Sci Transl Med:基因组测序技术或可用于控制院内感染
2012年9月2日 讯 /生物谷BIOON/ --当医院内某种疾病暴发的时候,追踪感染源并且控制其传播速度往往显得非常重要,在短期内对细菌全基因组进行测序的技术可以有效追踪细菌性疾病的暴发,传统的技术如遗传指纹,也就是常说的脉冲场凝胶电泳(PFGE)并不能够在疫情诊断的时候确定具体的菌株,而且这种技术相对比较粗糙。
昆明植物所利用第二代高通量测序仪首次解析麻竹花转录组
中国科学院昆明植物研究所郭振华研究组和李德铢研究组多年来致力于竹子的繁殖和开花机理研究。最近,利用高通量的Illumina GAII测序平台,研究人员对木本竹种麻竹(Dendrocalamus latiflorus)不同发育时期的花组织进行了转录组测序。测序共产生了约96,000,000个reads,经de novo从头组装后共得到了146,395个高质量的unigene,平均长度为461 bp。
Nature Communications:短花药野生稻基因组测序及分析
稻属是从事植物比较、进化和功能基因组学研究的理想系统。野生稻蕴含着宝贵的基因资源。为了更好地利用稻属的野生资源,美国亚利桑那大学的Rod Wing教授在2009年发起了国际稻属基因组计划(I-OMAP),旨在构建稻属所有物种的全基因组序列图谱,并在此基础上开展比较、进化和功能基因组学研究。
全基因组选择软件--GVCBLUP 2.1发布
2月21日,明尼苏达州大学杨达教授发布了GVCBLUP 2.1软件,该软件主要应用于基因组选择领域,能有效地利用全基因组的单核苷酸多态标记预测基因组育种值,并估计遗传变异的加性及显性效应。
Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因组进行测序
2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序,其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质,比如医院中发现的一些病原体,在深海或人胃肠道中存在的细菌。
PLoS Patho:全基因组水平揭示绿脓杆菌毒力相关的基因
近日,刊登在国际著名杂志PLoS Pathogens上的一篇研究报告“Genome-Wide Identification of Pseudomonas aeruginosa Virulence-Related Genes Using a Caenorhabditis elegans Infection Model”揭示了美国哈佛医学院研究者的最新研究结果,在报告中,研究者用秀丽线虫感染模型...
Nat Genet:疟原虫基因组测序揭示抵抗疟疾的挑战和机遇
两个跨国研究小组最近对疟原虫基因组进行测序而发现这种寄生虫存在遗传变异性,从而给人们根除这种寄生虫带来新的挑战,但是同时也提供一种更加清晰和更加详细的遗传组成图片,从而为开发抵抗疟疾的药物和疫苗提供一幅初始的路线图。 这两篇研究论文都发表在最新一期Nature Genetics期刊上。
Nature.Med:全基因组DSB作图新方法
近日,科学家提出一种利用全基因组技术进行DNA双链断裂(DSBs)作图新方法,这种作图法以单核苷酸为基本单位,称之为BLESS(direct in situ breaks labeling, enrichment on streptavidin and next-generation sequencing),相关研究论文于2013年3月20日在线发表在Nature Method杂志上。
Genom Med:全基因组测序技术或可鉴别前列腺癌是否转移或复发
2013年4月8日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际杂志Genome Medicine上的一篇研究报告中,来自格拉茨医科大学的研究者通过研究揭示,非侵袭性的液体活检可以鉴别出前列腺癌是否转移或者复发,这种检测方法成本较低,比较适用于大多数的医疗保健系统。从血浆DNA的分离来看,前列腺癌的基因组学特性表现为染色体特殊区域的异常拷贝。
PLoS ONE:转录组断层技术可对脑部疾病的基因表达进行三维成像
2013年1月12日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,来自日本一个研究小组开发出了一种新型技术,可以对大脑结构中的基因表达样式进行三维成像,这种技术俗称为转录组断层技术,其结合了组织切片的微阵列技术,可以都对脑部基因表达的密度和位置进行精确图谱成像,相比当前的绘图成像技术,这种新型技术具有较高的分辨率,相关研究成果发表于国际杂志PLoS ONE上。