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Cell:开发出更好的方法从海量序列中寻找RNA病毒

在一项新的研究中,研究人员描述了一个可以专门扫描RNA病毒序列的计算管道。利用这一工作流程,他们梳理了来自世界各地不同环境样本的5000多个RNA序列数据集(宏转录组),使RNA病毒的多样性增加了五倍

2022-10-12

Nat Biotechnol:利用改进的CRISPR-Cas9基因编辑系统将较长的DNA序列高效引入细胞基因组中的精确位点

CRISPR-Cas9基因编辑系统的一种新变体使得它更容易为治疗应用而对大量细胞进行基因改造。

2022-08-30

Cell:在正常和疾病状态下,基因组中的重复序列重组在人类基因组中广泛存在

识别导致这种涉及曾经被认为是“垃圾”的DNA序列的无数重组的机制可能对理解我们的细胞如何发育以及什么会让它们变得不健康至关重要。

2022-07-29

Nature Communications:发现环形RNA中存在驱动翻译的短序列元件

该研究通过对随机序列的筛选,系统性鉴定出多个类IRES(内部核糖体进入位点)元件来驱动环形RNA的翻译,并进一步通过分析质谱数据,鉴定出近千个能翻译的内源性环形RNA

2022-07-06

Science:与神经系统疾病相关的突变增强低复杂性蛋白序列的自我结合

大多数蛋白折叠成稳定的、形态独特的三维形状。相比之下,真核细胞中10%到20%的蛋白质组并没有采用稳定的结构。

2022-07-15

Nature:颠覆半个世纪的观点,张建之团队发现即使不改变蛋白质序列的同义突变也通常有害

在自然界这个瞬息万变的环境中,非同义突变更可能在某一些环境中达到低于近中性区的适应度,从而被自然选择所淘汰。研究团队用计算机模拟并用四个不同环境中测得的突变体的适应度数据证实了上述可能。

2022-06-10

Molecular Ecology Resources:解析斑鳖的全基因组序列及其适应性进化基础

研究人员发现斑鳖与中华鳖(Pelodiscus sinensis)亲缘关系密切,然而在54.4百万年前开始分道扬镳。种群历史分析表明斑鳖的有效群体在历史上呈现出连续下降的趋势,这与其遗传杂合度和遗传多

2022-05-18

Science:首次发布完整的人类基因组序列

2022年4月4日讯/生物谷BIOON/---之前为全世界所称颂的人类基因组测序工作并不完整,因为当时的DNA测序技术无法读取人类基因组中的某些部分。即使在更新之后,它仍然缺少大约8%的人类基因组。在

2022-04-04

Science:揭示完整人类基因组中重复序列的转录和表观遗传状态

2022年4月4日讯/生物谷BIOON/---转座因子(transposable element)、重复序列扩张(repeat expansion)和重复序列介导的结构重排在染色体结构和物种进化中起着

2022-04-04

Nature:科学家构建基因表达调控DNA序列进化和适应度景观研究框架

 顺式作用元件是位于基因旁侧序列中能影响基因表达的非编码DNA序列。这些顺式作用元件的突变可能影响与基因转录因子相互作用,从而调控基因表达,进而改变生物表型和适应度景观。一个完整的适应度景观由一个适应度函数定义,该函数将序列空间中的每个序列映射到其相关的适应度。但调控DNA序列与适应度建立的映射关系很难可靠地推广到整个序列空间,因此构建完全的适应度

2022-03-24