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Genome Res:科学家开发出能对单细胞进行大规模分析的新型工具—BigSCale

2018年6月11日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Genome Research上的研究报告中,来自西班牙的研究人员通过研究提出了一种复杂的计算机框架来分析单细胞的基因表达水平,这一技术可以扩展到对数百万个独立的细胞进行分析处理,这项研究中,研究人员首次开发了一种工具来分析诸如大规模的单细胞RNA序列数据库,这或能极大地扩展单细胞基因组学的研究范围。图片来源:xoomtr

2018-06-11

《Cell》:单细胞组蛋白修饰模型展示表观遗传多样性随着衰老而增加

染色质修饰包括组蛋白转录后修饰,组蛋白多样性。连同DNA一起调控表观遗传表型。虽然染色质修饰在多种生理学过程和人类疾病中都有重要的意义,但是由于此前存在的技术检测通道有限,无法同时检测各种免疫细胞亚群特异性marker和各种染色质修饰。因此在人类免疫细胞中进行染色质研究具有挑战性。近期出现的一个技术突破——质谱流式技术,可以在少量细胞甚至是单细胞中进行四十种以上参数采集,可以完美应对这一挑战。斯坦

2018-06-05

Science:大量肾脏单细胞的RNA测序分析阐明慢性肾脏疾病的发病根源

2018年4月9日 讯 /生物谷BIOON/ --肾脏是一个非常复杂的器官,其功能远远不止一个简单的“过滤器”,肾脏要正常发挥功能,需要多个高度特异性的不同细胞类型之间相互作用来帮助机体通过尿液排出废物、平衡体液,调节血压并且分泌多种激素。图片来源:Katalin Susztak, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania近日一

2018-04-09

Cell:基于高通量单细胞转录组测序小鼠全细胞图谱发表

 在国家自然科学基金项目(项目编号:31722027)等资助下,浙江大学医学院干细胞与再生医学中心郭国骥教授团队在单细胞组学技术及哺乳动物全细胞表达谱系分析研究中取得突破性进展。相关成果以“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”(利用微孔板测序技术绘制小鼠细胞图谱)为题,于2018年2月23日在生命科学国际顶尖期刊Cell(《细胞》)

2018-03-09

Hepatology:单细胞分析揭示肝癌遗传异质性出现的重要原因

2018年1月12日 讯 /生物谷BIOON/ --肝细胞癌是肝硬化患者死亡的主要原因,而肝癌的分子发病机制非常复杂且具有分子异质性。癌症遗传的异质性不仅表现在不同患者之间,即使是同一患者的不同肿瘤结节,甚至是同一个结节中也存在差异。肝细胞癌的分子异质性部分归因于肝癌干细胞的存在,被各种细胞表面标志物区分的不同癌症干细胞群体可能包含不同的癌症驱动基因,这就为找到分子靶向性治疗方法带来了巨大挑战。&

2018-01-12

科学家揭示整合单细胞和群体细胞转录组数据推断细胞分化时间的作用

 近日,中国科学院上海生命科学研究院(人口健康领域)马普计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组,中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组,与清华大学沈沁研究组合作发表的论文,以Inference of differentiation time for single cell transcriptomes using cell population reference data为题,在线发表

2017-12-07

利用单细胞转录组分析揭示成纤维细胞转化为心肌细胞机制

图片来自Qian Lab, UNC School of Medicine。2017年10月28日/生物谷BIOON/---在心脏病发作后,通过逆转瘢痕组织产生健康的心肌组织将会引发心脏学和再生医学领域的变革。在实验室中,科学家们已证实将心脏成纤维细胞(瘢痕组织细胞)转化为心肌细胞是可行的,但是梳理出这是如何发生的细节并不是件容易的事情,而且将这种方法用于临床实践或甚至其他的基础研究项目中一直都是难

2017-10-28

单细胞转录组分辨率下重建虚拟果蝇胚胎

图片来自Drosophila Virtual Expression eXplorer/BIMSB at the MDC。2017年9月10日/生物谷BIOON/---在经过13次快速的细胞分裂之后,一个受精的果蝇卵子产生大约6000个细胞。它们在显微镜下看起来都一样。然而,在那时,果蝇胚胎中的每个细胞已知道它是变成神经元还是肌肉细胞,或2017年9月10日/生物谷BIOON/---者变成肠道、头部

2017-09-10

Nat Methods:新型基因组工具CITE-seq或能实现单细胞大规模多维度分析

2017年8月3日 讯 /生物谷BIOON/ --近日,一项刊登在国际杂志Nature Methods上的研究报告中,来自纽约基因组研究中心(NYGC)的研究人员通过研究开发了一种新技术,或能帮助推动单细胞RNA测序的进程,单细胞RNA测序是基因组研究的重要领域,其能够帮助研究人员深入解读单细胞的特性,同时还能够帮助有效区分不同的细胞类型,以及在单细胞水平下研究多种人类疾病的发病机制。图片来源:N

2017-08-02

Nature:首次对成神经管细胞瘤进行全基因组分析

图片来自Nature, doi:10.1038/nature229732017年7月22日/生物谷BIOON/---在一项新的划时代研究中,来自德国、加拿大、美国、荷兰、丹麦、俄罗斯、西班牙和日本的研究人员对成神经管细胞瘤(medulloblastoma)开展迄今为止最为全面的分析,鉴定出导致75%以上的成神经管细胞瘤的基因组变化,包括仅在这个最少了解的脑瘤亚群中发现的两个新的潜在癌基因。相关研究

2017-07-22