Cell：王广川/陈洛南/景乃禾为肿瘤微环境装上“基因-空间”GPS：新技术精准定位导致免疫治疗失效的“元凶”，并找到破解方法

肿瘤微环境（TME）是有效免疫疗法的一大障碍，然而用于剖析肿瘤微环境空间复杂性及其上下文免疫调节因子的高通量扰动图谱方法仍较为缺乏。

2026年2月11日，中科院分子细胞科学卓越创新中心王广川、陈洛南团队和广州实验室景乃禾团队合作在Cell 在线发表题为“CLIM-TIME identifies metastatic microenvironment modulators for T cell therapy response”的研究论文，该研究介绍了 “CRISPR - 激光捕获显微切割（LCM）肿瘤免疫微环境整合图谱（CLIM-TIME）”，这是一个可扩展的平台，它将 CRISPR 筛选与转移性肿瘤的 LCM 结合起来，用于转录组学、解离分析和免疫荧光分析。

CLIM-TIME 能够对肿瘤抑制基因（TSG）缺失如何重塑肿瘤微环境并调节免疫反应进行空间分辨率的图谱分析。该研究确定了七种不同的肿瘤微环境亚型，揭示了 DNA 修复和 Polycomb 抑制复合物（PRC）TSG 缺失与免疫浸润的肿瘤微环境对 T 细胞疗法敏感有关。相比之下，在 Hippo 通路中敲除 TSGs 会促进免疫逃逸和治疗抵抗，其机制是形成富含髓系细胞但不包含 T 细胞的肿瘤微环境（TME），并且这种环境的细胞外基质（ECM）含量升高。通过靶向 ECM 联结酶 LOXL2，能够有效地重塑转移性肿瘤微环境，增强 T 细胞的浸润，并提高多种癌症中肺转移灶的治疗效果。总的来说，CLIM-TIME 提供了一个可扩展的平台，用于剖析 TME 的驱动因素和空间调节因子，以增强免疫治疗的效果。

T 细胞的浸润和反应对于免疫监视和癌症免疫治疗至关重要。过继性 T 细胞疗法（ACTs），包括嵌合抗原受体（CAR）T 细胞，已在血液系统癌症治疗中取得了显著成效，但其在实体瘤中的疗效仍有限。尽管各种 CAR-T 细胞和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）正在被探索，但实现持久的反应仍然具有挑战性。同样，癌症疫苗在实体瘤中往往无法引发持续的治疗效果，尽管在周围组织中诱导了大量的肿瘤特异性 T 细胞。一个关键的障碍是由癌细胞通过基因组和转录组改变所形成的肿瘤微环境（TME）。因此，在实体瘤中进行有效的 T 细胞治疗不仅需要肿瘤反应性 T 细胞，还需要它们在肿瘤微环境中的浸润和持久存在。

了解肿瘤微环境（TME）的免疫组成、空间组织以及转录状态对于揭示免疫逃逸机制以及改进免疫疗法至关重要。基于空间分辨率的单细胞和区域测序研究表明，具有不同基因特征的肿瘤亚克隆具有不同的肿瘤微环境。然而，肿瘤抑制基因（TSG）的缺失如何塑造特定的肿瘤微环境、促进免疫逃逸以及调节 T 细胞反应仍不清楚。尽管基于 CRISPR 的基因筛选对于识别免疫调节因子非常有效，但大多数筛选方法在解析肿瘤微环境的空间复杂性方面存在局限性。最近的蛋白质编码 CRISPR 干扰映射提供了新的见解，但系统性地解码复杂的肿瘤微环境和上下文免疫调节因子的可扩展方法仍缺乏。

文章模式图（图源自Cell ）

该研究介绍了一种名为CRISPR - 激光捕获显微切割（LCM）肿瘤免疫微环境整合图谱（CLIM-TIME）的方法，该方法将体内 CRISPR 筛选与基于 LCM 的转录组学、解剖分析和多重免疫荧光技术相结合。研究人员使用针对 391 个肿瘤抑制基因（TSG）的 sgRNA 库，确定了七种肿瘤微环境（TME）亚型，并定义了它们与免疫逃逸和治疗反应之间的关系。

在 DNA 损伤修复和 Polycomb 抑制复合物（PRC）通路中敲除肿瘤抑制基因（KO）可使肿瘤对 T 细胞治疗更敏感，而 Hippo 通路中的肿瘤抑制基因缺失则通过形成富含髓系细胞、不含 T 细胞的肿瘤微环境以及过度沉积胶原蛋白的方式，导致免疫逃逸和治疗耐药性。该研究发现胶原交联酶 LOXL2 是这种免疫抑制性微环境的关键调节因子。抑制 LOXL2 能够有效地重塑转移性微环境，增强 T 细胞浸润和治疗反应。总的来说，CLIM-TIME 提供了一个可扩展的平台，用于剖析 TME 的驱动因素和空间调节因子，以增强免疫治疗的效果。

参考消息：https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(25)01491-6