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Nature:科学家构建基因表达调控DNA序列进化和适应度景观研究框架

 顺式作用元件是位于基因旁侧序列中能影响基因表达的非编码DNA序列。这些顺式作用元件的突变可能影响与基因转录因子相互作用,从而调控基因表达,进而改变生物表型和适应度景观。一个完整的适应度景观由一个适应度函数定义,该函数将序列空间中的每个序列映射到其相关的适应度。但调控DNA序列与适应度建立的映射关系很难可靠地推广到整个序列空间,因此构建完全的适应度

2022-03-24

Nature子刊:新方法将制造CAR-T细胞的时间从三天减少到24小时内

这项新的研究有助于促进科学家们开展更多的临床研究,以调查通过这种缩短的方法制造出的CAR-T细胞如何在癌症患者身上发挥作用。

2022-04-08

Nature Machine Intelligence:发现基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计

  近日,国际知名期刊《Nature Machine Intelligence》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院魏冬青团队的研究论文《A transformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimize mutated peptides for v

2022-03-25

Nature Genetics:科学家揭示人类基因调控元件的序列决定因素

  DNA可以决定基因表达的位置和时间,但控制基因表达的全套序列决定因素仍不清楚。近日,芬兰赫尔辛基大学的研究团队在《Nature Genetics》发表了题为“Sequence determinants of human gene regulatory elements”的文章。研究人员使用大规模平行报告试验测量了比人类基因组大100倍

2022-03-17

Nutrition and Health:低碳水饮食可能让你短时间减重,但代价也同样惨重...

  一说到饮食模式,除了“骇人听闻”的高糖高脂高热量饮食外,越来越多人开始排斥碳水化合物。原因也很简单,因为许多文章都在“揭发”碳水化合物饮食的“罪状”:摄入过多的“碳水”会让人变成胖子,而肥胖是导致糖尿病、心血管疾病、癌症等慢性重大疾病的始作俑者。近几十年来,有一些研究确实证实低碳水化合物饮食对健康具有积极影响,包括帮助参与者在短时间内

2022-03-19

Science:王立平团队等发现大脑序列信息编码的“降维”策略

  无论语言沟通、执行动作还是情景记忆,本质上都涉及大脑对时序信息的表征(信息在头脑中的呈现方式)。序列信息编码被认为是人类语言句法结构的前提,对机器学习领域产生重大影响,但对其编码机制人们却知之甚少。中科院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)研究员王立平团队、上海脑科学与类脑研究中心副研究员闵斌和北京大学生命科学学院教授唐世明

2022-02-14

Science:中国科学家团队揭示序列工作记忆在猕猴大脑中表征的几何结构

《Science》期刊以长文形式发表了题为《序列工作记忆在猕猴前额叶表征的几何结构》的研究论文。该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、中国科学院灵长类神经生物学重点实验室王立平研究组、上海脑科学与类脑研究中心闵斌副研究员和北京大学生命科学学院唐世明课题组合作完成。在该研究中,科学家训练猕猴记忆由多个空间位置组成的序列,并利用在体双

2022-02-14

The Journal of Neuroscience:王立平团队评估发展和演化对于序列学习和记忆的影响

  近日,The Journal of Neuroscience以封面文章形式在线发表了题为《空间序列的工作记忆:对于顺序和关系结构编码的发育和演化因素》的研究论文。该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、中科院灵长类神经生物学重点实验室王立平研究组完成。该研究通过行为学分析和建模发现,

2022-02-18

Frontiers in Neural Circuits:长时间太空飞行的宇航员,大脑发生了“结构性”改变!

  发表在Frontiers in Neural Circuits上的一项新研究(图1)首次分析了长时间太空飞行后,大脑中发生的结构连接变化。结果显示在几个白质束(例如感觉运动束)中发生了显着的微观结构变化。这是第一项分析长期太空飞行后大脑中发生的结构连接变化的研究,该研究可以为未来研究人类太空探索期间大脑变化的全部范围奠定基础。结果发现

2022-02-24

Nature:核糖体停顿+蛋白质失衡,时间这把“杀猪刀”!

衰老伴随着细胞蛋白质稳态(proteostasis)的降低,构成许多与年龄相关的、蛋白质错误折叠疾病的病理基础。然而,衰老如何破坏蛋白平衡的机制仍不清楚。与成熟蛋白质相比,新生多肽更容易发生错误折叠,因此成为蛋白质稳态调控网络的重大负担。在翻译延伸过程中,核糖体的速度在位置上是可变的,而这些局部的变化影响着共翻译转运(蛋白质一边翻译一边转运到内质网)过程。一

2022-02-12