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利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大规模平行分析数以万计基因扰动

多亏两种高度类似的技术:一种技术是由美国布罗德研究所的Aviv Regev和同事们开发出的,该技术被称作Perturb-Seq;另一种技术是由以色列魏兹曼研究所的Ido Amit和同事们开发出的,该技术被称作CRISP-Seq。在一项实验中,利用Perturb-Seq、CRISP-Seq或将这两种技术结合在一起研究众多基因扰动是可能的。

2017-03-28

Nat Methods:开发出基于CRISPR/Cas9和单细胞RNA测序的CROP-seq方法

在一项新的研究中,来自奥地利科学院CeMM分子医学研究中心的Christoph Bock及其团队开发出一种新方法:将CRISPR集中筛选和按序筛选(arrayedscreen)的优势结合在一起。通过将CRISPR基因组编辑与单细胞RNA测序整合在一起,他们在单个实验中研究上千个细胞,从而能够平行地确定多种基因的调控影响。

2017-01-23

Science:开发出TT-Seq技术绘制人类瞬时转录组图谱

在一项新的研究中,研究人员开发出一种TT-Seq方法可以用于发现活跃的可控制基因活性的调节性DNA序列。

2016-06-04

Nat.Immu:STING调节病毒衣壳与宿主细胞的膜融合

病毒的外壳与宿主的细胞膜融合是病毒感染细胞的第一步。那机体的免疫系统又是如何检测到发生了膜融合呢?最近《自然-免疫》上发表的文章给出了一些线索。 研究人员发现,无论是体内实验还是体外实验,当细胞暴露在病毒状粒子或人工合成的脂质体以及一些其它刺激的条件下时,也能够产生免疫应答,这种应答虽然不能触发传统的病原体识别途径,但能导致膜融合。

2012-11-18

cell host microbe:结合杆菌DNA激活cGAMP-STING信号机制

在抗病毒天然免疫的基础研究领域,cGAS与cGAMP是近几年来非常重要的发现之一。来自美国西南医学中心的陈志坚教授研究组第一次发现了cGAMP是传递DNA病毒感染的天然免疫信号的关键分子。当病毒感染天然免疫细胞时,胞浆中的cGAS能够与病毒DNA结合并促进cGAMP的产生,而cGAMP能够与内质网表面的STING蛋白相互作用,从而促进I型干扰素的分泌。

2015-06-12

干扰素基因刺激蛋白(STING)激动剂有望成为小分子肿瘤免疫疗法的“黑马”

最近Aduro生物技术公司的环二核苷酸(CDN)类干扰素基因刺激蛋白激动剂(比如ADU-S100)的一些临床前实验结果刊登在Cell Reports和Science and Translational Medicine等学术刊物上。

2015-05-25

系统比较RNA-Seq基因谱

BioRxiv最新收录的文章通过对不同RNA-Seq研究工具的比较来分析哪些工具更胜任转录组研究工作。

2014-05-27

解读单细胞RNA-seq技术

多年来,跟踪一个单细胞的转录组,超出了我们的能力。但是现在,时代已经变了,新的单细胞RNA-seq方法,可以分析大量的细胞及它们的命运。我们都参加过大型生日派对:在拥挤的房间里,与许多人聊天、吃饭和庆祝。但

2015-03-26

Immunity:生物物理所等在STING蛋白结构与功能研究中取得重要成果

5月10日,国际著名免疫学杂志Immunity在线发表了中国科学院生物物理研究所刘志杰、程根宏(海外团队)、张荣光课题组在重要天然免疫系统信号分子STING结构与功能研究方面的合作研究成果。

2012-11-18

Nature Methods发布重磅结果:新测序技术——Ribose-seq

核糖核苷酸是RNA的基本单位,它们会在DNA复制和修复过程中嵌入基因组DNA,进而影响基因组的稳定性。然而,迄今为止人们还无法鉴定和定位这些插入DNA的核糖核苷酸。

2015-03-26