Nature Genetics | BANKSY:革命性算法,重塑空间组学数据分析
随着生物技术的快速发展,空间组学数据的产出呈现爆炸式增长,传统的数据分析方法已难以满足研究的需求。BANKSY算法的开发旨在解决这一问题。
Sci Adv:组合性表观遗传学癌症疗法或能有效治疗人类结直肠癌和其它肿瘤
本文研究结果表明,补偿性的EZH2活性或能限制DNMTi在人类结肠癌中的疗效,同时研究人员还将NFAT:AP-1信号与表观遗传学治疗所诱导的病毒模仿联系了起来。
研究人员利用光催化邻近标记技术揭示应激颗粒转录组动态变化
应激颗粒是在胁迫条件下形成的动态结构,通常认为其中包含翻译被抑制的RNA以及翻译元件,并可在刺激消失后解聚,是细胞内典型的无膜细胞器。
Cell Genomics:刘琦/严钢团队开发TCR和T细胞转录组跨模态整合分析的AI框架——UniTCR
UniTCR提出了一种低质跨模态场景下的免疫组学有效整合和表征的AI框架,以赋能诸多免疫数字解码相关的下游任务分析。
蓖麻胚乳基因组印记的表观调控机制研究获进展
被子植物特有的双受精事件产生了三倍体的胚乳(两份母源基因组和一份父源基因组,2m:1p),为胚的发育和种子的萌发提供了营养,为被子植物在陆地植被中占据主导地位奠定了重要的物质基础。同时,由于胚乳中父母
李程/孙育杰/黄粤团队揭示异倍体对染色质空间结构和转录组的影响
本研究结合Hi-C、RNA-seq、染色体成像和新生RNA成像技术,探究了异倍体ESC相比正常二倍体ESC在染色质三维结构和基因转录层面的变化。
大鼠和人类胰岛转录组中发现2型糖尿病前期的标志
中国科学院数学与系统科学研究院李雷课题组开发了一种计算方法,对T2D的动物模型Goto-Kakizaki(GK)和对照模型Wistar(WST)大鼠胰岛的时间序列全基因表达谱以及来自捐献者的人类胰岛的
Science:科学家开发出能帮助理解人类基因组中转录起始的特殊机器学习模型
研究人员开发了一种名为Puffin的机器学习程序,当分析了数以万计已知的人类启动子数据后,这种新型程序就能确定其由三种类型的序列模式所组成,即基序、启动子和三核苷酸(trinucleotides)。
Cancer Cell | 上海交通大学薛婧团队揭示表观遗传学失调如何塑造癌相关成纤维细胞的多样性
该研究探讨了了SETD2-H3K36me3表观遗传失调对肿瘤代谢和基质异质性的影响,揭示了氧化磷酸化(OXPHOS)主导的代谢特征,并确定了一个脂质负载的CAF亚群。
研究人员开发全基因组检测逆转录转座子的新方法
逆转录转座子(Retrotransposons)在大多数物种中都普遍存在,能够通过“复制-粘贴”机制进行大量扩增,在人类基因组中占比超过35%。逆转录转座子可以为创造新的功能基