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Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱:CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化

CalicoST算法的核心优势在于其能够从SRT数据中精确推断等位基因特异性拷贝数变异(allele-specific CNAs)。

2024-11-23

Mol Cell:HOXDeRNA 通过与基因组广泛结合激活癌症转录程序和超级增强子

HOXDeRNA通过rG4结构结合EZH2并招募到PRC2标记的基因组区域,从而去除PRC2对关键胶质瘤转录因子和超级增强子的抑制,最终激活多个癌症驱动基因,驱动星形胶质细胞向胶质瘤转化。

2024-11-07

Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱,CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化

CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异,还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹,绘制出肿瘤演化的“进化地图”。

2024-11-10

Cell:科学家识别出与致癌基因组改变发生相关的分子通路

本文研究结果揭示了中心DNA修复机制的病理性激活如何通过染色体破碎矛盾地诱发癌症基因组进化。

2024-09-15

Cell | 隐翅虫“生化武器”进化的基因组学与细胞基础

研究人员通过基因组组装、比较基因组学、进化树构建、细胞特异性转录组学等方法对隐翅虫的防御性腺体的分泌特征以及进化特征进行了刻画,并对隐翅虫与蚁类共生体这一高复杂性的分泌特征进行检测。

2024-07-18

Nature:新研究发现桥接重组酶机制,有望开发下一代可编程基因组设计系统

研究发现了一种DNA重组酶,这种酶利用非编码RNA对目标DNA分子和供体DNA分子进行序列特异性选择,允许用户确定任何所需的基因组目标序列和任何要插入的供体 DNA 分子。

2024-07-17

Nature :探索早期胚胎DNA复制,揭秘基因组不稳定性与复制时间程序

该研究利用scRepli-seq技术构建小鼠早期胚胎的全基因组DNA复制图谱,并探究DNA复制调控机制与基因组稳定性的关系。

2024-10-09

Cell:独特的三维基因组特征为治疗后窝A室管膜瘤提供潜在的新靶点

在这项研究中,这些作者仔细观察了他们可以称之为 PFA室管膜瘤细胞基因组(细胞中发现的整套 DNA 指令)的“地理位置”。

2024-07-17

科研团队发布黄瓜近完整参考基因组及多组学综合数据库

该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库Cucumber-DB(http://www.cucumberdb.com/),囊括了重要的黄瓜泛基因组、核心种质变异组和转录组数据。

2024-06-26

Nature Genetics | 孕酮信号失调与产后出血的遗传关联:基因组大数据揭示新机制

该研究通过识别与PPH相关的遗传位点,提供了对PPH遗传机制的深入理解,并为在临床前预测PPH风险以及采取预防措施提供了潜在的分子标志物。

2024-08-01