Advanced Science:韩敬东团队开发转录组数据空间重构新算法
该研究建立了一种单细胞/寡细胞转录组数据从头空间重构算法——De Novo Coalescent Embedding(D-CE)。该研究利用细胞-细胞转录相关网络的非线性嵌入方法,从头重构了单细胞转录
Cell:揭示对大多数基因而言,转录开始位点决定了转录结束位点
我们DNA中的每个基因都有开始和结束。正确确定基因的开始和结束对于产生功能性蛋白至关重要。人们已做了大量的研究来确定是什么决定了一个基因何时、何地以及在DNA的哪个位点“开始”
研究揭示拟南芥RNA聚合酶V的转录延伸机制
Pol V-KTF1转录延伸复合物的冷冻电镜结构显示,Pol V具有和Pol II类似的活性中心,但Pol V活性中心的结构单元和Pol II具有构象差异。
空间转录组数据多模态可视化工具研究取得进展
目前已有工具可以将二维切片的基因表达模式进行可视化,或者进一步堆叠多张切片并形成组织的三维静态视图,但在三维空间中对空间转录组数据的分子特征和空间形态进行交互式探索仍然是一个难点。
Nature:揭示组蛋白修饰调节先锋转录因子协同性结合机制
就像紧紧缠绕在线轴上的线一样,DNA被包裹在组蛋白上,并被包装成称为核小体的结构。在一项新的研究中,来自美国圣犹达儿童研究医院的研究人员探索了一种被称为先锋转录因子(pioneer transcrip
Nature子刊:线粒体转录和翻译是淋巴瘤的潜在治疗靶点
这些结果确定了由线粒体转录因子A (TFAM)表达激活的线粒体高水平的转录和翻译是B细胞淋巴瘤发展的必要条件,通过药物抑制线粒体的转录和翻译,从而抑制线粒体的蛋白质合成,是淋巴瘤的一个潜在的重要治疗靶
清华大学研究人员应邀综述相分离对植物转录和染色质区室化的重要调控作用
细胞内各种生化反应的不同成分的区隔和交换对于维持细胞活动的精细调节至关重要。相比有膜细胞器,无膜细胞器(MLO)更为广泛地存在于细胞质、细胞核和许多其他膜细胞器中。越来越多的证据表明,相分离与很多重要
单细胞转录组测序,揭示动物发育过程“古老”和“年轻”基因的表达模式
这一研究揭示了不同细胞类型在转录组年龄上的显著差异,有助于对不同细胞的进化起源进行估计,为理解驱动物种进化的遗传机制提供了新的视角
Molecular Therapy Nucleic Acids:一种可以快速灵敏定量的检测体外转录mRNA的平台
作为疫苗和基因治疗中的一种新的活性成分,信使核糖核酸在世界范围内得到了广泛的关注。对信使核糖核酸分子日益增长的需求迫使信使核糖核酸生产商在保持高信使核糖核酸质量的同时迅速扩大产能。
Protein Cell | 松阳洲组成功开发高效的基于相分离蛋白辅助的CRISPR转录激活工具
该项工作证明了相分离蛋白融合CRISPRa系统可以使转录激活效率进一步提高,为CRISPRa工具的开发提供了新思路。该项研究开发了新型相分离蛋白辅助的转录激活工具dCas9-VPRF