Cell:开发出一种称为 Open-ST 的空间转录组学平台,能够三维重建组织内细胞中的基因表达
Open-ST 提供了一种高性价比、高分辨率、易于使用的方法,可同时捕捉组织切片的组织形态和空间转录组学信息。连续的二维图谱可以对齐,可将组织重建为三维“虚拟组织块”。
2024-07-15
单细胞和空间转录组中环形RNA深度学习算法取得进展
CIRI-deep可以实现多种转录组测序数据中差异剪接环形RNA的可靠预测,并在单细胞及空间水平实现细胞类型特异环形RNA的准确解析,具有广泛的应用场景。
2024-02-21
Cancer Cell | 上海交通大学薛婧团队揭示表观遗传学失调如何塑造癌相关成纤维细胞的多样性
该研究探讨了了SETD2-H3K36me3表观遗传失调对肿瘤代谢和基质异质性的影响,揭示了氧化磷酸化(OXPHOS)主导的代谢特征,并确定了一个脂质负载的CAF亚群。
2024-04-07
Nat Methods | 单细胞三维基因组与基因表达联合分析:北京大学谢晓亮等团队揭示嗅觉受体选择的动态过程
该研究结果揭示了一个值得注意的模式:在OSN发展过程中,OR增强子的可及性降低,表明只有一部分增强子在成熟的OSN中保持活性。
2024-04-17
【日程更新】第四届单细胞测序技术应用研讨会暨单细胞&空间组学研讨会诚邀您的参与!
“第四届单细胞测序技术应用研讨会暨单细胞&空间组学研讨会”将于2023年12月19-20日在中国·北京召开。
2023-12-06
Sci Transl Med:科学家有望利用单细胞基因组学技术来加速人类肺部疾病药物的开发
来自德国的科学家们利用新型实验模型来研究肺部疾病,即所谓的人类精确切割肺部切片,这些是肺部组织的薄片,或能用于实验室的研究中。
2023-12-13
应晓敏/伯晓晨团队开发基于生成式人工智能的新算法MIDAS,实现单细胞多组学数据的马赛克整合
研究提出了一种用于单细胞多组学数据马赛克整合及知识迁移的计算工具——MIDAS,首次实现了通用的单细胞多组学马赛克数据的模态对齐、数据补全、批次校正等整合功能。
2024-01-25
刘琦/王平/何雅億团队提出AI计算解决方案,利用单细胞组学驱动泛癌肿瘤个体化组合用药
comboSC创新性的提出了一种单细胞组学驱动的泛癌种肿瘤个体化组合用药的计算框架和解决方案,在单细胞组学驱动的精准医学领域进行了有益的探索,其可行性和有效性经过了Proof-of-Concept验证
2023-12-06