纳米孔测序准确鉴定混合谱系（MLL）白血病复杂易位，识别差异性甲基化规律

急性白血病是一种骨髓癌症，特征是骨髓中由超过20%的白血病母细胞，治疗目标是达到完全缓解，有功能正常的骨髓，母细胞少于5%，而每位患者对治疗都会有不同的响应，并有可能存在具有临床显着性的微小残留病变（MRD），我们需要了解这些微小残留病变，因为它可能会导致复发，MRD监测是急性白血病和其它癌症中的一个快速新兴的领域。

Tracy专注于混合谱系白血病（MLL）因 11q23 处染色体易位形成 MLL 融合蛋白而得名——是一类恶性程度高、预后差的一类临床上难以治愈的急性白血病，具有化疗效果差、易复发、预后生存期短等特点，且占有婴儿白血病的70-80%，小儿急性淋巴细胞白血病的5%，小儿急性髓细胞白血病的20%及承认白血病的5-10%。MLL的诊断充满挑战，现已知有135种不同的AML重排，涉及94个不同的伙伴基因，并且它们有时会是隐性的，无法依靠细胞遗传学分析进行识别。

Tracy的研究目标是开发出一种精确的方法，来监测MLL患者的微小残留病变。这涉及到找出含有MLL易位的急性白血病组织样本库样本，随后对这些样本（n≈35-40）进行纳米孔测序，以识别变异和甲基化状态，并创建患者特异性引物，用于微滴数字PCR，以对残留病变进行监测。

研究方法与结论

她的团队使用PromethION对基因组DNA进行测序。分析包括比对（Minimap2）、结构变异识别（Sniffles）和甲基化分析（Nanopolish和DSS）。Tracy详细讲解了如何对目前的12份样本进行的测序以达到33X的覆盖度。

Tracy通过设计特异性引物，靶向该区域在患者的诊断样本和复发样本中进行结构变异识别；通过Sniffles软件进行识别，并使用Racon工具进行运算和矫正。这个分析流程叫做“断裂点组装”（BreakPointAssembly）（GitHub： adcosta17/BreakPointAssembly）。

最后，Tracy使用纳米孔测序进行MLL的甲基化识别，已知急性髓细胞白血病有独特的甲基化亚型，并且MLL也有自己的独特甲基化规律。她及团队想了解，如果有不同的伙伴基因，是不是甲基化信号也会有不同。初步研究显示MLL样本的纳米孔甲基化测序识别到了独特的甲基化规律，包括低甲基化和超甲基化。他们还在调查其显着性。他们还展示了纳米孔甲基化数据与MLL TCGA（癌症基因组图谱）的甲基化阵列数据有很好的簇集。(生物谷Bioon.com）

【直播预告】纳米孔测序在人类遗传学和罕见病研究中的应用
【日期】2020/11/19 15:00
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