北京大学最新Cell论文:白洋团队构建全球首个作物根际“细菌+病毒”基因组数据库
该研究结合多种作物的根际可培养细菌基因组与宏基因组数据,构建了作物根际细菌基因组数据库(CRBC)和作物根际病毒基因组数据库(CRVC),显著扩展了公开可用的作物根际细菌基因组数量约 3 倍,鉴定的病
Cancer Cell:西湖大学郭天南团队等绘制泛癌种蛋白质组图谱,覆盖22种癌症类型
该研究利用数据非依赖性采集质谱(DIA-MS)构建了一个大规模泛癌种蛋白质组图谱,覆盖了 22 种癌症类型的 999 例原发肿瘤样本,定量了 9670 种蛋白质。
Cell:新研究揭示肾癌会激活人类基因组中休眠的病毒基因,有可能开发出新的肾癌免疫疗法
这项研究表明,免疫系统可以对肾癌细胞发起攻击,而且由于癌症驱动突变的存在,这些肾癌细胞的表面会呈现内源性逆转录病毒蛋白片段。
Science:颠覆传统基因组结构变异研究,Genome-Shuffle-seq的高效生成与精确检测
这项技术通过集成一类名为“Shuffle cassette”的基因组构件,将多个SV诱导事件以高通量的方式集成到细胞群体中,并能利用特定的条形码系统,在不同的细胞内追踪这些变异的发生与影响。
Nature Methods:肿瘤进化的空间图谱,CalicoST算法揭示癌症克隆的基因组与空间演化
CalicoST算法的诞生填补了这一空白。它不仅能够从空间转录组数据中推断出肿瘤的等位基因特异性拷贝数变异,还能够重建肿瘤克隆在空间中的进化轨迹,绘制出肿瘤演化的“进化地图”。
Science:绘制首张核苷酸分辨率的蛋白质组图谱——解码潜伏在标准条件下的未来适应性
研究系统地展示了,通过绘制高分辨率的基因组-蛋白质组图谱,我们不仅能够识别出导致性状变异的因果基因,还能深入理解其背后的分子机制,甚至预测那些在特定条件下才会显现的“隐性”遗传效应。
SAVANA如何颠覆癌症基因组分析的传统认知?
SAVANA让我们能够以前所未有的精度,窥探癌症基因组的“变形记”,从而为开发更有效的诊断方法、更精准的治疗方案,乃至最终战胜癌症,奠定了坚实的基础。
Nature:破解基因组稳定之谜!卫星DNA如何成为染色体分裂的关键?
卫星DNA(satellite DNA)的研究正在重新定义遗传学的边界。从最初被视为“垃圾DNA”到今天被发现其在染色体分离和基因组稳定性中的核心作用。
中国学者一作Nature论文:绘制转移性胰腺癌转录组可塑性空间图谱
不同患者的原发灶与其多器官转移灶之间缺乏统一的克隆进化模式,即使在同一器官内部,也可观察到多个独立克隆亚群的共存。此外,癌细胞的谱系表型与其克隆起源无严格对应性,而是显著地与其所处的肿瘤微环境相关联。