Science：新研究组装出改进的恒河猴参考基因组
2020年12月20日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中，一个来自美国、意大利和德国的大型研究团队改进了对恒河猴参考基因组的组装。相关研究结果发表在2020年12月18日的Science期刊上，论文标题为“Sequence diversity analyses of an improved rhesus macaque genome enhance
纳米孔长读长测序完成蜂鸟高度连续基因组组装并提高异构体识别
蜂鸟是一个“非常有趣的研究系统”，它具有惊人的糖氧化和脂肪分解能力，在进食状态下，它们能够利用外源糖，为能量消耗巨大的飞行提供燃料，然而当不再进食时，它们完全依靠内源性脂肪储备来为悬停飞行提供燃料，这些糖可以在30分钟内代谢。相比之下，人类需要大约2小时才能利用这些外源糖。超过52%的美国人受到包括糖尿病在内的代谢疾病的影响，蜂鸟可以保持持续的高
研究完成海湾扇贝两个亚种的基因组测序和组装
日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面再次取得重要进展，海洋科学与工程学院王春德教授课题组与合作单位成功完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组的测序和分析，相关研究成果在线发表在Nature旗下开源期刊Scientific Data上。此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组的测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个亚种基因组的成功测序，为从分子水平解析海湾扇贝
浙大叶恭银教授组纳米孔测序从头组装高质量麦蛾茧峰基因组
2020年7月14日，浙江大学叶昕海博士、叶恭银教授、李飞教授和贝纳基因共同合作完成20ng超低起始量麦蛾茧峰基因组组装，这是首次使用低于100 ng的DNA完成全基因组组装。解决了个体小、样品稀有、只能获取少量DNA的物种的基因组组装的难题。贝纳基因开发的全基因组复制后基因组组装的流程，可以对ng级DNA的个体进行基因组组装。研究成果发表在预印
纳米孔PromethION测序+Shasta完成人类基因组端粒到着丝粒的高效从头组装
Shasta是一个用于纳米孔测序数据的从头组装和矫正算法，由加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）和陈-扎克伯格倡议计划（CZI）联合开发。团队在2019年利用初代Shasta分析流程对纳米孔测序数据进行从头组装、矫正和Hi-C拼接Scaffold（图1），使用一台纳米孔PromethION测序设备在9天内完成了11个人类基因组测序，研究成果发表在《N
细胞器基因组组装软件开发研究取得进展
真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体（包括叶绿体、白色体等）的全部DNA分子，是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内，有多个（甚至成千上万个）细胞器基因组单元的拷贝，使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展，测序成本下降，低覆盖度的全基因组测序数据得以大规模产生，如何快速、准确地组装细胞
我国科学家完成“龙井43”基因组组装和群体重测序
茶树（Camellia sinensis）起源于中国而风靡于世界，世界茶饮料消费人口已超过三分之二。茶树在我国分布广泛，种质资源丰富，六大茶类各具特色，而有关茶树进化的研究尚少。2020年9月7日，Nature Communications在线发表了中国农业科学院茶叶研究所和中国农业科学院深圳农业基因组研究所 （以下简称基因组所） 主导并携手中国
我国科学家在Cell Host & Microbe期刊发文揭示新型冠状病毒2019-nCoV的基因组组成和差异
2020年2月11日讯/生物谷BIOON/---世界卫生组织（WHO）将一种新型冠状病毒命名为“2019年新型冠状病毒（2019-nCoV）”。它是最近于2019年12月初在中国湖北省武汉市开始的肺炎疫情暴发的罪魁祸首。这次疫情与一家大型的海鲜和动物市场有关，并且目前正在调查以确定这种病毒感染的来源。迄今为止，中国已经确诊了成千上万例人类感染并向全球传播了许
研究人员开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale contigs by efficiently resolving
两篇Science论文揭示人黏连蛋白通过挤压DNA环进行基因组组装
2019年12月21日讯/生物谷BIOON/---黏连蛋白（cohesin）是一种结合染色体的多亚基腺苷三磷酸酶复合物。在加载到染色体上后，它会产生DNA环来调节染色体功能。有人提出黏连蛋白通过环挤压来实现基因组组装，然而缺乏直接的证据来支持这一点。在第一项新的研究中，奥地利维也纳生物中心分子病理学研究所（IMP）主任Jan-Michael Peters及其