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纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装

 Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法,由加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)和陈-扎克伯格倡议计划(CZI)联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold(图1),使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序,研究成果发表在《N

2020-11-19

植物着丝粒研究取得进展

基因组测序及解析以及新技术的广泛应用,让人们得以继续探索着丝粒和端粒等染色体上高度重复区域在生命活动中的新功能。植物着丝粒含有丰富的重复序列,如串联重复序列(Satellite)和反转座子(Retrotransposon),参与基因组空间构象和细胞分裂等重要的生物学功能。然而不同物种双着丝粒染色体和新着丝粒染色体的不断发现,说明着丝粒区域大量的重复序列既不是

2020-02-04

植物减数分裂着丝粒配对研究领域取得新进展

中国科学院遗传与发育生物学研究所韩方普研究组长期从事植物减数分裂研究。前期在玉米中观察到减数分裂早前期有同源着丝粒配对的现象,优先于端粒花束的形成,与着丝粒功能直接相关(Zhang et al. 2013. Plant Cell)。近年来在很多物种减数分裂早前期都观察到着丝粒配对或聚集的现象,表明减数分裂早前期的着丝粒配对在大多数真核生物中是普遍存在的现象。

2020-02-06

研究发现基因逃离着丝粒区域的进化趋势

 着丝粒及其周边是植物基因组中进化最快、结构最复杂的区域。着丝粒与近着丝粒区域不仅经历着快速的序列变化与结构重塑,而且具有转录活性的基因,也是新基因起源的热点区。中国科学院遗传与发育生物学研究所陈明生研究组,在完成短花药野生稻全基因组测序的基础上,利用BAC测序和物理图谱等信息,完善了短花药野生稻十二条染色体着丝粒和近着丝粒区域的序列。并在此基础上开展了稻属及其禾本科植物着丝粒区域的比较

2018-07-13

小麦远缘杂交及着丝粒结构功能研究获进展

 小麦与黑麦的杂交工作始于19世纪70年代,英国A. S. Wilson以小麦为母本、黑麦为父本进行属间杂交获得真正的属间杂种,杂种高度不育。1888年,德国育种家W. Rimpau在普通小麦与黑麦的杂种不育株的一个穗子上得

2017-04-10

中科院科学家揭示表观遗传因子CENP-A周期性招募CENP-N蛋白介导着丝粒功能的机制

中国科学院生物物理研究所科学家李国红、许瑞明等人发表了着丝粒区染色质高级结构和功能的最新研究成果,为揭示表观遗传因子CENP-A在着丝粒染色质高级结构建立中的功能以及如何招募下游CCAN蛋白并完成着丝粒功能提供了答案。

2016-08-25

Developmental Cell:着丝粒功能建立与维持的关键因子CENP-A的装配机制被揭示

研究人员通过一系列生物化学与细胞生物学实验分析,详细地阐述了CENP-A分子上的Ser68可以通过可逆磷酸化修饰来调控HJURP识别与结合的能力。

2015-01-08

Plant Cell:韩方普等植物着丝粒形成及表观遗传学研究获进展

近日,来自中科院遗传发育所韩方普实验室在植物新着丝粒形成及表观遗传学研究去的了进展,研究者长期从事植物着丝粒的表观遗传学研究,曾在植物中首次发现着丝粒的失活现象(PNAS,2006)并初步分析失活的B染色体着丝粒具有不分离(nondisjunction)的功能(Plant Cell,2007a)。

2013-06-20

遗传发育所植物着丝粒形成及表观遗传学研究获进展

中科院遗传与发育生物学研究所韩方普实验室长期从事植物着丝粒的表观遗传学研究,曾在植物中首次发现着丝粒的失活现象(PNAS,2006),并初步分析失活的B染色体着丝粒具有不分离(nondisjunction)的功能(Plant Cell,2007a)。

2013-06-18

PNAS:植物着丝粒表观遗传学研究中取得进展

植物着丝粒含有大量的重复序列和反转座子,结构复杂并受表观遗传学调控。中科院遗传与发育生物学研究所韩方普实验室长期从事植物着丝粒的表观遗传学研究,曾在植物中首次发现着丝粒的失活现象并初步分析失活着丝粒的调控机制。 由于着丝粒的特殊表观遗传学调控机制,植物着丝粒的DNA序列暂不能直接用于植物人工染色体的构建。这也是植物人工染色体构建方法不同于人类等人工染色体的策略。

2013-04-09