COVID-19提供保护。
由数据科学家Matthew McKay教授和Ahmed Abdul Quadeer博士领导的研究小组希望他们的工作能够帮助指导针对SARS- CoV-2的有效疫苗的实验研究。
7.J Biol Chem：研究揭示瑞德西韦为什么可能治疗新型冠状病毒！
doi:10.1074/jbc.AC120.013056
阿尔伯塔大学的一组研究人员发现了为什么药物瑞德西韦在治疗引起中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)的冠状病毒方面是有效的，他们期望它可能也可以有效地治疗感染了新的COVID-19毒株的患者。
病毒学家Matthias Gtte说："即使你知道某种药物有效，但如果你不知道它是如何起作用的，那它可能就是一个危险信号。如果你确切地知道它是如何作用于目标的，这是令人安心的。我们知道这种药物可以治疗不同的冠状病毒，比如中东呼吸综合征和非典，我们也知道这种新型冠状病毒和非典非常相似。因此，我谨慎乐观地认为，我们团队在瑞德西韦和MERS上发现的结果将与COVID-19类似。"
本周发表在《Journal of Biological Chemistry》上的这项研究，是加拿大第一批讨论COVID-19毒株的研究之一。"我们的研究表明，瑞德西韦基本上模仿了RNA合成的天然构建块之一，这是病毒基因组复制所必需的。病毒内的酶用这些构建块合成病毒RNA基因组，但是它们把需要的片段和药物混合在一起。一旦药物进入生长中的RNA链，病毒就不能再复制了。
8.Int J Infect Dis：好消息！现有药物或可有效治疗新型冠状病毒！
doi:10.1016/j.ijid.2020.02.018
一个欧洲研究联盟表示，已经批准的药物可能是治疗新型冠状病毒SARS-CoV-2的关键。他们的发现已经作为预先证据发表在《International Journal of Infectious Diseases》上。
图片来源：https://cn.bing.com。
该论文的资深作者、挪威科技大学(NTNU)副教授Denis Kainov说："药物再利用是一种从现有药物中产生额外价值的策略，它针对的是与最初预期不同的疾病。例如，teicoplanin、oritavancin、dalbavancin和monensin都是经批准的抗生素，它们已经在实验室中被证明可以抑制冠状病毒和其他病毒。"
Kainov和他的合着者说，这些和其他安全的、广谱的抗病毒药物是治疗这种疾病的良好候选药物，因为目前还没有治疗这种被世界卫生组织(WHO)称为COVID-19的新型冠状病毒的方法。
9.J Med Chem：好消息！新型化合物可对抗包括新冠病毒在内的多种病毒
doi:10.1021/acs.jmedchem.9b01828
如今，研究人员在美国化学学会(ACS)的《Journal of drug Chemistry》杂志上发表的研究报告中称，他们已经设计出了一种化合物，可以在实验室中阻止类似的冠状病毒以及其他致病病毒的复制。
此次冠状病毒，也被称为SARS- CoV -2或2019-nCoV，与2003年导致SARS爆发的SARS病毒(SARS- CoV -1)以及2012年出现的中东呼吸系统疾病病毒(MERS-CoV)是近亲。所有这些病毒都会引起类似流感的症状，并常常引起肺炎。然而，目前还没有开发出有效的治疗方法，部分原因是由于病例相对较少，制药公司没有必要花费大量资金。Hong Liu、Rolf Hilgenfeld和同事们设想了一种可能的解决方案，以广谱抗病毒药物的形式，针对所有冠状病毒和肠病毒--其中一些会导致普通感冒等病症、手足口病、还有"夏季流感"。所有这些病毒都有一个相似的蛋白质切割酶，在冠状病毒中称为"主蛋白酶"，在肠病毒中称为"3C蛋白酶"，这是病毒复制所必需的。
研究人员研究了蛋白酶的X射线晶体结构，然后对一系列α-羰基酰胺化合物进行预测，判断它们是否可以结合这类蛋白酶并干扰它的活动。通过在试管和培养皿中的人类细胞中的测试，他们发现了一种多功能的抑制剂，可以阻止多种冠状病毒和肠病毒，包括SARS-CoV-1。另一种分子对MERS-CoV表现出很强的活性，对其他病毒表现出中等的活性。研究人员说，由于SARS-CoV-2、MERS-CoV和SARS-CoV-1的主要蛋白酶非常相似，这些抑制剂很可能对新型冠状病毒具有良好的抗病毒活性。下一步将是在小动物疾病模型中测试这些抑制剂。
10.bioRxiv：实锤！科学家发现新型冠状病毒母婴传播的证据！
doi:10.1101/2020.02.27.967760
近日，一篇刊登在预印版平台bioRxiv上题为“The ACE2 expression of maternal-fetal interface and fetal organs indicates potential risk of vertical transmission of SARS-COV-2”的研究报告中，来自中国医学科学院的研究人员通过研究发现，母胎界面和胎儿其中中血管紧张素转化酶2（ACE2）的表达或许提示了新型冠状病毒（SARS-COV-2）垂直传播的潜在风险。
这项研究中，研究人员收集了在线获得的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以此来评估母亲和胎儿界面及多个胎儿器官中ACE2的细胞表达水平；研究结果表明，母亲和胎儿界面细胞中ACE2会高水平地进行表达，这些细胞包括间质细胞、蜕膜的血管周细胞、以及胎盘中的细胞滋养层和合胞体滋养层细胞等，同时研究者还发现，胎儿的心脏、肝脏和肺脏中也会出现ACE2的表达，但ACE2的表达并未在胎儿肾脏中发现；随后研究人员对刚出生的小鼠幼崽进行研究发现，小鼠幼崽机体中ACE2的表达会随着时间而发生动态变化，而且在出生后的1-3天里，小鼠幼崽机体中ACE2的表达量非常高。
研究者表示，本文研究结果表明，新型冠状病毒的受体ACE2在母胎界面和胎儿器官的特殊类型细胞中会发生广泛表达，这或许就提示，新型冠状病毒可能会通过母胎垂直传播方式在母亲和胎儿之间引起感染，相关研究结果或为后期开发新型疗法提供新的思路和希望。
12.钟南山院士等NEJM：新冠肺炎患者的临床症状
doi:10.1056/NEJMoa2002032
近日以钟南山院士领衔的研究团队在《The New England Journal of Medicine》上发文报道了他们提取的截至2020年1月29日中国30个省、自治区、直辖市的552家医院1099例经实验室确诊的CVID-19患者的数据，主要的复合终点是进入重症监护病房(ICU)，使用机械通气，或死亡。
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研究团队对这些患者的数据分析报告如下：患者的中位年龄为47岁；女性占41.9%。主要复合终点为67例(6.1%)，其中入ICU 5.0%，有创机械通气2.3%，死亡1.4%。只有1.9%的病人有直接接触野生动物的历史。在非武汉市居民中，72.3%的人与武汉市居民有过接触，其中31.3%的人曾到过武汉。最常见的症状是发烧(入院时43.8%，住院时88.7%)和咳嗽(67.8%)，少见腹泻(3.8%)。中位潜伏期为4天(四分位间距为2 - 7天)。入院时，毛玻璃样阴影是最常见的胸部计算机体层摄影(CT)的放射学表现(56.4%)。877例(17.9%)非重症患者中有157例未发现影像学或CT异常，173例(2.9%)重症患者中有5例未发现异常。入院时淋巴细胞减少症占83.2%。
13.比尔盖茨NEJM发文：新冠肺炎是百年一遇的流行病！全世界应该如何应对？
doi:10.1056/NEJMp2003762
面对任何危机，政府都有两个同等重要的责任：解决眼前的问题，并防止它再次发生。COVID-19大流行就是一个恰当的例子。我们现在需要拯救生命，同时也需要改善我们应对疫情的方式。第一点更为紧迫，但第二点有着至关重要的长期影响。
长期的挑战--提高我们应对疫情的能力--并不是什么新鲜事。全球卫生专家多年来一直在说：另一场在速度和严重程度上与1918年流感疫情不相上下的大流行不是是否发生的问题，而是何时发生的问题。比尔和梅琳达·盖茨基金会近年来投入了大量资源帮助世界为这种情况做准备。
现在我们也面临着迫在眉睫的危机。在过去的一周里，COVID-19开始表现得很像我们一直担心的那种百年一遇的病原体一样。我希望情况没有那么糟糕，但在我们知道情况并非如此之前，我们应该假定情况会如此糟糕。
各国政府和产业界需要达成一个协议：在大流行期间，疫苗和抗病毒药物不能简单地卖给出价最高的竞标者。处于疫情中心和最需要帮助的人应该是优先获得的，而且需要他们能够负担得起。这样的分配不仅是正确的事情，也是预防短途径传播和未来大流行的正确策略。
14.Lancet子刊：在中国全国范围内研究癌症患者中的新型冠状病毒SARS-CoV-2感染
doi:10.1016/S1470-2045(20)30096-6
中国和世界其他地方正在爆发新型β冠状病毒SARS-CoV-2（之前称为2019-nCoV）疫情。截止2020年2月12日，这种病毒的迅速传播已在中国造成42747例病例和1017例死亡，并在25个国家（包括美国、日本和西班牙）报告了病例。世界卫 生组织（WHO）已宣布由SARS-CoV-2引起的2019年新型冠状病毒疾病（COVID-19）是国际关注的突发公共卫生事件。与严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综合征（MERS）冠状病毒（MERS-CoV）不同的是，多器官功能障碍综合征而不是呼吸衰竭 引起了更多的COVID-19死亡病例，这可能归因于血管紧张素转化酶2（ACE2）--- SARS-CoV-2的功能性受体---在多种器官中的广泛分布。与非癌症患者相比，癌症患者更容易受到感染，这是由于恶性肿瘤和抗癌治疗（比如化疗或外科手术）引起全身免疫抑制状态。因此 ，癌症患者可能会具有增加的COVID-19风险，并且预后较差。
在一项新的研究中，来自中国广州中山医科大学附属第一医院的研究人员与中国国家卫生健康委员会合作，建立了一个前瞻性队列以监测整个中国的COVID-19病例。截止到2020年1月31日，他们收集并分析了来自31个省级行政区的575家医院的2007例病例。所有病例经诊 断后均患上实验室确诊的COVID-19急性呼吸道疾病，并入院。由于先前病史的记录不足，他们排除了417例病例。相关研究结果近期发表在Lancet Oncology期刊上，论文标题为“Cancer patients in SARS-CoV-2 infection: a nationwide analysis in China”。
根据这些研究人员所知，这项研究首次分析了癌症患者发生严重COVID-19的风险；只有通过全国范围的分析，他们才能对患有罕见但重要合并症（比如癌症）的患者进行随访。他们发现癌症患者可能比非癌症患者有更高的COVID-19风险。此外，他们发现癌症患者COVID- 19的预后较差，这会及时提醒医生，如果癌症患者病情迅速恶化，应加强对他们的关注。
因此，这些研究人员针对这次COVID-19危机中的癌症患者以及未来的严重传染病发作提出了三种主要策略。首先，在疫情地区应考虑为了稳定癌症病情，有意推迟辅助化疗或非紧急外科手术（elective surgery）。其次，应为癌症患者或癌症幸存者制定更严格的个人保 护规定。第三，当癌症患者感染SARS-CoV-2时，应考虑加强监护或治疗，尤其是在老年患者或其他合并症患者中。
15.深度解读！新型冠状病毒或存在两种亚型 其中一种亚型更具侵袭性传染力更强
doi:10.1093/nsr/nwaa036
新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的肺炎于2019年12月下旬开始在中国武汉流行，从那时开始，SARS-CoV-2就已经开始影响中国的大部分地区，同时也引起了全球的广泛关注。此前有研究表明，SARS-CoV-2与蝙蝠携带的SARS冠状病毒（RaTG13）之间在基因组上相似度高达96.2%，而且SARS-CoV-2与穿山甲所携带的冠状病毒在进入宿主细胞与关键的刺突蛋白受体结合结构域结合模式上几乎是一样的。
SARS-CoV-2病毒的单倍型分析，图片来源：Xiaolu Tang，et al. National Science Review，doi：10.1093/nsr/nwaa036。
疫情进展到现在，很多人不禁都会担心新型冠状病毒是否已经发生突变，其突变后毒力是否会变得更强，这也是当前全球科学家们研究的重点之一；近日，一篇发表在中国科学院主办的杂志National Science Review上题为“On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2”的研究报告中，来自北京大学和中国科学院上海巴斯德研究所等机构的科学家们通过研究对SARS-CoV-2进行了迄今为止最大规模的全基因组分子进化分析，他们发现，SARS-CoV-2目前已经进化出L和S两个亚型，L亚型（70%）较S亚型（30%）更为普遍，且这两种病毒亚型在地域分布及人群中的比例相差较大，研究人员推测，这两种亚型的传播能力、致病性或许也存在较大区别。
16.JAMA：新研究表明冠状病毒SARS-CoV-2患者的房间和厕所受到病毒污染，但当前的污染去除措施可有效杀死它
doi:10.1001/jama.2020.3227
从2020年1月24日到2月4日，来自新加坡SARS-CoV-2疫情暴发中心的3名患者（患者A、患者B和患者C）安置在配备有休息室和浴室的空气传播隔离室（每小时12次换气）中，在26个地点收集了表面环境样本。还收集了离开病房的研究医师的个人防护装备（PPE）样本。样本收集是通过使用无菌的预湿拭子进行的。
一名具有轻度上呼吸道受累的SARS-CoV-2患者存在广泛的环境污染。马桶和水槽样本均为阳性，这提示着粪便中的病毒脱落可能是潜在的传播途径。清洁后的样本均为阴性，这表明目前的污染去除措施已足够。
尽管环境污染程度严重，但空气样本呈阴性。从排气口采集的拭子样本经检测呈阳性，这表明携带病毒的小液滴可能被气流置换并沉积在通风口等设备上。PPE样本呈阳性并不奇怪，这是因为鞋套不是PPE建议的一部分。通过受污染的鞋类传播的风险可能很低，在前厅和清洁走廊的阴性结果就证明了这一点。
这项研究有几个局限性。首先，没有进行病毒培养来证实病毒活性。其次，由于疫情期间的操作限制，方法不一致，样本量很小。第三，采集的空气样本量仅占空气总体积的一小部分，而房间内的空气交换将稀释空气中存在的SARS-CoV-2。需要开展进一步的研究以确认这些初步结果。
17.bioRxiv：首次体外合成新冠病毒，只需一周！
doi:10.1101/2020.02.21.959817
近日来自瑞士伯尔尼大学和病毒与免疫学研究所等机构的研究人员合作在预印本网站bioRixv展示了一项未经同行评议的最新研究，该研究展示了一个基于酵母的合成基因组学平台的完整功能，用于包括冠状病毒科、黄病毒科和副粘病毒科的成员在内的多种RNA病毒的遗传重建。
图片来源：bioRxiv。
病毒亚基因组片段是使用病毒分离物、克隆病毒DNA、临床样本或合成DNA产生的，并在酿酒酵母中使用转换相关重组(TAR)克隆一步重新组装，以维持基因组作为酵母人工染色体(YAC)。T7-RNA聚合酶被用来产生感染性RNA，然后被用来拯救活病毒。
基于这个平台，研究人员已经能够在收到合成的DNA片段后的一周内，对最近流行的SARS-CoV-24的化学合成克隆进行工程设计和再生。
18.bioRxiv：华人科学家揭示2019-nCoV的潜在T细胞和B细胞表位
doi:10.1101/2020.02.19.955484
2019-nCoV是一种引起COVID-19的新型冠状病毒，与SARS-CoV有很高的相似性。目前还没有针对2019-nCoV或任何形式的冠状病毒的疫苗被批准。近日来自斯坦福大学医学院的Chen Binbin和Ethan Fast在预印本网站bioRxiv上发表了一篇尚未经过同行评议的最新文章，题为"Potential T-cell and B-cell Epitopes of 2019-nCoV"。在该文章中，，研究人员使用来自结构生物学和机器学习的计算工具来识别基于病毒蛋白抗原和抗体结合特性的2019-nCoV 的T细胞和B细胞表位。这些表位可用于开发更有效的疫苗和鉴定中和抗体。
研究人员在人类MHC-I和MHC-II等位基因中鉴定了405个抗原表达分数良好的病毒肽，并在2019-nCoV S蛋白受体结合域附近发现了两个潜在的中和性B细胞表位(440-460和494-506)。通过分析来自四大洲的68个病毒基因组的突变谱，研究人员发现了96个编码突变。这些突变更可能发生在MHC-I表现评分较好的区域(p=0.02)。在S蛋白受体结合区附近不存在突变。最后，研究人员用SARS-CoV实验数据来验证了我们的计算方法。
19.Nat Microbiol：开发出新型冠状病毒筛查方法
doi:10.1038/s41564-020-0688-y
近日，来自美国国立卫生院的研究人员在Nature Microbiology杂志发表了最新研究成果，报道了一种沙筛选病毒的新方法，该研究题为"Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS-CoV-2 and other lineage B betacoronaviruses"。在该研究中，研究人员开发了一种方法来快速筛选B类冠状病毒，例如SARS-CoV和最近的SARS-CoV-2，以了解受体的使用情况及其感染不同物种细胞类型的能力。
研究人员发现在病毒进入宿主的过程中，宿主蛋白酶是几个B类冠状病毒的一个重要屏障，绕过这个屏障，B类冠状病毒就可以通过一个未知受体进入人体细胞。研究人员还展示了不同的B类病毒如何重组进入人类细胞，并进一步确认了人类ACE2是最近出现的SARS-CoV-2的受体。
20.Cell：关于新型冠状病毒，我们都知道了什么？
doi:10.1016/j.cell.2020.02.027
冠状病毒SARS-CoV-2开始在全球蔓延，给不少国家都带来了严重影响。近日，来自中国在内的多国专家在Cell杂志上发文表达了他们对此次疫情的了解和看法，也许可以帮助我们更全面的了解此次疫情。
复旦大学上海公共卫生诊所中心、中国疾病预防控制中心 张永振：2019年12月，中国湖北省武汉市出现严重呼吸道疾病。截至2020年2月27日，已报告至少78630例确诊病例，包括至少2747例死亡。不幸的是，这种疾病已经在全球蔓延。病原体是一种新型冠状病毒，现在被称为SARS-CoV-2，在中国很快被发现和鉴定。尽管我们知道自然界中存在着前所未有的病毒遗传多样性，但此次疫情进一步表明，在预测新的致病病原体何时、何地以及如何出现方面存在相当大的不确定性。
系统发育分析表明，SARS-CoV-2与一组SARS样冠状病毒密切相关。然而，目前还不清楚这种病毒来自何处，以及最初是如何传播给人类的。与其他人畜共患病病原体如汉坦病毒和沙状病毒不同，到目前为止，我们还没有在动物体内发现与人类相同的SARS病毒。幸运的是，自2004年以来，SARS病毒就没有出现在人类身上。相比之下，这种新病毒似乎有更强的人际传播能力。与人类的主要病毒相比，我们对病毒是否变化、如何变化以及这些变化对人类流行的影响所知甚少。在中国和其他地方，如果感染者没有临床症状，控制和预防该病就特别困难。
21.JAMA：新研究揭示新加坡SARS-CoV-2感染者的流行病学特征和临床病程
doi:10.1001/jama.2020.3204
在一项新的研究中，来自新加坡的研究人员在一个病例系列中描述了新加坡首批确诊COVID-19的前18名患者的流行病学特征、临床表现、治疗和结果。相关研究结果于2020年3月3日在线发表在JAMA期刊上，论文标题为“Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore”。
SARS-CoV-2感染者的症状持续时间、补充氧气需求、住院时间和出院时间，图片来自JAMA, 2020, doi:10.1001/jama.2020.3204。。
这个描述性病例系列报道了新加坡首批18例实验室确诊的SARS-CoV-2感染患者的临床特征，详细报告了这些患者的流行病学特征和临床过程。
也许反映了对接触者追踪的不断努力，中国武汉市先前报告的三项研究中有28％的患者没有发烧，有1.4％至17％的患者发烧。在这项新的研究中，18例患者中有6例（33％）经历了氧饱和度降低至92％或更低的情况，而在中国武汉市先前报告的那三项研究中氧饱和度降低至76％～90％，需要进行补充氧气。
8例患者中有4例在1至7天内在粪便中检测到病毒，无论腹泻与否。在之前的一项研究中，中国的6例患者检测到病毒血症，而在之前的另一项研究中，在中国的5例患者中有1例检测到病毒血症，但在这项新的研究中，在12例患者中仅有1例检测到病毒血症。
在这项新的研究中，来自COVID-19患者的鼻咽样本中的病毒载量在症状发作后的头几天内达到峰值，然后才下降。在症状发作后，鼻咽抽吸物的病毒脱落持续时间延长至至少24天。这个持续时间比来自中国的同类报道要长。在这一时期末，仅从鼻咽拭子中间歇性地检测到病毒。到这个持续时间结束时，只能从鼻咽拭子样本中间歇地检测到病毒。目前尚不清楚这是由于病毒脱落强度的生物学差异还是由于存在少量病毒时采样的可变性。确定病毒在整个可检测期间是否仍可传播对控制工作至关重要。
5例患者在氧饱和度下降后的1至3天内接受了洛匹那韦-利托那韦治疗，但临床获益的证据不明确。尽管在洛匹那韦-利托那韦开始治疗后的1至3天内发生了退热，但仍不能阻止2例患者的疾病进展。洛匹接受那韦-利托那韦治疗的患者和未接受治疗的患者的鼻咽拭子周期阈值所表明的病毒载量下降也相似。鼻咽拭子样本RT-PCR Ct值显示的病毒载量下降在接受洛匹接受那韦-利托那韦治疗的患者和未接受治疗的患者之间也表现出相似性。利用洛匹那韦-利托那韦治疗COVID-19的有效性还需要在一项疫情随机临床试验中进行测试，这是因为在这个小规模的病例系列中缺乏这方面的明确信号。（生物谷 Bioon.com）
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