纳米孔测序建立细菌完整基因组
微生物基因组通常使用短读长数据组装，但是组装的连续性受宏基因组测序重复元件（repeat elements）影响。正确的组装基因组重复元件的位置对于我们理解基因结构对基因功能的影响至关重要。从宏基因组中组装得到细菌和古细菌的完整基因组（MAG，宏基因组拼接/组装基因组）是微生物组研究的长期目标。由于现有的宏基因组测序和组装方法通常无法组装完整的细
Cancer Cell：揭示促进癌症扩散到大脑中的关键基因YTHDF3
2020年12月12日讯/生物谷BIOON/---每年约有20万名癌症患者被诊断为脑转移，但由于癌症向大脑扩散的机制仍不清楚，因此治疗方案很少。如今，在一项新的研究中，美国弗吉尼亚联邦大学梅西癌症中心科学家Suyun Huang博士及其团队通过展示一种鲜为人知的称为YTHDF3的基因如何在这一过程中发挥重要作用，为在未来开发新的疗法带来了希望。相关研究结果近
首个激酶组图谱为开发靶向癌症相关激酶的降解剂奠定基础
2020年12月6日讯/生物谷BIOON/---对于希望利用一种强大的新技术来破坏称为激酶的细胞酶的科学家们来说，选择可能有点令人难以接受。约有514种不同的蛋白激酶在人体细胞中工作，占整个人类基因组的2.5%。了解其中的哪些蛋白激酶可以被分解，以及哪些药物分子可以最好地执行这种分解，可能会加快靶向攻击癌症和其他疾病中的激酶的治疗方法的开发。在一项新的研究中
首次利用CRISPR/Cas9基因组编辑系统在体内破坏癌细胞
2020年11月21日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，来自以色列特拉维夫大学等研究机构的研究人员证实CRISPR/Cas9系统在治疗转移性癌症方面非常有效，这是在寻找癌症治愈方法的道路上迈出的重要一步。他们开发出一种基于脂质纳米颗粒的新型递送系统，该递送系统专门针对癌细胞，并通过基因操纵破坏它们。这种称为CRISPR-LNP的递送系统携带一种编
利用纳米孔全基因组测序追溯陆丰新冠病毒来源
8月14日，广东省汕尾陆丰市报告发生一起新冠肺炎疫情，通过基因同源性比对确定不同病毒株间的亲缘关系和传播过程，能够为公共卫生防控措施提供有力证据和信息，对疫情防控意义重大。广东省疾控中心微检所所长武婕牵头的团队第一时间采取5例感染个案的鼻咽拭子样本，使用纳米孔便携式一体化设备MinION Mk1C，结合ARTIC工作流程，及时完成了COVID-1
CRISPR基因编辑在活体动物内成功治疗癌症，且永久有效
近年来，分子靶向抑制剂和免疫疗法极大地改善了癌症治疗，同时也降低了治疗毒性和不良反应。但目前多数抗癌药物都需要重复给药，不仅增加了治疗相关的毒性和成本，而且严重降低了患者的生活质量。此外，大多数类型的癌症具有高复发率和耐药性，因此急需开发新的治疗方法。CRISPR-Cas9基因编辑具有永久破坏肿瘤存活基因的潜力，可以克服传统癌症疗法的重复剂量限制
万种鸟类基因组计划第二阶段研究结果发表
11月12日，中国科学院昆明动物研究所研究员张国捷及其团队，联合深圳华大生命科学研究院、丹麦哥本哈根大学等多家单位，在Nature上以封面形式同期发表了两篇文章，报道了万种鸟类基因组计划第二阶段（科级别）的研究结果。该研究团队发表了363种鸟类基因组数据，同时通过这一数据建立了无参考序列下多基因组比对和分析的新方法，并基于这一新方法阐明高密度物种
全球微生物模式基因组测序计划取得重要进展
10月29日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。模式菌株（type strains）是在给微生物定名、分类记载和发表
纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装
Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法，由加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）和陈-扎克伯格倡议计划（CZI）联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold（图1），使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序，研究成果发表在《N
纳米孔全长cDNA测序和直接DNA甲基化分析解决大麻基因组拷贝数的争论
大麻（Cannabis sativa）通常分为大麻（Marijuana）和工业大麻（Hemp），通常依据植物产生THC（四氢大麻酚）的含量来区分：大麻的THC含量通常较高（> 10％），工业大麻通常较低（<0.3％），但他们都可以产生高水平的CBD（大麻二酚），工业大麻可用作纤维和燃料且市场增长很快。2015年，索尔克生物研究所（Sa