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bioRxiv:利用比较基因组分析揭示新型冠状病毒的进化机制

来源:本站原创 2020-03-07 08:54

2020年3月7日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一篇发表在预印版平台bioRxiv上题为“Comparative genomic analysis revealed specific mutation pattern between human coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-SARSr-CoV RaTG13”的研究报告中,来自浙江大学等机构的科学家们通过研究利用比较基因组分析技术揭示了人类新型冠状病毒与蝙蝠冠状病毒RaTG13之间的特殊突变模式。

图片来源:pt.wikipedia.org

新型冠状病毒是冠状病毒亚群的一员,其含有正极性的单链RNA基因组,为了揭示新型冠状病毒基因组的进化机制,这项研究中,研究人员对新测序的新型冠状病毒毒株和20株密切相关的冠状病毒毒株进行了全面的基因组分析,在不同新型冠状病毒毒株基因组93个位点中的98个核苷酸突变中,研究者发现有58个核苷酸突变会引发氨基酸的改变,这就揭示了一种中性进化的结果,然而,新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13之间刺突基因(spike gene)核苷酸替换与氨基酸替换的比率(9.07)要远高于其它冠状病毒之间的比较(范围为1.29-4.81),新型冠状病毒和蝙蝠冠状病毒之间存在较高水平的同义突变,这就表明其二者经历了较强的净化选择(purifying selection)。

此外,其核苷酸替换中富含碱基T:C的转换,这与RNA 3’-5’端核糖核酸外切酶(ExoN)失活所引发的突变特性相一致,新型冠状病毒和其它β-冠状病毒谱系B中的其它冠状病毒在密码子的使用上存在一定的相似性,这就表明,其对冠状病毒突变模式的影响相对较小;当对新型冠状病毒毒株WIV04和蝙蝠冠状病毒RaTG13进行对比后,研究者发现,在所有的比较中,非同义替换率与同义替换率之比(dN/dS)最低,这就再次证实了新型冠状病毒是在较为严格的选择性压力下发生进化的。

最后研究者表示,刺突蛋白的某些位点或许进行了正向的选择,因此本文研究结果或能帮助研究人员深入理解诱发病毒致病性的特殊进化机制及病毒如何实现对宿主的适应,同时还能帮助研究人员寻找新型靶点来有效抑制新型冠状病毒的感染。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Longxian Lv, Gaolei Li, Jinhui Chen, et al. Comparative genomic analysis revealed specific mutation pattern between human coronavirus SARS-CoV-2 and Bat-SARSr-CoV RaTG13, bioRxiv(2020) doi:10.1101/2020.02.27.969006

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