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PLoS Comput Biol: 遗传条码揭示新冠病毒进化路线

来源:本站原创 2020-10-03 22:40

2020年10月4日讯/生物谷BIOON/---在最近一项研究中,Drexel大学的研究人员报告了一种方法,可以快速识别和标记COVID-19的病毒的突变情况。他们使用从冠状病毒测试收集的全球遗传信息数据库中的信息进行的分析表明,在美国至少有8至14种不同的病毒突变株,其中一些与之前相同,而其它的则来自于欧洲。

该遗传分析工具最初是作为一种分析遗传样本以获取细菌混合物快照的方法而开发的,它可以从大量的遗传信息中找出模式,并可以识别病毒是否已遗传改变。然后,他们可以使用这种模式通过称为信息性亚型标记(ISM)的标签对遗传差异小的病毒进行分类。

该研究最近发表在《PLoS Computational Biology》杂志上,使用相同的方法处理病毒遗传数据可以快速检测和分类SARS-CoV-2中的细微遗传变异。该工具是由Drexel大学研究员Zhengzhen Zhao设计的,并在GitHub上公开提供。

(图片来源:Www.pixabay.com)

Drexel工程学院教授Gail Rosen博士说:“我们在测试中看到的来自亚洲与欧洲的SARS-CoV-2病毒的类型与在美国发现的类型不同。 “识别变异使我们能够看到病毒在不同人群之间传播的方式。它还可以向我们展示通过社会隔离成功隔离COVID-19的领域。”

这一名为ISM的工具特别有用,因为它不需要分析病毒的完整基因序列即可识别其突变。对于SARS-CoV-2,这意味着将病毒的30,000个碱基长的遗传密码减少为20个碱基长的标签。

ISM工具还确定了病毒遗传序列中的某些位置,这些位置随着病毒的传播而一起改变。研究人员发现,从4月初到夏季末,SARS-CoV-2序列中的三个位置同时发生突变。这些位置在遗传序列的不同部位。一部分被认为与细胞信号传导和复制有关。另一部分与刺突蛋白的形成有关。

研究人员说,尽管需要更多有关这些同时突变如何影响病毒传播和严重程度的研究,但可以使用一起改变的位点将亚型标签整合为11个碱基,这可以使下游分析更加有效。

除了帮助科学家了解病毒如何变化和传播外,这种方法还可以揭示其遗传密码中似乎仍然对突变具有抗性的部分,这一发现有助于开发抗击病毒的疗法。(生物谷 Bioon.com)

资讯出处:Genetic tracing 'barcode' is rapidly revealing COVID-19's journey and evolution

原始出处:Zhengqiao Zhao et al, Genetic grouping of SARS-CoV-2 coronavirus sequences using informative subtype markers for pandemic spread visualization, PLOS Computational Biology (2020). DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008269

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