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Nature Methods：肿瘤进化的空间图谱，CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化

CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异，还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹，绘制出肿瘤演化的“进化地图”。

2024-11-10

CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异（allele-specific CNAs）。

2024-11-23

利用CODEX技术，研究人员对401名HCC患者的肿瘤样本进行36种抗体染色，分辨率达0.377 μm/pixel，一共获得了4,347,731个细胞，定义了72个细胞表型以及40个细胞邻域关系。

2024-10-03

在该研究中，研究人员首次描述并通过基因干预揭示了一种之前未被认识的组织层次，即内部器官的刻板且性别二态的空间排列。

2024-06-06

该研究不仅阐明了空间几何约束微环境调控细菌-细胞界面粘附的力学生物学机制，也为抗生素辅剂的筛选和临床上改善细菌抗生素治疗方案提供了可借鉴的思路和策略。

2024-02-15

这项研究揭示了肿瘤抑制性免疫微环境的空间组织结构、驱动其形成的分子机制及其相应的生理功能。

2024-07-20

该研究首次展示了我国被子植物灭绝风险的空间聚集性和驱动因素的尺度依赖性，强调了生物多样性保护的复杂性和紧迫性，对于理解我国被子植物灭绝风险现状、预测生物多样性丧失趋势并制定针对性保护措施具有科学价值。

2024-08-02

本次研讨会不仅为参会者提供了一个高质量的产学研医深入交流和探讨的平台,更在推动单细胞与空间组学前沿及其在生命科学领域的转化应用等方面,起到了重要的促进作用。

2024-09-13

该研究提出了名为stKeep的新模型。该模型构建了三种不同节点即细胞/spot、基因和肿瘤区域以及八种连接关系的异构图模型，用于刻画肿瘤微环境。

2024-07-02

MAGIC-seq提出了“拼接芯片”的概念，即通过调整网格间距和多轮编码的方式将多个捕获网格拼接在一起，突破了传统微流控方法的通道限制，实现了高分辨率与大视野的兼顾。

2024-09-13