Nature Methods：肿瘤进化的空间图谱：CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异（allele-specific CNAs）。
2024-11-27
Nature Methods：肿瘤进化的空间图谱，CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异，还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹，绘制出肿瘤演化的“进化地图”。
2024-11-10
Nat Biotechnol | 揭开肿瘤亚克隆演化之谜：31种算法在模拟肿瘤中的表现评估
为了更好地理解肿瘤的演化过程，研究人员开发了许多基于高通量测序技术的亚克隆重建算法。这些算法利用肿瘤DNA测序数据中的突变特征来推断肿瘤亚克隆的组成和演化历史。
2024-06-13
Nat Methods：瞿昆/黎斌/陈发来合作系统性评估单细胞多组学分析算法
结果显示，在蛋白质丰度预测方面，totalVI 和 scArches 表现最为优异；在染色质可及性预测中，LS_Lab 算法排名领先。
2024-10-02
科研人员开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法
STASCAN提供了用于整合空间基因表达信息和组织学图像进行精细分辨率细胞注释的工具，在解码细胞空间精细分布和解析特异组织结构方面具有优势。
2024-11-10
Nature子刊：张翼/王行环团队开发精确测定单细胞年龄的时钟算法
该研究在ClockDML上发现了与有丝分裂相关的，细胞年龄依赖的染色体可及性，是一种良好的细胞年龄标记物，开发了用该标记物来追踪单细胞年龄的计算方法EpiTrace。
2024-05-13
Nature子刊：诸颖团队开发空间转录组语义注释新算法Pianno
在这项研究中，研究团队展示了Pianno在注释各种形状的解剖结构以及病灶和细胞类型方面的卓越性能，这些数据来自不同的空间技术平台。
2024-04-10
Nat Biotechnol：科学家通过利用新型算法分析肿瘤的遗传组成 有望准确测定癌症的进化机制
文章中，研究人员详细了一种新型在线资源，其或能帮助科学家们选择最佳的算法进行肿瘤进化的分析，同时还能增强对肿瘤的诊断准确性和疗法计划。
2024-06-21