年度最佳Cell论文：于乐谦/郭靖涛/魏育蕾/王晓琰等数字3D重构首个完整人类原肠胚模型
该研究构建了完整胚胎中不同细胞类型与基因表达的三维空间分布点云图，进而数字3D重构了首个完整人类原肠胚模型。
2025-01-09
Cell：构建出一种追踪斑马鱼发育的新型细胞图谱——Zebrahub
论文第一作者说，“Zebrahub为首次极高精度地研究细胞在极其复杂的发育过程中的行为提供了机会。像这样在同一资源中同时结合单个细胞的基因表达和细胞随时间变化的空间图谱是非常罕见的。”
2024-10-30
Cancer Cell：复旦大学曹志伟/陈海泉团队绘制小细胞肺癌空间单细胞图谱，揭示其空间分子异质性及免疫互作生态位
该研究通过空间多组学揭示了非小细胞肺癌的肿瘤异质性和免疫微环境动态，提出了 MT2 生态位作为患者预后和免疫治疗响应的新标志，为小细胞肺癌的精准分型和治疗策略提供了重要依据。
2025-02-26
Nature Genetics：任善成/谌科/古迪团队绘制首个成年人前列腺空间转录组学图谱，揭示前列腺新的生理功能和癌变机制
该研究构建了首个高分辨率成年人前列腺空间图谱，系统解析了前列腺的空间异质性与细胞组成。
2025-04-04
Nature Methods：肿瘤进化的空间图谱：CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异（allele-specific CNAs）。
2024-11-23
Science：新研究构建出全面的哺乳动物早期形态发生图谱
这些研究结果详细揭示了哺乳动物胚胎的发育如何受可变性和稳健性的支配。没有混乱，就没有结构；二者缺一不可。这两者都是构成‘正常’发育的重要组成部分。
2024-10-16
Nature Methods：肿瘤进化的空间图谱，CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异，还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹，绘制出肿瘤演化的“进化地图”。
2024-11-10
Cell：首个大规模图谱显示基因突变对蛋白在细胞中最终位置的影响
在这项研究中，作者使用了功能强大的显微镜，并通过计算分析填补了视觉分析中的空白，将突变蛋白与正常蛋白的细胞旅程进行了比较。
2024-10-31
Nature：首次构建出人类胸腺细胞空间图谱，揭示人体免疫反应如何在生命早期建立和维持
这项研究的一项重要成果是开发了一种名为OrganAxis的标准化高分辨率空间绘图方法，用于比较胸腺样本在不同发育阶段的组成和结构组织，其分辨率比以往任何时候都要高得多。
2024-11-26