科学家绘制造血干细胞扩增组织的3D转录组图谱

 血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定细胞群体或关键因子的“线性化”或“平面化”解析，缺乏全面“立体化”的分析。从系统生物学角度解析

Nature：首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析

2019年5月13日讯/生物谷BIOON/---在美国，阿尔茨海默病影响了500多万人。在一项新的研究中，来自美国麻省理工学院的研究人员首次对阿尔茨海默病患者的单个脑细胞中表达的基因进行了综合分析。所获得的分析结果允许他们鉴定出在神经元和其他类型的脑细胞中受到影响的独特细胞通路。这一分析可能为阿尔茨海默病提供许多潜在的新型药物靶点。相关研究结果于2019年5月1日在线发表在Nature期刊上，论文

清华李梢组在Cell子刊首次解析胃炎癌转化单细胞网络，发现胃癌极早期标志物

Nat Methods：开发出一种新的基因组学工具ECCITE-seq，可扩展多模式单细胞分析

2019年5月10日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自美国纽约基因组中心的研究人员开发出一种称为ECCITE-seq的新技术，它允许科学家们对来自单细胞的多种信息模式进行高通量测量。相关研究结果发表在2019年5月的Nature Methods期刊上，论文标题为“Multiplexed detection of proteins, transcriptomes, clonotype

Cell：利用uliCUT&RUN方法在单细胞和单个胚胎中构建染色质上的蛋白结合图谱

2019年4月24日讯/生物谷BIOON/---在一项新的突破性研究中，来自美国匹兹堡大学和马萨诸塞大学医学院的研究人员对一种称为CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease）的方法进行改进，使得在使用少量细胞（包括单细胞和单个植入前胚胎）的情形下，它适合用来研究转录因子和其他的DNA结合蛋白在染色质上的占据情况。相关研

Nat Commun：揭秘转录因子“勘察”细胞基因组的分子机制

2019年2月12日 讯 /生物谷BIOON/ --转录因子（TFs）是一种能调节基因表达的特殊蛋白，其能在完整的基因组中搜索并结合特殊区域来调节基因的表达；我们都知道，转录因子不仅能结合特殊的DNA序列，还能非特异性结合任何DNA链。这些非特异性的关联就能够明显增加转录因子寻找特殊靶点的能力，然而目前研究人员并不清楚在扫描大量基因组、定位以及结合特殊位点时，人类机体中超过1500种转录因子的的效

Nature：利用单细胞谱系图谱追踪细胞直接重编程

2018年12月13日/生物谷BIOON/---直接细胞谱系重编程涉及细胞身份转换，比如Fábio F. Rosa等人近期发现让小鼠成纤维细胞表达三种转录因子PU.1、IRF8和BATF3就可直接将它们重编程为呈递抗原的树突细胞，此外，让人类成纤维细胞表达这三种转录因子也可实现这一点（Science Immunology, 07 Dec 2018, doi:10.1126/sciimmunol.a

Science：著名华人学者庄小威再发力作，构建出下丘脑视前区的细胞空间图谱

2018年11月6日/生物谷BIOON/---科学家们早就意识到为了研究大脑，就必须了解组成大脑的细胞。如果获取一块大脑组织，研究组织中细胞表达的基因，这可发现大脑组织中存在多少种细胞类型，但是这仍然会留下一大大问题：为了研究这些细胞表达的基因，需要将它们从大脑组织中脱离下来，然而，这会丢失宝贵的信息---它们是如何在组织中组装在一起的。因此，如果人们想要真正地理解大脑，就需要了解大脑中的细胞所在

利用sci-CAR方法同时分析上千个细胞中的转录组和染色质可接近性

2018年9月6日/生物谷BIOON/---不同细胞类型的基因组可能是相同的，但是它们的表观基因组和转录组不是相同的。表观基因组由一组影响每个细胞的基因组发挥何种功能的标记组成，而转录组指的是在某一特定条件下，细胞内所有转录产物的集合。转录产物经翻译后会产生蛋白。在RNA转录过程中，细胞仅能够接近它们的染色质包装的双链基因组的某些部分。鉴于这种接近在不同细胞类型之间存在着变化，因此染色质可接近性有

首次构建出哺乳动物单细胞染色质可接近性图谱

2018年8月26日/生物谷BIOON/---科学家们对DNA缠绕和包装到所谓的染色质中的方式感兴趣，这是因为这会影响每个细胞中可用到的遗传信息。DNA就像串在一根绳子上的念珠。在这些分子“念珠”移动的地方会有空间形成，这样蛋白就能够访问和“读取”遗传信息。这种状态或者说这种基因组特征就是染色质可接近性（chromatin accessibility, 也译作染色质开放性）。在一项新的研究中，来自