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Nat Commun:桑树基因组测序完成

数千年来,家蚕只以桑叶作为唯一的食物。为了探索二者之间的联系,日前,《自然—通讯》杂志在线发表了西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室完成的桑树全基因组测序成果。 据了解,桑树基因组测序由中国工程院院士向仲怀、西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室牵头,集合了浙江省农业科学院、广东省农业科学院、中国林业科学研究院等单位,历时3年完成。

2013-10-16

Nature:基因组测序诠释裸鼹鼠生物学特性

由韩国梨花女子大学和华大基因共同主导完成的裸鼹鼠基因组研究成果,10月13日在国际顶尖杂志《自然》(Nature)上在线发表。 中韩研究人员发现,TERT等衰老调控基因的稳定表达,可能与裸鼹鼠的长寿相关;p16Ink4a与p19Arf的独特调控机制可能是裸鼹鼠抗癌的重要因素;HIF1a和VHL的特异突变可能是裸鼹鼠具有低氧耐受性的原因之一。

2012-11-19

个人全基因组测序有无必要?

“每个人都将拥有自己的基因组序列,并可将其装在U盘中。”——生物医学家描绘了这样一幅美妙的蓝图。通过个人全基因组测序,人们将知道自身面临的疾病风险,从而帮助预防或治疗这些疾病。然而一项最新研究却给这种“全基因组测序对每个人都很有用”的说法提出了质疑。

2012-04-19

Comms:梅花基因组测序

对于梅花(Prunus mume),中国人寄托了太多的情感,这一早在三千多年前就已经被驯化的植物光是诗词绝句,就可以上万来计算,更别说“梅须逊雪三分白,雪却输梅一段香”这样的名家名句了。12月27日Nature Communications杂志公布了由北京林业大学,深圳华大基因等处完成的梅花基因组测序成果,这是蔷薇科梅花亚科中首个完成的基因组序列。

2013-01-02

Cell:通过基因组测序预测膜蛋白的三维结构

膜蛋白的存在使细胞与胞外环境或细胞与细胞之间的“交流”得以实现。超过25%的人类蛋白拥有完整的膜结构域,这些蛋白中许多在医学上非常重要,因为几乎一半的药物靶点都包含一个膜结构域。通过膜蛋白的三维结构可以描述它的分子机制和加速以它为靶点的药物分子的研发。 尽管解析蛋白结构的方法有了很大进步,但大部分膜蛋白的三维结构还是未知的。有效而精确的预测膜蛋白三维结构的计算方法将是现存实验方法的重要补充。

2012-11-18

Genom Med:全基因组测序技术或可鉴别前列腺癌是否转移或复发

2013年4月8日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,刊登在国际杂志Genome Medicine上的一篇研究报告中,来自格拉茨医科大学的研究者通过研究揭示,非侵袭性的液体活检可以鉴别出前列腺癌是否转移或者复发,这种检测方法成本较低,比较适用于大多数的医疗保健系统。从血浆DNA的分离来看,前列腺癌的基因组学特性表现为染色体特殊区域的异常拷贝。

2013-04-08

Nat Biotechnol && J Comput Biol:开发出新算法对单细胞基因组进行测序

2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序,其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质,比如医院中发现的一些病原体,在深海或人胃肠道中存在的细菌。

2012-11-19

Nature:科学家在西红柿基因组测序上获得关键性突破

诺丁汉大学生物科学院的Graham Seymour教授在西红柿基因组测序上取得了重大成果。他是来自14个国家,超过300名对改良西红柿Solanum lycopersicum和它的野生祖先Solanum pimpinellifolium进行测序的科学家之一。 由西红柿基因组联盟(TGC)取得的这项成绩将帮助西红柿培育者辨认重要基因,以使他们高效快速地培育新品种。

2012-11-18

微生物基因组测序的应用

一、传染病暴发的时代 致死性大肠杆菌传染病在欧洲暴发,至本报道发表前,已导致27人死亡,2800人染病。在拿到明斯特大学医院卫生研究所的研究人员分离的致病株后,Guenther所在的Life Technologie公司德国实验室利用Ion PGM仅用了3天时间就完成了该致病型大肠杆菌菌株的全基因组测序和序列的组装,为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。

2013-05-22

Nature Genet:全基因组测序发现脑肿瘤亚型新的基因突变

2013年4月15日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,华盛顿大学儿科癌症基因组计划已经确定一个基因突变在一半以上的儿童脑肿瘤亚型低级别胶质瘤(LGGs)中存在。这项研究侧重于脑肿瘤被称为低级别胶质瘤(LGGs),这是一种生长缓慢的癌症,在美国,每年约有700名儿童患此类癌症。对于不能手术切除的肿瘤患者,由于这种病需长期进行治疗,并发症的存在使得疾病治疗前景依然黯淡。

2013-04-15