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微生物基因测序的应用

一、传染病暴发的时代 致死性大肠杆菌传染病在欧洲暴发,至本报道发表前,已导致27人死亡,2800人染病。在拿到明斯特大学医院卫生研究所的研究人员分离的致病株后,Guenther所在的Life Technologie公司德国实验室利用Ion PGM仅用了3天时间就完成了该致病型大肠杆菌菌株的全基因组测序和序列的组装,为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。

2013-05-22

Nature:中科院领衔完成小麦A基因测序和草图绘制

《自然》(Nature)杂志3月24日在线发表了有关小麦A基因组测序的研究论文。该研究首次完成了小麦A基因组的测序和草图绘制,对未来深入和系统研究麦类植物结构与功能基因组学,以及进一步推动栽培小麦的遗传改良具有重要意义。这项研究由中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工程国家重点实验室小麦研究团队发起,通过与深圳华大基因研究院和美国加州大学戴维斯分校合作完成。

2013-03-25

Nature Genet:基因测序发现脑肿瘤亚型新的基因突变

2013年4月15日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,华盛顿大学儿科癌症基因组计划已经确定一个基因突变在一半以上的儿童脑肿瘤亚型低级别胶质瘤(LGGs)中存在。这项研究侧重于脑肿瘤被称为低级别胶质瘤(LGGs),这是一种生长缓慢的癌症,在美国,每年约有700名儿童患此类癌症。对于不能手术切除的肿瘤患者,由于这种病需长期进行治疗,并发症的存在使得疾病治疗前景依然黯淡。

2013-04-15

Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因进行测序

2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序,其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质,比如医院中发现的一些病原体,在深海或人胃肠道中存在的细菌。

2012-11-19

Nature Communications:短花药野生稻基因测序及分析

稻属是从事植物比较、进化和功能基因组学研究的理想系统。野生稻蕴含着宝贵的基因资源。为了更好地利用稻属的野生资源,美国亚利桑那大学的Rod Wing教授在2009年发起了国际稻属基因组计划(I-OMAP),旨在构建稻属所有物种的全基因组序列图谱,并在此基础上开展比较、进化和功能基因组学研究。

2013-03-18

基因选择软件--GVCBLUP 2.1发布

2月21日,明尼苏达州大学杨达教授发布了GVCBLUP 2.1软件,该软件主要应用于基因组选择领域,能有效地利用全基因组的单核苷酸多态标记预测基因组育种值,并估计遗传变异的加性及显性效应。

2013-05-31

PLoS Patho:基因水平揭示绿脓杆菌毒力相关的基因

近日,刊登在国际著名杂志PLoS Pathogens上的一篇研究报告“Genome-Wide Identification of Pseudomonas aeruginosa Virulence-Related Genes Using a Caenorhabditis elegans Infection Model”揭示了美国哈佛医学院研究者的最新研究结果,在报告中,研究者用秀丽线虫感染模型...

2012-11-18

Nat Genet:疟原虫基因测序揭示抵抗疟疾的挑战和机遇

两个跨国研究小组最近对疟原虫基因组进行测序而发现这种寄生虫存在遗传变异性,从而给人们根除这种寄生虫带来新的挑战,但是同时也提供一种更加清晰和更加详细的遗传组成图片,从而为开发抵抗疟疾的药物和疫苗提供一幅初始的路线图。 这两篇研究论文都发表在最新一期Nature Genetics期刊上。

2012-11-19

我科学家完成木本棉基因图谱

我国科学家成功绘制出高质量的木本棉基因组图谱,并对棉属进化机制及重要经济性状功能基因进行了分析。对四倍体棉种及其它多倍体物种的形成过程的揭示,为研究棉花纤维质量和抗病虫灾害等重要农艺性状奠定了遗传学基础。研究成果近日发表在《自然·遗传学》杂志上。

2014-05-29

Mol Psych:基因测序揭示精神分裂症发生的新位点

2013年3月11日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际杂志Molecular Psychiatry上的一篇研究报告中,来自丹麦阿尔胡斯大学的研究者通过研究揭示了,病毒和基因可以以某种方式相互作用,从而增加个体患精神分裂症的风险,研究者已经在发育中的胎儿中发现了这种现象。

2013-03-10