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单细胞mRNA测序 - 陈巍学基因(11)

单细胞mRNA测序是很有用的科研方法。

本课程介绍其中2种:Clontech公司的SMART-seq方法,和EpiCentre公司的TargetAmp方法。2种方法各有巧妙,即大量扩增了核酸,又尽可能减少核酸扩增过程中的偏差、失真。

2015-01-19 课时:14分钟

上海伯豪lncRNA测序服务

转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA(转录本)的集合,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA, 非编码RNA又包括:tRNA,rRNA,snoRNA,microRNA,piRNA,lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时,还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP(编码序列单核苷酸多态性)、可变剪接等序列及结构变异,另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

转录组测序具有以下优势
1. 直接得到核酸序列信息,除了得到基因表达量的差异,更可以检测RNA的结构和结构变异。
2. 开放性的转录组分析:无需参考基因组信息,无需设计探针,不但能检测已知基因还能够发现新的转录本。
3. 在测序覆盖率足够大时能够检测到细胞中的低丰度转录本。
4. 随着测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围,能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本。

上海伯豪推出基于Illumina测序平台的全转录组测序服务,可同时检测样本中mRNA和lncRNA的表达,伯豪公司完善的实验管理体系和数据分析流程,为您研究lncRNA提供全套解决方案。

2015-10-14 课时:8分钟

纳米孔长读长直接RNA测序与应用介绍

RNA测序(传统测序技术称为RNA-Seq)已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。它是研究发育生物学、人类遗传学和疾病相关病理学的宝贵工具。 基于短读长测序的RNA分析均需将RNA转化为互补DNA(cDNA)链,在这一过程中,逆转录或扩增可引入偏倚,且并非所有的转录物都以相同的效率扩增,这就会导致一些种类的RNA的中断以及其它种类RNA的过度扩增,同时在PCR扩增过程中会丢失有关碱基修饰的所有信息。 长读长纳米孔 RNA 测序能够以完整的全长序列对天然 RNA 或 cDNA 进行准确定量和鉴定,无需片段化或扩增,简化分析,并消除了潜在的偏好性来源。直接 RNA 测序还可以同步识别碱基修饰和核苷酸序列,目前纳米孔直接RNA测序能够处理的最长转录本目前长度超过20kb。 来自中国和世界各地的科学家已经将纳米孔RNA测序提供的众多独有优势运用到了各个不同领域,我们邀请到多个领域的研究者们在近期为大家带来纳米孔转录组测序系列研究讲座,分享他们利用纳米孔测序进行RNA研究的经验与成果。 首期,6月3日,我们邀请到福建农林大学林学中心席飞虎,武汉贝纳科技有限公司 副总经理陈虎,在线上带来他们利用纳米孔长读长测序平台进行直接RNA测序研究的实战经验和研究成果。

2021-06-07 课时:88分钟