亚马逊参与新开发计算工具，助力COVID19研究
目前与冠状病毒感染相关的科学论文有1万多篇，最近几周来，防治COVID-19的研究正在加速，已经有4000多篇新的学术论文发表，涉及潜在的疫苗、疗法等多方面。要想快速推进这方面的研究，依靠人工处理这么大的信息量是低效的。对此，IRB巴塞罗那的结构生物信息学和网络生物学实验室在ICREA研究员Patrick Aloy的带领下，与亚马逊公司联合开发了一种计算工具
COVID-19传播的计算机模型如何帮助我们对抗病毒
2020年3月11日讯 /生物谷BIOON /——利用数学和计算机模拟传染病传播过程的科学家正在研究这种新型冠状病毒，试图预测这种全球疫情可能如何演变，以及如何最好地应对。但有些人说，利用这些建模工具和研究人员的发现，还可以做更多的工作。"这是一种临时的、自愿的努力，我认为这是我们可以改进的地方，"约翰霍普金斯卫生安全中心的传染病建模师Caitlin Rive
联合全世界闲置计算机来研究新冠病毒，斯坦福推出新项目
全世界闲置的计算机联合起来！日前，由斯坦福大学潘德实验室（Pande Lab）主持的Folding@home分布式计算项目，正式向全世界发出邀请，寻找志愿者利用家里闲置的计算机，帮助研究人员开发新型冠状病毒的治疗方法。Folding@home（简称FAH）成立于2000年10月1日，是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算
基于开关电路的DNA计算研究取得进展
近日，中国科学院上海高等研究院光源科学中心物理生物学研究室、中国科学院上海应用物理研究所和上海交通大学合作开发了一种基于DNA链置换反应的开关电路来实现数字运算。与常用的逻辑门电路相比，开关电路结构精简，可以用最少的DNA序列实现高信噪比和快速计算的分子电路。他们展示了迄今为止最为快速的4位平方根运算。相关论文以Implementing digi
EbioMedicine：科学家开发出新型计算模型 有望向癌症个体化疗法迈进一步
2019年12月8日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志EbioMedicine上的研究报告中，来自赫尔辛基大学等机构的科学家们通过研究开发了一种新型计算模型—结合重要性评分(CES，Combined Essentiality Scoring)模型，其能准确识别出癌细胞中必要的基因，从而帮助开发新型抗癌药物。图片来源：University
Nat Methods：计算神经网络驱动下一代“蛋白质预测技术”的诞生
2019年10月23日 讯 /生物谷BIOON/ --一直以来，合成生物学家一直试图通过改变自然界中存在的蛋白质，甚至是从头合成蛋白质，将其进化的途径掌握在自己手中。通过人工构建不同类型的蛋白，可以设计药物，感测生物信号，以及生产高价值化学品，等等。为了设计蛋白质，科学家们使用了两种截然不同的方法。其一，在“定向进化”中，通过随机改变编码天然蛋白质的氨基酸残基的一级序列，并筛选具有所需活性的变体。
JCIM：计算提升蛋白质-蛋白质相互作用的预测精度
蛋白质-蛋白质相互作用和识别在生物学过程中有着非常重要的作用。尽管结构生物学已经取得了较大的进展，但直接采用实验方法确定蛋白质-蛋白质复合物结构仍然非常困难。分子对接技术是预测蛋白质-蛋白质复合物结构的有效方法。蛋白质-小分子之间的相互作用一般蛋白质受体有结合口袋，相互作用区域比较明确，而蛋白质-蛋白质相互作用则有可能发生在两个蛋白质表面上任何区域。因此，蛋白质-蛋白质相互作用的预测，需要对蛋白质