师咏勇：新一代测序在转化医学中的应用
此课程是师咏勇教授在2014新一代测序论坛上的演讲。
师咏勇：***特聘教授，国家杰出青年基金获得者，上海交通大学特别研究员，博导，Bio-X研究院Principal Investigator。2001年和2006年分别获得上海交通大学学士学位和博士学位。
国家863计划“常见精神疾病的分子分型与个体化诊疗”重大项目课题负责人，2007年上海市优秀博士论文获得者，2008年度上海第四届青年科技英才获得者，2009年全国优秀博士论文获得者，2009年入选教育部新世纪优秀人才支持计划，2013年11月入选国家杰出青年及长江特聘学者。
於莉：新一代Ion半导体测序技术在医学检测与研究中的应用
演讲主要内容：
测序技术的发展
测序的原理
高通量测序仪
基因测序与人类健康
基因测序在临床医学的应用
Ion测序平台介绍
NGS与转化医学
靶向测序解决方案等
陈琦：新一代Ion 半导体测序技术在医学检测与研究中的应用
本次讲座重点介绍Ion 测序技术在临床医学检测与研究中的应用，包括肿瘤个性化 治疗、疾病基因风险预估、无创产前筛查、新生儿遗传病筛查等领域的进展与前景。
我们的孩子是否会成为全新的物种？
纵观人类进化史, 不同的人种曾经共存过. 我们还在不断的进化中吗? 在TEDxSummit, Juan Enriquez将带我们穿越时空，纵观古今— 向我们展示科学技术是如何找到证据，揭示进化也许正在发生。
秦胜营：新一代测序与个体化医学
长期药物治疗的实践揭示个体间的药物效应存在着差异。研究结果显示相同药物在不同个体内的药效差异有时可达百倍。传统用药极少考虑个体差异，有时会导致治疗无效，甚至会产生毒副作用。安全用药已成为不容忽视的全球性公共医疗卫生问题。
人类基因组计划的实施和最终完成，为从基因水平研究药物反应的个体差异提供了理论和技术上的支持，促进了药物基因组学的产生和迅速发展。药物基因组学以药物效应及安全性为目标, 具体研究各种基因多态性与药效及安全性之间的关系。
这些信息将使我们能最终确定药物效应有关的标记，进而可辅助医护人员确定患者属何种反应人群并选择疗效最佳的药物和确定最佳剂量，使病人得到最佳的治疗效果, 从而真正达到 “用药个性化”的目的。
新一代测序技术的飞速发展使得测序速度越来越快，测序成本越来越低，进而使得我们在全基因组水平上寻找药物反应相关基因标记成为可能，同时新一代测序技术的深入发展将使我们迎来个人基因组时代，并最终促进个体化医疗的真正实现。
钱程：靶向肿瘤干细胞治疗癌症的新策略
肿瘤干细胞是一群具有自我更新、多向分化潜能、具有启动和重建肿瘤组织表型能力的肿瘤细胞。前期研究均表明，肿瘤干细胞参与肿瘤的转移、复发和对化疗和放疗耐受。因此，靶向肿瘤干细胞的治疗策略将有望为癌症的治疗带来希望。
我们课题组成功的从肝癌组织中，分离出多能转录因子Nanog高表达的新型肝癌干细胞。证实Nanog阳性的肿瘤细胞具有更强的自我更新、克隆形成和肿瘤起始能力。他们参与肿瘤的复发和对化疗药物的耐受。进一步研究发现，Nanog不仅可作为肿瘤干细胞的分子标志物，同时证明它可通过IGF信号通路参与肿瘤干细胞的自我更新。并且创新性发现Nanog与IGF信号通路存在正反馈调控机制。
在这基础上，我们成功的建立以肿瘤干细胞为平台和Nanog为靶点的高内涵药物筛选平台，已筛选出多个靶向肿瘤干细胞的小分子化合物和特异性单克隆抗体。通过该项研究，我们发现HDAC抑制剂可诱导肿瘤干细胞的分化，导致肿瘤干细胞对化疗的敏感性，联合分子靶向药物Sorafenib成功的治疗肝癌。
袁振刚：肿瘤免疫细胞治疗 —转化医学新阵地
癌症严重威害人类健康，已成为我国人民健康的头号杀手，且伴随着老龄化愈演愈烈。传统癌症治疗手段（手术、放化疗）各有弊端，治愈率已到瓶颈。
癌症靶向治疗陷入困境，投入大产出小，而癌症免疫治疗时代已经来临，成为根治癌症的新希望。
免疫治疗是理想的癌症疗法，能正确区分癌细胞与正常细胞，特异、高效杀伤癌细胞，具有研发速度快、成本低的特点，符合转化医学策略。
经过多年的研究实践，我们建立了完善的免疫细胞治疗临床应用体系，获得细胞治疗临床应用批文，并取得可喜的治疗效果。针对免疫细胞治疗面临的三大问题，通过转化医学研究手段，建立了较为完善的技术储备：1、T细胞高效感染与外源基因表达平台；2、高免疫活性个体化治疗方案制定体系；3、高效肿瘤特异性CTL扩增技术体系；4、克服肿瘤微环境的T细胞修饰技术体系。
最后，我们集医疗、科研、生产为一体建立了上海细胞治疗工程技术研究中心的发展平台， 为细胞治疗的产业化开发奠定基础。
田亚平：新的肿瘤血液生物标志：microRNA
MicroRNA（miRNA）是一类生物体内长度约22个左右核苷酸的小RNA，相关研究显示其广泛存在于多种体液中，且可稳定存在较长时间。miRNA在细胞内具有多种重要的调节作用，一个miRNA可以调节多个靶基因的表达，而几个miRNAs也可同时调节一个基因。
恶性肿瘤的发生发展过程非常复杂，常常涉及多个基因的表达异常，因此miRNA复杂调节网络的紊乱与细胞增殖和凋亡过程的调节失控可能存在一定关联。
为此我们利用芯片和 Solexa 测序技术筛选肿瘤相关miRNA，在血液中发现了一些与原发性肝癌、宫颈癌、肺癌等密切相关的miRNA，经Q-PCR方法临床验证，初步证明其具有一定辅助诊断价值，进一步研究可为恶性肿瘤的生物靶向治疗提供新的线索与靶点。
吕建新：基于线粒体基因组的糖尿病分子分型
大量的研究证实，线粒体基因组与2型糖尿病（T2DM）有着密切的关系。
本研究组以在浙江地区收集4586例散发T2DM患者全血、部分糖尿病家系成员全血及2643例健康对照人群全血样本，建立T2DM样本临床资源库及线粒体全基因组数据库，结合国内其他在线粒体T2DM研究的相关结果，综合筛查并鉴定与T2DM及其并发症易感性相关的SNP位点和变异位点，建立中国汉族人群T2DM及其并发症相关的变异位点及单体群，通过对在T2DM家系中存在的变异位点进行功能研究，探讨该位点与T2DM发病机理的关系等分子分型体系。
这些研究的意义在于：①确认母系遗传糖尿病患者；②筛查T2DM易感人群；③预测评估T2DM及其并发症。
覃文新：DKK1蛋白作为肝癌血液标志物的发现和转化研究
上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室
肝细胞癌是全球致死率较高的恶性肿瘤之一，及时有效的诊断可提高患者的临床治疗效果、延长生存时间。
本研究纳入两个队列：测试集和验证集，测试集共831例血清样本，验证集共453例血清样本。采用酶联免疫吸附实验测定DKK1在血清中的浓度，并根据受试者工作特征曲线分析其对肝细胞癌的诊断价值。
结果显示：DKK1蛋白在肝细胞癌患者组血清中的浓度明显高于非癌症组；血清DKK1蛋白对肝细胞癌总体诊断率可达69.1%，对早期肝细胞癌（BCLC 0+A）和小肝癌（单个小于2cm）的诊断率分别可达70.9%和58.5%；同时，DKK1蛋白能够弥补甲胎蛋白（AFP）对肝细胞癌诊断能力的不足，对甲胎蛋白阴性（≤20ng/ml）肝细胞癌的诊断率为70.4%，并可从甲胎蛋白阳性（>20ng/ml）的慢性乙型肝炎及肝硬化等高危患者中鉴别诊断肝细胞癌，鉴别诊断率达68.2%；DKK1蛋白与甲胎蛋白联合应用，可将肝细胞癌总体诊断率提高至87.5%。
验证集验证了血清DKK1蛋白对肝细胞癌的诊断价值,手术后患者血中的DKK1浓度迅速下降，血清DKK1蛋白亦可作为肝癌疗效监测和预后判断指标（The Lancet Oncology 2012 Aug; 13(8):817）。