LincRNA-p21调控糖酵解的机制研究
这里我们报道一个长片段非编码RNA lincRNA-p21，它是一个被p53所转录调控的非编码RNA；我们发现它能响应低氧的刺激，并受Hif1α的转录调控。
肝干细胞分化调控的研究
尽管目前对于肝干细胞存在的空间位置还不明确，但对它的存在，以及其分化产生肝细胞和胆管上皮细胞，进而参与肝脏结构和功能动态平衡维持的基本生物学特性，则开始有了越来越多的研究。
为了认识肝干细胞分化调控的机制，我们采用单细胞RNA测序技术，对不同生理状态和不同分化状态的肝干细胞/肝前体细胞的表达特性进行了分析，发现了一些特别的现象。这一研究，为肝干细胞分化调控机制的研究提供了一个新的平台，也将有助于肝脏损伤修复和肝脏衰老相关疾病发生机制研究的深入。
转录因子和miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究
Transcription factors (TFs) are key regulators controlling the transcription of target genes by binding to specific DNA sequences on the promoter of target genes. Both the TFs and miRNAs are regulators of gene expression and they may mutual regulate each other to form feedback loops (FBL), or they regulate the same target gene to form a feed-forward loop (FFL). It has been reported that hundreds of potential miRNA-mediated feedback and feed-forward loops are available at the genome level. To predict the TF-miRNA co-regulatory FFL and FBL loops, we integrated multiple data of TF targets and miRNA targets including both experimentally validated and predicted. Thus, we developed a strategy to predict the TF-miRNA co-regulatory FFL and FBL loops. We used these methods to study the TF-miRNA co-regulation in specific diseases including schizophrenia and T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL). We identified and verified some key miRNA and genes in these diseases. In the T-ALL, we obtained 120 FFLs among T-ALL related genes, miRNAs and TFs. Afterwards, a T-ALL miRNA and TF co-regulatory network was constructed and its significance was tested by statistical methods. Four miRNAs in the miR-17~92 cluster and 4 important genes (CYLD, HOXA9, BCL2L11, and RUNX1) were found as hubs in the network. Particularly, we found that miR-19 was highly expressed in T-ALL patients and cell lines. Ectopic expression of miR-19 repress CYLD expression, while miR-19 inhibitor treatment induce CYLD protein expression and decreases NF-κB expression in the downstream signaling pathway. Thus, miR-19, CYLD and NF-κB form a regulatory feed-forward loop, which provides new clues for sustained activation of NF-κB in T-ALL. Some single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNA genes or target sites (miRNA-related SNPs) have been proved to be associated with human diseases by affecting the miRNA mediated regulatory function. To systematically analyze miRNA-related SNPs and their effects, we performed a genome-wide scan for SNPs in human pre-miRNAs, miRNA flanking regions, target sites and designed a pipeline to predict the effects of them on miRNA-target interaction. As a result, we identified 48 SNPs in human miRNA seed regions and thousands of SNPs in 3'- untranslated regions with the potential to either disturb or create miRNA-target interactions. Furthermore, we experimentally confirmed 7 loss-of-function SNPs and 1 gain-of-function SNP by luciferase assay. All useful data were complied into miRNASNP, a user-friendly free online database (http://www.bioguo.org/miRNASNP/). These data will be a useful resource for studying miRNA function, identifying disease-associated miRNAs, and further personalized medicine.
转录因子和miRNA在复杂疾病中的共调控网络研究
Transcription factors (TFs) are key regulators controlling the transcription of target genes by binding to specific DNA sequences on the promoter of target genes. Both the TFs and miRNAs are regulators of gene expression and they may mutual regulate each other to form feedback loops (FBL), or they regulate the same target gene to form a feed-forward loop (FFL). It has been reported that hundreds of potential miRNA-mediated feedback and feed-forward loops are available at the genome level.
邓宏魁：从iPS细胞技术看细胞分化调控
干细胞前沿领域的大量新成果正在为我们理解诸如体细胞重编程的细胞分化调控机制提供越来越多的线索。邓宏魁教授将介绍他如何将自己和同行的iPS细胞研究所提示的线索导入细胞分化调控的教学。
吴缅：p53及其家族蛋白调控肿瘤细胞糖代谢
p53是迄今为止细胞中最为重要的肿瘤抑制因子之一，人类50%以上的肿瘤细胞中都发现有它的缺失或突变。近年来发现：p53在细胞代谢，尤其在葡萄糖代谢中也起着重要作用。
p73，作为p53家族蛋白成员之一，虽然在分子结构上与p53相似，但在功能上不尽相同。p73在人类的肿瘤细胞中，很少发生缺失或突变（小于0.2%）；相反，它常常呈现为高量表达。所以，长期困惑科学界的一个问题是：p73在肿瘤细胞中的高表达是否是有利于肿瘤细胞的生长？我们通过实验证明，p53可以与磷酸戊糖途径上第一步反应的关键酶“葡萄糖-6-磷酸脱氢酶”相结合，并且抑制它的活性。
在p53发生突变或缺失的肿瘤细胞中，由于p53的突变使它失去了与G6PD结合的能力和对该酶的抑制；我们还发现p73能转录调控G6PD，以此增强该酶的活性。
P53和p73通过这样的调控方式激活PPP旁路，产生大量NAPDH，（脂肪合成所需）及戊糖（核苷酸的组份），用以满足肿瘤细胞快速及无限的生长和清除对细胞有伤害的活性氧簇（ROS）。这就部分解释了德国著名科学家奥托•瓦博格19世纪20年代末提出的“瓦博格效应”的疑问，即为什么肿瘤细胞大量消耗葡萄糖却不能高效产能。
韩晓：miR-24对胰岛β细胞功能的调控
韩晓：南京医科大学教授，博士生导师，博士研究生毕业于德国维尔茨堡大学病毒与免疫学专业。主持或参与科技部973项目课题3项、“重大新药创制”科技重大专项1项、国家自然科学基金重点项目1项、面上项目3项；在SCI收录期刊杂志上发表文章近70篇，代表性论文发表在 PNAS、Diabetes、Diabetologia、Endocrinology等专业杂志上。
发现在分离的原代高脂喂养的小鼠胰岛、db/db小鼠胰岛以及脂肪酸刺激的人原代胰岛和小鼠胰岛β细胞系Min6细胞中，用定量PCR的方法检测到miR-24表达量显著增加；同时，胰岛β细胞合成以及分泌胰岛素的功能明显降低，表明miR-24的升高损伤了胰岛β细胞的功能。
进一步的机制研究发现，miR-24 是通过与Hnf1a, Hnf1β, PDX-1和Neurod1等重要的胰岛β细胞特异性转录因子的mRNA的3’UTR区直接结合，从而下调这些基因的表达，影响胰岛β细胞功能。
此外，还发现miR-24可以通过相同方式调控胰岛β细胞内周期相关蛋白Cdk4, Cyclind3和p27的表达，从而抑制其增殖。如果用反义序列干扰掉miR-24，就能逆转高脂饮食喂养小鼠胰岛β细胞的功能障碍。
赵世民：代谢物对信号通路的调控
赵世民：复旦大学生命科学学院教授, 教育部***奖励计划特聘教授，国家重大科学研究计划（蛋白质）首席科学家，美国NSF基金评审专家。
糖尿病、肿瘤等复杂疾病都是代谢性疾病，干预策略众多但效果不尽如人意。我们及同行近年来的研究发现，代谢物具有信号调控功能，通过调控代谢物的浓度可以改变信号通路，实现对代谢性疾病的干预。
代谢物通过多种方式调控信号通路，包括非共价结合和共价翻译后修饰。其中以代谢物为底物的蛋白质翻译后修饰是近年来新兴的研究领域，进展神速。我们发现，代谢物可以通过酶促反应或自发修饰完成对蛋白质的修饰。
受到叶酸代谢调控的同型半胱氨酸修饰和受到代谢物累积调控的琥珀酰化修饰能够带来细胞代谢或表观遗传的重编程，改变信号通路网络而导致细胞功能改变，表明代谢物的自发修饰与环境密切联系。
此外，代谢酶的乙酰化修饰通过改变代谢物的协同利用来提供细胞生长分裂所需的大分子合成构件以及激活生长所需信号通路。我们认为，代谢物对信号通路的调控作用是细胞代谢与生长对话的重要桥梁。
贾立军：Neddylation蛋白修饰-CRL 泛素连接酶通路调控肿瘤细胞自噬应答的机制与潜在应用
贾立军博士，复旦大学附属肿瘤医院肿瘤研究所研究员和博士生导师。目前主要从事“针对蛋白质翻译后修饰通路进行抗肿瘤分子靶点发现”等研究工作。
相关研究在 J Natl Cancer Inst（JNCI）、Cancer Research、Clinical Cancer Research、Autophagy、Cell Death & Differentiation、Cell Death & Disease、Int J Cancer和J Biol Chem等学术期刊发表文章40篇、获邀参编英文专著4部。主持国家自然科学基金（81372196，31071204，30500637，81172092）、国家重大科学研究计划（2012CB910302，课题负责）、上海市卫生局A类重点项目 (2010012)、上海市“浦江人才 ”资助计划（12PJ1400600）和上海高校特聘教授（东方学者）资助计划等科研项目。
学术兼职包括：国家自然科学基金委员会医学科学领域学科评审组专家、中华医学科技奖评审委员会委员、上海市免疫学会肿瘤免疫专业委员会委员、高等学校自然科学奖和技术发明奖评审专家和十余种学术期刊审稿专家。荣获上海高校特聘教授（东方学者）和上海市浦江人才等荣誉称号。