研究揭示增强子-启动子通讯调控转录爆发的基本原理
近日，中山大学数学学院张家军教授团队开发了一个通用的理论框架，该框架整合了快时间尺度上的染色质空间运动和慢时间尺度上的基因转录爆发过程。
Nature子刊：清华大学汪小我团队开发AI辅助的启动子序列优化方法——DeepSEED
该研究基于知识引导与数据驱动相融合的创新策略，建立了人工智能辅助的启动子序列优化方法——DeepSEED，能够有效突破功能启动子设计中维度高、样本小的核心难题
Science：新研究可视化观察增强子和启动子的动态运动控制基因活性
尽管密集地排列在细胞核中，但储存我们遗传信息的染色体总是处于运动状态。这使得染色体的特定区域能够被接触到，从而激活一些基因。在一项新的研究中，来自奥地利科技学院、美国普林斯顿大学和法国巴斯德研究所的研
研究发现启动子和转录因子在动植物细胞中有不同的共演化模式
进一步通过分析启动子和转录因子之间相互作用的模式，以及它们之间演化轨迹的强相关性和显著性，研究揭示启动子和转录因子在动物界呈现拮抗的共演化，而在植物界则呈现互利的共演化。
Nature Communications:揭示早期果蝇胚胎hunchback基因的多启动子差异性调控和信号整合的动力学机制
本工作解析了真核生物中广泛存在的多启动子差异性表达现象背后的调控机制，揭示了增强子—启动子多体相互作用可能遵循的一般动力学规律，为未来系统研究和应用复杂基因调控现象提供了新的实验思路和理论框架。
Nat Commun：利用CRISPR/dCas9靶向阻断DNA甲基转移酶，可揭示特定启动子上DNA去甲基化的功能作用
2021年11月22日讯/生物谷BIOON/---人体内的所有细胞都带有相同的遗传密码。正是这种遗传密码的读写---特定细胞中特定基因的“开启”和“关闭”---赋予了细胞以身份。例如，想象一下这样一种灾难性的情况：编码胃部消化酶的基因会在眼睛的视网膜细胞中开启，并开始吞噬周围的组织。细胞关闭特定基因的方法之一是在该特定基因的精确位置向DNA中可逆地添加一种称
Nature：提出新的增强子选择启动子的模型
增强子与启动子是高等动物尤其是人类中最重要的两类基因表达调控元件。它们之间的有效互作可保证基因的准确转录，从而保证细胞状态和正常发育。它们之间的错误联系也同样可以导致疾病相关的基因表达异常。因此，了解增强子选择启动子的机制可帮助更好地认识健康与疾病。美国德克萨斯大学休斯敦健康科学中心麦戈文医学院的李文博研究组和加州大学圣地亚哥分校Michael Rosenf
J IMMUNOTHER CANCER:CTLA4启动子低甲基化在初始诊断时是一种阴性预后生物标志物，但可预测透明细胞肾细胞癌中基于抗PD-1免疫疗法的反应和有利结果
在癌症免疫治疗时代，针对细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4 (CTLA-4)和/或程序性细胞死亡受体/配体1 (PD-1/PD-L1)轴的免疫检查点阻断(ICB)的应用改善了晚期透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的临床疗效结果。
Nat Microbiol：新研究揭示双向启动子在生命三界中普遍存在
2021年6月1日讯/生物谷BIOON/---与生物学教科书中通常描述的情况相反，细菌和古生菌（archaea，也译为古细菌）可以在基因组上以相反的方向进行转录。这要归功于双向启动子（bidirectional promoter）。RNA聚合酶可以跳到双向启动子上，以一种方式或另一种方式产生mRNA转录物。这样的启动子并不罕见。根据一项新的研究，大肠杆菌中1