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科研人员开发基于深度学习模型的空间转录组精细分辨率细胞注释算法

STASCAN提供了用于整合空间基因表达信息和组织学图像进行精细分辨率细胞注释的工具,在解码细胞空间精细分布和解析特异组织结构方面具有优势。

2024-11-10

Nat Biotechnol:科学家利用长读RNA测序技术识别出了阿尔兹海默病中的关键基因表达特征

文章中,研究人员利用了一种称之为长度测序(long-read sequencing)的尖端技术进行研究,这些技术能将对DNA和RNA的分析推向一个新的水平。

2024-06-14

Nature Genetics:清华大学刘念团队发现转座子LINE-1转录选择性激活远程基因表达

该研究提供了功能多样的LINE-1表达调控因子,发现并验证了LINE-1 5' UTR作为增强子在早期胚胎发育阶段通过转录依赖的方式直接与ZGA基因相互作用激活基因表达。

2024-06-11

Nat Commun:通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统

METI是一种机器学习方法,它通过整合空间基因表达数据和病理学组织学特征,系统性地分析肿瘤生态系统。

2024-09-04

Nat Aging:清除表达p21的衰老细胞促进皮肤伤口愈合

本研究描述了如何区分加速伤口愈合的衰老细胞和阻碍伤口愈合的衰老细胞。他们的报告显示了详细的证据,表明并非所有衰老细胞的作用都是一样的。

2024-12-17

Nature Communications: 非小细胞肺癌的单细胞和空间转录组学分析

本研究综合数据集可以识别肺肿瘤微环境中巨噬细胞(Mɸ)群体的多种分子变化,这将有助于为制定治疗非小细胞肺癌的策略铺平道路。

2024-06-20

大脑中的“园丁”与“杂草”Nature:利用空间转录组时钟揭示大脑衰老过程中的细胞邻近效应

这项研究表明,细胞之间的互动——而不仅仅是单个细胞的特性,在塑造衰老过程中起着关键作用。

2024-12-27

Cell:樊荣团队开发全球首个临床级福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本的空间全转录组测序技术

在约2300种已知的人类成熟microRNA中,Patho-DBiT在MALT切片中检测到了1352种microRNA,其映射序列的长度峰值为21个核苷酸,与此类小RNA的已知长度完全一致。

2024-10-04

Nat Methods | 田鲁亦/刘晓东团队系统性评估11种空间组学技术

通过评估,不同技术方案各有优劣,并且一些国产的技术平台的指标已经达到领先,凸显了中国在这一新兴领域的快速发展趋势。

2024-07-16

Nature Nanotechnology:类器官中形态发生素的空间-时间控制:纳米DNA微珠开启精准生物工程新时代

该研究展示了DNA微珠技术在类器官中的广泛应用潜力,为类器官内复杂信号通路的研究提供了新的可能性。

2024-09-11