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纳米测序准确鉴定混合谱系(MLL)白血病复杂易位,识别差异性甲基化规律

 急性白血病是一种骨髓癌症,特征是骨髓中由超过20%的白血病母细胞,治疗目标是达到完全缓解,有功能正常的骨髓,母细胞少于5%,而每位患者对治疗都会有不同的响应,并有可能存在具有临床显着性的微小残留病变(MRD),我们需要了解这些微小残留病变,因为它可能会导致复发,MRD监测是急性白血病和其它癌症中的一个快速新兴的领域。Tracy专注于混合谱系白血病

2020-11-19

纳米PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装

 Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法,由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)和陈-扎克伯格倡议计划(CZI)联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold(图1),使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序,研究成果发表在《N

2020-11-19

武大团队开发纳米靶向测序,最快10分钟“捕获”新冠病毒

 自新型冠状病毒性肺炎COVID-19疫情爆发以来,截至3月1日,全球累计确诊超8万人,死亡近三千例,但仍存在许多临床疑似病例无法确诊。武汉大学联合团队创新性开发了纳米孔靶向测序检测方法,能大幅提升病毒阳性检出率,并能实现当天同时检测新冠和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。 既往新冠病毒诊断依赖于qPCR核酸检测,但是该方法显示出较

2020-11-12

美国利用纳米测序技术,实现对非洲猪瘟病毒基因组的实时检测

 非洲猪瘟病毒(ASFV)是非洲猪瘟病毒科家族的唯一成员,是一种大型(200nM)复杂的囊膜双链DNA病毒。ASFV可感染家猪和野猪,扩散快,致死率高(可达100%),对猪业造成严重的经济后果。近期,美国农业部下属的研究机构在Journal of Clinical Microbiology杂志上发表了针对非洲猪瘟病毒的首个结合样品富集、纳米孔Min

2020-11-13

香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队:纳米全基因组测序分析发现全球首例COVID-19康复患者二次感染

 8月,香港大学Kelvin Kai-Wang To 博士团队利用纳米孔手持便携式测序仪MinION进行全基因组测序,结合ARTIC和Medaka工作流程分析,发现全球首例COVID-19康复者二次感染病例,基因组学分析显示两次感染病毒不同。对两次感染的病毒基因组学进行分析发现首次感染的病毒基因组属于GISAID V分支、Nextstain19A分

2020-11-17

香港理工大学副教授Gilman Kit Hang Siu 研究团队:纳米测序分析香港第三波疫情或由外地输入

 7月初起,中国香港特区出现第三波新冠病毒大规模传播。7月底,香港文汇报、轻新闻、icable TV、now TV等多家媒体报道:香港理工大学副教授Gilman Kit Hang Siu(萧杰恒)研究团队基于纳米孔测序技术,对26名病人病毒样本进行SARS-CoV-2溯源研究,发现确诊感染者体内的病毒株属同类(“G型病毒株”的变种“GR型病毒株”)

2020-11-17

罗氏收购纳米测序技术开发商Stratos Genomics!

2020年05月23日讯 /生物谷BIOON/ --罗氏(Roche)近日宣布,已收购纳米孔测序开发商Stratos Genomics以进一步开发用于诊断服务的DNA测序。此次收购金额未披露的。通过对个体DNA测序产生的基因组学见解在未来的个性化医疗和临床诊断中将发挥关键作用。罗氏致力于开发一种纳米孔测序仪,旨在为医学界和最终的患者提供更快、更准确的医疗信息

2020-05-23

Nat Biotechnol:将CRISPR/Cas9与纳米测序相结合实现靶向测序

2020年3月8日讯/生物谷BIOON/---为了寻找对人类基因组进行测序并读取DNA关键变化的新方法,来自美国约翰霍普金斯大学医学院的研究人员在一项新的研究中成功地使用了基因切割工具CRISPR在较长的肿瘤基因周围进行了DNA切割,以用于收集序列信息。他们在来自人类乳腺癌细胞和组织的基因组中进行概念验证实验。相关研究结果近期发表在Nature Biotec

2020-03-08

国内首个菊花脑基因组测序-纳米测序再发高分论文

  菊属植物种类繁多,又含多种栽培种,兼具观赏和药用价值,且染色体组结构从2n=18到8n=72之间,十分复杂,多年来难以攻破。中药所所长陈士林研究员、副研究员宋驰博士等利用ONT平台解析了可能代表栽培菊属祖先基因组的二倍体菊花脑基因组,分析表明其演化受重复序列爆发和近期WGD事件的驱动,该基因组复制事件在约38.8个百万年前将菊属和向日葵分化开来;菊花脑观赏及药用性状的变异与

2019-07-19

纳米测序实现对人体肠道微生物组中抗性决定因子和移动元件的高分辨率分析

 微生物组学的研究——即给定样本中所有微生物的遗传物质的研究最近引起了相当大的关注,而这主要是因为人们认识到我们身体和环境的微生物的组成会对我们的健康产生深层影响。肠道微生物是人体代谢的重要参与者,拥有丰富的微生物群落,数万亿的细菌同时存在,并通过饮食和偶尔的抗生素选择,创造了一个抗生素抗性基因很容易在细菌物种之间转移的动态环境。随着多重耐药性生物体的普遍存在,其中许多生物体在质粒上携带

2019-07-18