从单细胞转录组中解析出人类肿瘤中的拷贝数和克隆亚结构
美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心Nicholas E. Navin团队开发出新方法，可从单细胞转录组中解析出人类肿瘤中的拷贝数和克隆亚结构。该研究于近日在线发表于国际一流学术期刊《自然—生物技术》。研究人员表示，单细胞转录组学分析被广泛用于研究人类肿瘤。然而，将肿瘤微环境中的正常细胞类型与恶性细胞区分开并解析肿瘤内的克隆亚结构仍然具
Mol Cell：整合子或能作为人类转录组的“守护者”
2021年1月9日 讯 /生物谷BIOON/ --近日，一项刊登在国际杂志Molecular Cell上的研究报告中，来自奥胡斯大学等机构的科学家们通过研究揭示了一种特殊的细胞特性，其或能保护机体细胞免于基因表达的有毒副产物的影响。这种活性对于多细胞有机体维持一个强大的基因产物进化“库”的能力而言非常重要。制造过程需要质量控制系统来确保功能性产品的适当组装，
研究揭示乙肝病毒DNA与人基因组互作景观图
乙型肝炎病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是全球性重大公共卫生健康问题之一，目前，全球乙肝病毒慢性感染者人数较多。HBV属嗜肝DNA病毒科，在人体肝脏细胞核内可形成cccDNA、整合入人体基因组等病毒DNA形式稳定存在，这是HBV维持长期慢性感染的关键。因此，研究乙肝病毒与宿主基因组相互作用特征具有重要意义。近期，中国科学院生物物理研究所
利用纳米孔测序研究人体组织样本等位基因效应对转录组结构的影响
不同的组织和个体之间的基因表达和调控的差异很大，大部分的常见复杂性状相关的基因组通过假定表达和剪接机制来发挥作用，如10%的致病突变都具有已知的剪接效应，RNA测序则能够很好的分析等位基因特异性并解读遗传变异。迄今为止的大多数RNA测序研究都使用短读长RNA测序技术；由于短读长容易出现多重定位的情况，因此很难确定异构体的来源，同时会给定量带来干扰
Science特刊从转录组角度专注于人体遗传变异
2020年9月21日讯/生物谷BIOON/---人类表型的全貌源自常见和罕见的遗传变异的混合，其中的一些遗传变异会影响基因在体内的表达和剪接方式。十多年前，科学家们为了更好地了解遗传多样性对健康人体的影响，发起了基因型-组织表达（Genotype-Tissue Expression, GTEx）联盟。在此，Science期刊公布了这个项目的第三阶段也是最后一
Nature Communications：研究发表单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库
作为细胞异质性研究的重要工具，单细胞转录组测序技术近年来蓬勃发展，并积累了大量研究数据。若能有效利用现有的单细胞数据进行检索与推断，研究者便能更好地进行新测序单细胞的注释，以及综合多数据集的研究。然而，精确的单细胞转录组数据检索和注释需要克服两个挑战：一、数据集之间的批次效应（batch effect）会显着影响细胞检索的可靠性；二、目前缺少跨物
Nat Biotechnol：科学家发现能准确高效进行单细胞转录组特性分析的最佳技术—Quartz-seq2
2020年4月9日 讯 /生物谷BIOON/ --为了确保单细胞RNA测序能够使用最好的方法，日前研究人员对13种方法进行了基准性的测试，一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中，来自西班牙的科学家们通过研究发现，日本理化所开发的Quartz-seq2方法或许是进行单细胞RNA测序的最佳手段。图片来源：CC0 Public D
我国科学家开发出转录组快速建库新方法 有望助力新型冠状病毒测序
北京大学与清华大学联合课题组近期在国际权威学术期刊《美国科学院院刊》发表论文，称开发出了名为“SHERRY”的转录组测序快速建库新方法。研究团队表示，这种方法大大简化了建库过程，不仅可用于高质量的单细胞转录组测序，对包括新型冠状病毒等样本的测序质量和速度也有望显着提升。核糖核酸（RNA）是存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。目前，RNA测序技
Science：对人类血细胞中的所有蛋白编码基因进行全基因组转录组分析
2019年12月31日讯/生物谷BIOON/---在临床和研究环境中，血液都是对人类进行分子分析的主要来源，并且是许多治疗策略的目标，这突显了需要对构成人类血液的细胞进行全面的分子图谱构建。人类蛋白质图谱计划（www.proteinatlas.org）是一个开放式数据库，旨在通过整合各种组学技术（包括基于抗体的成像）来绘制所有人类蛋白的图谱。以前，人类蛋白质
研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相