单细胞测序的”CPU 2.0”时代
对单个人类细胞的基因组进行准确的变异检测和大范围单倍体型分析一直以来都是测序领域的巅峰挑战。单细胞测序使我们能在更高的分辨率下研究生命的机制。一方面,在像癌症这样的组织样本中存在大量具有不同基因组类型的单个细胞,因此需要分析单细胞水平基因组而不是大量细胞的平均值;另一方面,对于非常珍贵的细胞样品,如人类卵母细胞和循环肿瘤细胞(CTCs),单细胞测序具有无与伦比的优势;此外,
利用单细胞转录组分析揭示成纤维细胞转化为心肌细胞机制
图片来自Qian Lab, UNC School of Medicine。2017年10月28日/生物谷BIOON/---在心脏病发作后,通过逆转瘢痕组织产生健康的心肌组织将会引发心脏学和再生医学领域的变革。在实验室中,科学家们已证实将心脏成纤维细胞(瘢痕组织细胞)转化为心肌细胞是可行的,但是梳理出这是如何发生的细节并不是件容易的事情,而且将这种方法用于临床实践或甚至其他的基础研究项目中一直都是难
在单细胞转录组分辨率下重建虚拟果蝇胚胎
图片来自Drosophila Virtual Expression eXplorer/BIMSB at the MDC。2017年9月10日/生物谷BIOON/---在经过13次快速的细胞分裂之后,一个受精的果蝇卵子产生大约6000个细胞。它们在显微镜下看起来都一样。然而,在那时,果蝇胚胎中的每个细胞已知道它是变成神经元还是肌肉细胞,或2017年9月10日/生物谷BIOON/---者变成肠道、头部
谈一谈单细胞代谢组学
代谢组学是20世纪90年代中期发展起来的一门新兴学科,研究对象大都是相对分子质量在1000以内的小分子物质。这门继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后出现的学科经过二十多年的发展目前已经在疾病早期诊断、药物靶点发现、疾病机理研究及疾病诊断等方面取得了许多重大进展。生物学研究的历程往往要经过从宏观表型的观察到微观机制的探索,最后再回到宏观表型的解释和修正这样一个过程。在代谢组学出现之前,就有科学家已经
Sci Rep:利用单细胞RNA测序技术阐明机体多种类型味觉细胞的工作机制
2017年8月10日 讯 /生物谷BIOON/ --日前,一项刊登在国际杂志Scientific Reports上的研究报告中,来自美国滨州莫奈尔中心(Monell Center)的研究人员通过研究开发出了一种新技术能够鉴别出了任何味觉受体细胞的一整套基因,相关研究或能帮助研究人员阐明味觉感受器细胞发挥特殊功能的分子机制。图片来源:Monell Center研究者Sunil Sukumaran博士
利用单细胞甲基化组鉴定出新的神经元亚型
图片来自Salk Institute/Jamie Simon。2017年8月13日/生物谷BIOON/---在显微镜下,人们很难区分任何两个神经元之间的区别。神经元是储存和处理信息的脑细胞。因此,科学家们利用分子方法,试图鉴定出具有不同功能的神经元群体。如今,在一项新的研究中,来自美国沙克生物研究所和加州大学圣地亚哥分校的研究人员首次分析了单个神经元中的DNA分子发生的化学修饰,从而提供迄今为止最
如何让单细胞测序变得如此简单?
2017年7月20日 讯 /生物谷BIOON/ --单细胞生物学研究一直是当今的热门话题,而且最前沿的领域就是单细胞RNA测序了(scRNA-seq)。常规RNA测序方法一次性能够对成千上万个细胞进行加工测序,并给出平均差异,但并没有两个细胞是完全一样的,而新型的scRNA-seq方法就能够揭示出制造每一种特异性的微小改变,甚至这种技术还能够阐明完整的新的细胞类型。比如,当来自博德研究所的研究人员
Nat Methods:新型基因组工具CITE-seq或能实现单细胞大规模多维度分析
2017年8月3日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Methods上的研究报告中,来自纽约基因组研究中心(NYGC)的研究人员通过研究开发了一种新技术,或能帮助推动单细胞RNA测序的进程,单细胞RNA测序是基因组研究的重要领域,其能够帮助研究人员深入解读单细胞的特性,同时还能够帮助有效区分不同的细胞类型,以及在单细胞水平下研究多种人类疾病的发病机制。图片来源:N
Nature:科学家深度解析单细胞生物学的研究进展
2017年7月10日 讯 /生物谷BIOON/ --细胞学说是生物学研究的基石,细胞学说也就是将细胞作为生命基本单位的一种概念,但尽管在生物学家的显微镜下经历了将近180年的历史,科学家们对细胞的研究仍然具有一定的神秘色彩,如今研究者们正在尽力通过对单个细胞进行研究来阐明细胞的天性,比如到底有多少不同种类的细胞存在?其能发挥怎样的角色?这些细胞又是如何随着时间延续而不断发生改变的呢?图片来源:Mo
迎接单细胞生物学新时代
细胞学说是现代生物医学的根基,对细胞从形态到功能上的区分也是细胞学研究最重要的内容,经过 100 年的努力,我们似乎已经掌握了所有细胞类型的辨别,也给我们认识生理功能和病理变化带来了重要进步。但是我们现在已经了解到,同样的细胞类型,在发挥功能上存在非常巨大的亚群,其中免疫学领域的进展最为迅速。最近生物医学领域有少数实验室掌握了单细胞基因组分析技术,这给细胞分类带来了一场革命,因为我们会发现,每个细